正巧最近在写有关《山海经》的文章，研究了很多资料，简要说一下这个问题。
首先，《山海经》除去神话传说的部分，其实是一本囊括上古时地理人文的书籍，远古时的祭祀，生产，文化，交通，均有记载。
而其中的神兽，作为经中很重要的一部分内容，实际上有很多都是由当时的动物演化而来。
因为古人受到多方面条件的限制，所以想象力有限，比方说龙，就是把多种动物的特征拼凑在一起，而非凭空杜撰，是有原形存在的。
这也能回答题主的第一个问题，《山海经》中确实有真实存在的动物，但是对比经文中记载的全部神兽来看，数量并不多。
其中有和现代人认知并无差别的：
1、跳鼠，《山海经》称：耳鼠。
2、牦牛，《山海经》称：旄牛。（mao，二声）
《山海经·北山经》:''（潘侯之山）有兽焉，其状如牛，而四节生毛，名曰旄牛。''
郭璞 注:''今旄牛背膝及胡尾，皆有长毛。''
注意图中的牦牛，确实是“背部，膝盖，尾巴，皆有长毛。”
3、蜘蛛蟹，《山海经》称：大蟹。
4、鲔鱼，《山海经》称：豪鱼。
《山海经·中山经》：“又东十五里，曰渠猪之山，其上多竹，渠猪之水出焉，而南流注于河。其中是多豪鱼，状如鲔，赤喙尾赤羽，可以已白癣.”
其实也是从金枪鱼演化而来。
5、剑鱼，《山海经》中称：箴鱼。（zhen，一声。）
《东次一经·湖水》：“其中多箴鱼，其状如倏，其喙如箴，食之无疫疾。”
另有一说，针鱼是下图这种，属于浅海鱼类：
6、章鱼，《山海经》中称：何罗鱼。
《山海经·北山经》:“谯明之山，谯水出焉，西流注于河。其中多何罗之鱼，一首而十身，其音如吠犬，食之已痈。”（痈：yong，一声。）
上古时，人们没有“触手”的概念，所以描述成“一首而十身”。
这就符合现代对于章鱼的认知：
7、狐狸，《山海经》中称：九尾狐。
《山海经》：“青丘之山，有兽焉，其状如狐而九尾，其音如婴儿，能食人，食者不蛊。”
《山海经·南山经》：“青丘国在其北，其狐四足九尾。”
这其实是一种神化，雪白的皮毛，象征一种圣洁，于是上古时的人们，将狐狸视作圣物。
以上便是列举的几种动物，不难看出，《山海经》中记载的某些动物，和现代自然科学中的动物差别并不大，所以后人也能通过这些蛛丝马迹，从一定程度上，窥探上古时的真实世界，仔细想想，古人的想象力，其实在那个年代来看，也已经很了不起了。
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