1288年，总制院改称宣政院，扩大机构，于院使下设同知、副使、参议、佥院等各二人。
1311年，罢僧录等司，凡僧人词讼皆归管民官决断。
1331年，复于各省置广教总管府十六所，掌管僧尼政事，由宣政院选僧俗官任达鲁花赤、总管等职。
1334年，宣政院所辖吐蕃之地，分设三道宣慰司：吐蕃等处宣慰司都元帅府（又称朵思麻宣慰司）、吐蕃等路宣慰司都元帅府（又称朵甘思宣慰司）、乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰司都元帅府（又称乌思藏宣慰司）。宣慰司下辖安抚司、招讨司、宣抚司和元帅府、万户府等。自宣慰使都元帅至万户等各级官员多以当地僧俗首领担任，由帝师或宣政院荐举，朝廷授职。
1342年，又附设崇教所，治理僧俗庶务。若遇地方蕃寇起事，则于其地设行宣院担任讨伐事宜，平息后则废止。
由此可见，虽然元代在西藏所设宣政院机构，官员仍多以当地僧俗首领担任。但西藏制度已经一定程度内地化，且忽必烈时期，更对西藏进行了编户齐民，划分十三万户，到了元武宗时代，又由都总管府达鲁花赤总其财赋，征收赋税，控制程度不惟远强于明朝册封八大法王，即清朝的噶伦制度，亦无法比拟。
喇嘛
然而实际上，元王朝对于云南的控制，已经颇为吃力【鄯阐危如登天，大理险倍投海，计如汉武习战，仅置益州；元祖亲征，莫能全土。雄若世祖，驻跸祗缘鄯阐，分裂余区】。元所设梁王，实际只能控制昆明周遭一带，云南西北仍由大理段氏所控，设为总管府，而云南西南地区更是有大量独立性极高的土司，不纳赋税，是以很快就有强大的麓川王国崛起。
则在地理上更加高远巍峨的西藏，元王朝是如何做到控制力越来越强的呢？
按元之治理西藏，专任萨迦一派，与明分封各派互相牵制大不相同。而专任萨迦派，却没有尾大不掉之患者，盖萨迦派地位之高，可以说是与孛儿只斤氏共治天下，成为元朝统治阶级高层的一份子。
与许多人想象的不同。实际上，吐蕃帝国分裂后，藏人因为过去扩张失败，武德衰颓，沉溺喇嘛教，把大量资金贡于佛寺，因此军备废弛，战斗力几乎完全丧失，且佛寺林立，互相不服，导致力量难以凝聚，故唐之后，高原上的藏人实是不堪一击，之所以中央王朝难以控驭，完全是因为地理上的缘故。
保持武德的藏人，反而是河湟、青海湖一带的青唐一支，沈括《梦溪笔谈》载【青堂羌，善锻甲，铁色青黑，莹彻可鉴毛发】，则青唐吐蕃的锻造技术，确实可观。青唐吐蕃虽然人口仅百万上下，然而并未政教合一，世俗统治者把握权力，能有效调动战争资源，故而屡挫西夏李元昊。
后来青唐吐蕃内部不稳，又在西夏和北宋之间骑墙，被北宋王朝经过数十年苦战消灭。而元的经略西藏，无非是让道尔达上高原观光，没有发生什么像样战斗，萨迦派没骨气的大喇嘛们就举众投附。所以宋朝对藏族的征服，从军事角度来说，含金量是比元朝高得多的。
萨迦派领袖八思巴一开始附蒙，确实是因为听说蒙古人号称“灭国四十”，于是高估了蒙古的军事实力。但是蒙古能维持对西藏的控制，却是因为给了萨迦派连他们自己都未曾想到的甜头。
八思巴
宣政院的行政长官是院使，帝师只是个名誉之职。但这绝不代表作为喇嘛首领的萨迦派帝师没有权力，因为帝师的影响力，可至于整个元帝国，影响天子。
元朝重用藏传佛教，以压制道教和中原佛教，更通过喇嘛教的教义，来肯定他们统治地位的合法性，是以给予藏僧以极大特权。元朝皇帝对密宗僧人的滥赏，数目之巨，骇人心目。仅忽必烈对八思巴一人的赏赐，就令当时的汉人大臣感慨：国家财赋，半入西蕃。
元朝皇帝对藏僧赐物赐田，不计其数。据“虞集大护国仁王寺恒方碑”记载，这一处寺庙，就在大都城外拥有水地近三万顷，陆地三万五千倾，并占有山林湖泊鱼荡竹场等二十九处；元文宗时代，川地的大承天护圣寺，一次就获赐十六万九千多顷土地为“永业”。
元代还有一个怪现象是喇嘛公开地蓄妓纳妾。
如《元史·星吉传》载：“有胡僧曰小住持者，服三品命，恃宠横甚，数以事凌轹官府，星吉命掩捕之，得妻女乐十有八人。”又元世祖曾命杨琏真加为江南释教总统，他竟然“受人献美女宝物无算”。更有甚者，当时的西番和尚竟敢公开入民宅奸污妇女，“泰定二年，西台御史李昌言：‘曾经平凉府、静、会、定西等州，见西番僧佩金字圆符，络绎道途，驰骑累百，传舍至不能容，则假馆民舍，因迫逐男子，奸污女妇。’”
这当然是元代统治者崇信喇嘛教，纵容番僧的结果。
未几，其徒龚柯等与诸王妃争道，拉妃堕车殴之，语侵上，事闻，亦释不问，时宣政院方奉诏，言：‘殴西僧者断其手，詈之者截其舌。’皇太子（帝母弟仁宗）。亟上言：“此法昔所未有。
按《元通鉴》记载，西藏喇嘛僧殴打诸王合儿八刺的妃子忽秃赤的斤，也不受任何惩治，其嚣张气焰，可见一斑！当时更是有【殴西僧者断其手，詈之者截其舌】的奇葩规定，也是让人难以想象了。
喇嘛僧人浊乱天下、淫污朝廷，没有比元朝更严重的。喇嘛僧不但大量奸淫民间女子，甚至把算盘打到了贵族妇女身上。到了元顺帝时代，西天僧又与西番僧迭相轮转，出入禁中，夜宿宫闱，奸淫年轻美丽的公主和嫔妃。虽有女子畏缩难堪，二僧仍然淫媾不止。西域僧人有时还会借着为贵族妇女受戒的名头，将她们邀入府中，日夜淫乐。清代著名史学家赵翼评价说“元之天下，半亡于僧”。
元朝版图
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