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克罗恩病不太容易被发现，普通医院医生经验不丰富，也很容易被误诊成其他肠道疾病。克罗恩病发病早期症状隐匿，不明显，随着病情加重，常常会有恶心呕吐、腹痛腹泻、排便困难、脓血便等症状。
如果病史较长，病情严重的患者还会有肠瘘、肠黏膜出血、穿孔、腹腔脓肿、肠梗阻等并发症。一般来说，克罗恩病发病部位不固定，可以在人体全部消化道发病。
不过，绝大多数患者都发生在右半结肠、回肠以及直肠。当然，也有部分是小肠克罗恩病，比例很少。
在2000年之前，克罗恩病基本上是没法治愈的，患者很痛苦，需要长期用药。但是经过近二十多年的发展，医学技术不断革新，目前来说治疗克罗恩病不是什么难事，该病是可控可治的，经过正规系统治疗，患者会像正常人一样生活、工作。
克罗恩病病理是不断变化的，在急性发作期间，肠黏膜细胞组织都是水肿的，因为受到刺激充血。在慢性期间，肠黏膜上会发生溃疡，溃疡面积可大可小，往往成片发展。
病史长的患者，他们的溃疡会向黏膜深层内部发展，分布在肠壁各层组织。这些溃疡有深的，也有浅表性的，互相交错，交织在一起，就会出现类似鹅卵石的那种形状。
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