有的历史学家倾向于是袁世凯杀的，晚晴时代的朝廷已经是没落了，如果是慈禧杀了光绪，这无疑是雪上加霜啊，要是慈禧下的手，不但江山不保，连同满族也没立足之地了。当时的袁世凯已经是一大势力了，光绪还能牵制下，要是赙仪上来注定会成傀儡。
有时候历史的神秘就是因为知情者很少，特别是 光绪还是在深宫中死的。光绪的死牵连到很多人的利益，只能说谁都有可能。神秘的是就在光绪皇帝的死后不足24小时，慈禧也相继离世。这在中国历史上，皇帝和太后相继去世是绝无仅有的，这并不是巧合。
光绪皇帝是因为砷中毒死亡。然而让人奇怪的是，光绪皇帝正值壮年，就算身体有其他疾病也不足以致命。后世流传最多的版本：慈禧毒杀了光绪。
慈禧杀光绪，对国家发展不利，但对清政府来说是一个聪明的决定
从戊戌变法改革的内容来看，并不符合当时清朝的国情。由于变法的力度太大，一时之间无论是官僚百姓还是富商文人都接受不了。同时也影响到了慈禧和她的贵族阶级集团，甚至更是关系到清朝以后的国运走势。所以当慈禧太后知道自己时日无多的时候，才痛下杀手毒死了光绪。
年幼的光绪皇帝早期和慈禧的关系十分融洽，而慈禧也是对他报以厚望。等到光绪皇帝到达亲政的年纪之时，慈禧也曾转居幕后，把治理国家的权力交给光绪。慈禧一开始并没有让光绪皇帝做一个傀儡，而是把他当成大清朝的继承人来悉心培养。
但是后来发生的事情，让两个人的关系直接破裂。就在外国列强用长枪大炮打开大清国门之时，慈禧太后依旧只顾享乐。然而光绪皇帝正值壮年拥有着中心国家的决心。于是就有了后来的公车上书，戊戌变法事件。
历史的车轮总是向前的，落后的经济体制与制度如果不发生本质性改革注定要消亡。慈禧杀光绪，很可能是为清朝最后一搏。对国家发展不利，但对清政府来说是一个聪明的决定。不过尽管杀了光绪，在慈禧去世以后，大清朝仅仅维持了只有三年的时间，隆裕太后就抱着年幼的溥仪皇帝宣布了退位诏书。至此，在中国维持了2000年的封建统治宣告结束。
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