首先澄清几点不正确的说法，有人说日本天皇之所以能千年不倒，在于两点：1、天皇将自己塑造成神的化身，2、天皇民间思想根基深厚。第一点，全世界大部分皇帝都对自己的合法性有合理的解释，比如中国皇帝就用“天子”一词表示皇帝，这其实跟日本天皇说自己是神也差不多，可是还是改朝换代。第二点，天皇之所以民间思想根深蒂固，那是天皇执政时间长才产生的一个结果，产生这个结果也导致天皇的统治进一步稳固，这只能说是在天皇已经统治稳固再锦上添花的一种因素，而不是产生天皇千年不倒的原因。
细细思量，天皇之所以千年不倒的表面原因有几点：1.没有权力的天皇才是好天皇。虽然说天皇已经传到126代，但这个称号是隋唐时期才从中国学过来的，在之前的很多代几乎无从考证，所以之前到底天皇有没有换过血统也不确定。在十二世纪，由于武士集团的崛起，导致中央和地方的势力发生了逆转，于是天皇大权逐渐丧失。当进入幕府时代后，天皇的角色就很像中国三国时期的汉献帝，天皇也就成为了一个打酱油的吉祥物，没有权力的天皇人畜无害，幕府政权犯不上跟天皇计较。而在中国，虽然偶尔也有皇帝大权旁落，但从来没有皇帝不掌权的长期传统，如果要获得长期的权力，必须颠覆皇权。2.日本只有自上而下的传统。日本历史的发展基本都是上层推动的，比如遣唐使是政府公派的、历代长期统治的藩镇政权也都出身贵族，如德川家康。明治维新也是政府主导学习西方改革，本来有个出身农民的织田信长有望打破这一传统，还被部下发动政变杀死了。这种传统导致日本人从来没有像中国一样轰轰烈烈的自下而上的革命性变革，天皇政权作为名誉上最顶层的统治阶级额，自然就能保存下来。
而这些表层原因下面的深层次原因更值得探究。1.日本独特的地理位置。在中国古代，北方游牧民族的军事威胁始终存在，这也是威胁皇权不能持久的原因之一，游牧民族的入侵对于皇权更迭非常重要，中国皇帝更换最频繁的时候就是五胡乱华后，最稳定的时候是清代游牧民族势力已经基本消灭的时候。而日本四面环海，这也导致冷兵器时代，没有像游牧民族那样具有强大军事实力的集团来颠覆皇权，有也会惨败而归（如忽必烈征讨日本）。因而威胁天皇千年一系的外部因素几乎不存在。2.日本古代从来没有过大统一或接近大统一的政权。中国古代被架空的帝王被废除的前提在于中国已经有了统一或者接近统一的政权，当项羽已经灭秦后废除了楚怀王，曹丕发现自己已经据有天下近90%的时候才敢废除汉献帝。
也有军阀妄图在傀儡皇帝还在的时候就称帝，如袁术之流，结果只会死的很惨，因为在天下未定，傀儡还在时候称帝，只会在道义上为自己扣分。而在日本，即使强如德川家族，统治的土地也不过日本的五分之一。这时候取代天皇只会在道义上对自己不利。再加上日本以庄园制经济为基础，导致中央集权的离心因素较大，这也迫使大军阀必须在道义上为自己加分。
当然，在明治维新后的天皇没有废除原因涉及到很多现代化因素了，宗教信仰加成、大国博弈等等，这些就不再铺陈了。
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