香港是三权分立的政治体制，立法，司法，行政三权分立又相互制约，立法是立法会，司法是法院，行政是政府。政府的最高领导人叫行政长官，又称特首，俗称CE，特首下设三司，即政务司、财政司和律政司。三司领导下的是决策局，总共十三局。司长和局长是平级的，但是司长能在特首不在或不能行使职权的时候暂代特首一职。十三局下为政府政策执行部门，多为“署”或者“处”，例如卫生署、警务处。另外少部分机构如廉政公署及审计署等皆直属特首。
香港政治大致上沿袭沿袭至自英国殖民地时期的系统，行政、立法、司法及执法均互不隶属。特别行政区成立后，政治制度保持独立，与中国内地截然不同。宪制文件《基本法》确保邓小平构想的“一国两制”概念得到落实，法治精神和司法独立不会受到中国政府干预。另外，根据“港人治港、高度自治”的原则，除了外交由中华人民共和国中央政府负责及防务由驻港解放军负责外，香港继续管理其他所有本地事务。香港可以以中国香港的名义参与国际事务，包括世界贸易组织及奥林匹克运动会等。
香港行政制度实施行政主导的管治模式，并制定由行政长官和行政会议领导的管治体制和代议政制架构。
香港特别行政区的首长是行政长官，由具有广泛代表性的选举委员会根据《基本法》选举、并经中央人民政府委任产生。行政长官负责执行《基本法》、签署法案和财政预算案、颁布法例、决定政府政策以及发布行政命令，并由行政会议协助制定政策。首任行政长官是董建华，现任行政长官是梁振英。政府的主要施政和行政工作由12个决策局和61个部门和机构执行，日常执行的人就是为数约18万人的香港公务员队伍。香港政府本身也是香港最大的雇主。
政府
直接向行政长官负责
公务员叙用委员会-申诉专员公署-廉政公署-审计署-中央政策组（策略发展委员会秘书处） -行政长官办公室
直属于司长（三司）
政务司司长
政务司司长办公室（行政署> （礼宾处-政府档案处-前任行政长官办公室）-效率促进组（1823电话中心） -政策及项目统筹处）
财政司司长
财政司司长办公室（经济分析及方便营商处） -香港金融管理局
律政司司长
律政司
政府总部（十二局）
由政务司司长领导
公务员事务局-政制及内地事务局-教育局（公益少年团） -环境局（可持续发展科） -食物及卫生局-民政事务局-劳工及福利局-保安局（禁毒处） -运输及房屋局
由财政司司长领导
商务及经济发展局（工商及旅游科>旅游事务署>旅行代理商注册处-通讯及科技科-政府资讯科技总监办公室） -发展局-财经事务及库务局（财经事务科> （内幕交易审裁处-证券及期货事务上诉审裁处） -库务科）
十二局下各部门
【公】
公务及司法人员薪俸及服务条件咨询委员会联合秘书处
【政】
选举事务处-香港特别行政区政府驻北京办事处-香港经济贸易办事处 (内地)-香港经济贸易文化办事处
【教】
大学教育资助委员会秘书处-学生资助办事处
【环】
环境保护署
【食】
渔农自然护理署-卫生署（卫生防护中心-卫生署控烟办公室）-食物环境卫生署（食物安全中心）-政府化验所
【民】
民政事务总署-政府新闻处-法律援助署（法定代表律师办事处） -康乐及文化事务署（古物古迹办事处-香港管弦乐团）
【劳】
劳工处-社会福利署（创业轩）
【保】
医疗辅助队-民众安全服务队-惩教署-香港海关-香港消防处-政府飞行服务队-香港警务处（香港辅助警察队） -入境事务处-截取通讯及监察事务专员秘书处
【运】
民航处-路政署-房屋署-海事处-运输署
【商】
香港天文台-创新科技署-知识产权署-投资推广署-通讯事务管理局办公室（电影、报刊及物品管理办事处） -邮政署-香港电台-工业贸易署-香港经济贸易办事处 (海外)
【发】
建筑署-屋宇署-土木工程拓展署-渠务署-机电工程署-地政总署-土地注册处-规划署-水务署
【财】
政府统计处-公司注册处-政府物流服务署-政府产业署-税务局（税务上诉委员会） -保险业监理处-破产管理署-差饷物业估价署-库务署
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