大家有没有留意到，香港的海水是蓝色的，但澳门却是黄泥色，有时甚至见到一些飘浮的植物？原来是因为大屿山阻挡了来自珠江的泥沙，令到维港保持有港阔水深的优越条件。位於长江口的上海就没有这样好的先天条件。
每年由长江带来的超过四亿吨泥沙，部份在长江口淤积，形成大片的拦门浅滩，同时也令到航道变浅，虽然上海透过建设位於海中心的洋山港来回避这个问题，但包括南京在内的沿江城市也因而受害，所以「长江南京以下12.5米深水航道二期工程」就要上马了。
1998年长江口水道治理工程正式开始，分阶段将航道水深增深到12.5米，以便大型海轮能够直上南京，科研人员联合攻关，创建了考虑径流丶潮流丶波浪和盐水等多因素共同作用的全沙数学模型丶航道回淤预测数学模型，开发了软粘土地基在波浪重复荷载作用下软化的加固处理技术等，借此科学有序地完成清淤工作。
工程於2011年初步完成，历时13年，可满足第三丶四代集装箱船全天候进出长江口，第五丶六代集装箱船和10万吨级散货船及油轮乘潮进出长江口的需要。
另外，要解决挖出来的疏浚土的弃置难题，也就是河床淤积的泥沙，以多是直接抛掷长江口以外海域，运输导致航道维护成本增加，而且对海域环境也产生一定影响。将泥沙集中在指定地方後加以巩固，形成新的土地，一方面减少疏浚弃土对海洋水环境的影响，一方面可以为城市发展拓展新空间，同时还能有效弥补航道维护费用。
现时已在横沙岛的长江入海口处填积出8万亩的生态湿地，以及在横沙东滩和浦东机场吹填造陆，面积超过7.4万亩。
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