在《隋唐演义》中，秦琼可谓“马踏黄河两岸，锏打山西九州六府一百单八县，镇山东半边天，孝母似专诸，交友赛孟尝，神拳太保秦叔宝”，是天下响当当的英雄好汉，知名度远在李孝恭和尉迟恭之上。
更为重要的是，从史书记载来看，秦琼不仅武艺高强，而且深得李世民信任和重用。《旧唐书·秦琼传》中有一段记载，讲述了秦琼经常能于万军之中取敌人首级，古今罕见的猛将。
叔宝每从太宗征伐，敌中有骁将锐卒，炫耀人马，出入来去者，太宗颇怒之，辄命叔宝往取。叔宝应命，跃马负枪而进，必刺之万众之中，人马辟易，太宗以是益重之，叔宝亦以此颇自矜尚。
然而，李世民晚年之际（643年），为了纪念当初一同打天下的诸多功臣，而设立凌烟阁24功臣像时，将李孝恭排第二，尉迟恭第七，为何将秦琼排倒数第一？（24功臣中，纯武将15个，李孝恭武将为第一，尉迟恭排第二）
传统史学家有一个观点，就是秦琼因为有伤在身，所以没有参与玄武门事变，没有和李世民一起做过大逆不道之事，自然很难得到李世民的真正信任。加之秦琼去世较早，638年就死了，所谓人走茶凉，所以排名不高可以理解。
由于没有进一步史料研究，所以过去这一观点颇为流行。不过，1995年济南工人的一次无心之举，算是解开了这一谜团。当时，工人在修筑公路，不料却发现一座石室墓葬，随后考古专家介入，发现这是秦琼父亲秦爱之墓。
让考古专家们惊喜的是，秦爱之墓中，有一座石碑，上面文字揭开了很多历史真相，比如秦琼身世之谜，秦琼在玄武门事变中的表现。所以，有学者研究之后感慨，难怪秦琼凌烟阁排名倒数第一！
对于秦琼身世，父亲是谁、家世如何，史书上毫无记载。在《隋唐演义》小说中，秦琼是北齐武卫大将军秦彝之子，手持双锏，姑父是大隋靖边侯罗艺，曾救过李渊和李世民的姓名，秦琼和罗成是表兄弟。
通过这一墓碑，秦琼身世之谜真相大白，原来秦琼父亲叫秦爱，祖父秦方太、曾祖父秦孝达，秦家这三代人，有一个共同特点，即：下层文职官吏！因为没什么名气，所以史书上没有记载。
这一点很重要，凌烟阁24功臣之中，鲜有真正的贫寒出身，绝大多数都是名门之后。在还讲究出身的隋唐时期，秦琼在凌烟阁的排名中，想要靠前的难度可想而知。凌烟阁排名，不仅是个人征战功劳和李世民的认可，还有家族的力量体现。
在凌烟阁中，也有真正的寒门子弟，就是排在第十六位的张亮，出身比秦琼差多了。不过，看一看张亮在李世民夺位中的重大作用，就能释然了，比如：奉命暗中召集人马，准备对抗李建成，被李元吉告发，遭到李渊毒打拷问时，张亮谨守秘密，后来又参与玄武门事变。
然而，秦爱墓碑中，也证实了一点，就是秦琼参与了玄武门事变，碑文上有“从诛隐太子（李建成）、巢王（李元吉）”，一个“从”字，说明秦琼参与了。
不过，秦琼的任务是
阻挡东宫的反扑部队
，而不是像尉迟恭一样，直接诛杀了李建成、李元吉等人，还救了李世民一命。
或许，正因玄武门事变中的功劳有限，加之家世不显，所以李孝恭能排第二（李唐宗室），尉迟恭可排第七，秦琼却倒数第一。不过，对于出身底层的秦琼而言，在无数惊才绝艳之辈中脱颖而出，登上凌烟阁，得封国公爵位，也证明了秦琼的实力，古往今来有多少人能与之相比？
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