1892年石井四郎出生于日本千叶县的一个地主家庭，他从小就天赋过人，中学毕业后考入了京都帝国大学医学部，后来作为军队委托培养的学生进入了京都帝国大学研究生院，从事细菌和防疫问题的研究。
石井四郎受日本陆军部派遣赴多国进行为期两年的考察，不久他在欧洲大陆找到了自己的兴奋点，在中世纪欧洲曾爆发大规模的鼠疫，短时间内就夺去了2500万人的生命，在一战时欧洲列强也曾用细菌武器作为战争的制胜法宝，看到这些的石井四郎兴奋异常，他邪恶的认为如果将流行病用于战争，对手的生命将会在他的掌心里，像草芥蝼蚁一样死亡。他坚信从此历史将由他手里这些虫兵鼠将来重新书写。
石井四郎不仅贪杯好色还行为怪异，在部队里大家都称他为疯子军医。自我宣传手段也是很奇特，为了宣传自己研制的石井式滤水机的效果，当着陆军大臣的面把从人尿里提取的盐吃了下去。这样出格的行为引起了日军高层的注意。于是日军陆军部命令石井四郎组建一支秘密部队，专门从事细菌武器的研究和制造。这支部队就是后来臭名昭著的731部队。
细菌感染、高寒冻伤、高压密闭、毒气研究、活体解剖，这些拿中国活人做实验灭绝人性的暴行，就是石井四郎和731部队的得意之作。日本军医汤浅谦曾亲耳听见石井四郎大谈当时如何用活人做实验，冻伤研究是十分重要的，所以他当时就在太原的防疫给水部，利用中国的俘虏进行冻伤研究。为了提高细菌武器研究的精确度，731部队还对人体进行了血腥的活体解剖。在人体濒死状态，细菌蔓延开前进行解剖。在731部队这些俘虏没有姓名没有生命，只有编号就是一群实验材料。冻伤实验结束后他们会被截肢，然后拖到其他地方继续去做各种病菌的活人实验标本，直到死亡。
在731部队待过的人，回忆起当年他们的罪行内心依然是充满了恐惧。当时大量的中国人和抗日战士为抓来做为实验对象，为掩人耳目，将其身份篡改为罪犯，假装交给731部队监狱进行关押。这个过程称为特别移送，而特别移送档案中被记载用于活体实验的人数就有1467人，这些人都成了731部队杀人机器下的冤魂。
1945年苏联红军部队正在接近哈尔滨日军节节败退，此时石井四郎下达命令销毁所有731部队的罪证，杀掉所有关押的活体实验人，如果能活着回到国内队员不能向任何人提及自己的研究，相互之间不能有联系，细菌战的秘密必须带进坟墓，一旦被俘必须自尽。他为所有部队成员准备了氰化钾，却没有给自己准备。
对于销毁所有证据石井四郎很不甘心，他卷走了8000多页的研究资料，回到日本后自导自演出一场自己的葬礼。但他难逃情报人员的法眼。1946年1月19日东京审判开局，石井四郎利用细菌实验和美军做交易，逃脱了死罪。在美国死亡实验室一次次突破道德底线，也开始用人体做实验，在后来的朝鲜战场和越南战场上，美国使用了由石井四郎协助完成的细菌武器，使对手早到了杀戮和迫害。
在美国人的庇护下，石井四郎回到日本。在自家的庭院专门针对美军做起了皮肉生意。而他自己还每天去寺庙里请教修禅，1959年10月9号石井四郎因喉癌做手术失败了，死在了东京的医院里，而731部队的成员在逃脱审判后，并没有就此隐姓埋名，而是大都进了日本重要的卫生部门。
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