1901年，李鸿章病死。袁世凯任直隶总督兼北洋大臣。1902年初，袁世凯兼任政务处参预政务大臣、练兵大臣，并在保定创立兼督办北洋军政司，开始编练北洋军。
首先在于控制军权
1895年末，袁世凯奉命赴天津小站接任训练新军。经他招募扩充，改为“新建陆军”。新建陆军的军官骨干主要来自三个方面：一是袁世凯的个人亲信，如徐世昌等，二是袁世凯的老部下，三是袁世凯为消除清廷满族权贵疑心，特请的军事骨干，如王士珍、段祺瑞、冯国璋等。王、段、冯三人后来成为袁的得力干将，人称“北洋三杰”，有“龙虎狗”之称。
不管来自哪一方面的军事人才，袁世凯均以拜把兄弟、收义子门生、搞政治联姻、金钱收买等手段，建立类似湘淮军的宗法关系。袁世凯与徐世昌是结拜兄弟，又收为段祺瑞干女婿，收段芝贵为干儿子，袁还让自家家庭教师周某当了冯国璋的继配夫人。继而拉拢了一系列军事人才，把军权牢牢掌握在自己手中。
1904年，清廷设立练兵处，由袁世凯任练兵大臣，以袁世凯的心腹徐世昌为总提督；王士珍为军政司正使；冯国璋为军学司正使；段祺瑞为军令司正使。练兵处既是新军编练的最高领导机关，又是新军编练的督察机关，职权非常广泛。
只知袁宫保，不知有天子
袁世凯在淮军多年，深知“兵为将有”的重要性，一心把军队变成私人武装，除他之外，任何人不能驾驭。新建陆军各营均供袁世凯长生禄位牌，每天上下操集合时将领都要问士兵：“咱们吃谁的饭？”士兵回答：“咱们吃袁宫保的饭！”又问：“咱们应该为谁出力？”士兵口答：“替袁宫保出力！”而将领唯袁之命是从，后大都成为袁世凯的亲信和北洋军阀集团的要员，即小站系北洋军阀。
希望袁世凯高升，以便鸡犬也升天
北洋军一直并不是一个具有理想和信念的团体；在辛亥的时候之所以北洋军和袁世凯走，更多是因为当时具备了共同利益：北洋诸人那时候羽翼尚未丰满，没法上位，希望袁世凯再高升一步以便随着鸡犬升天。
袁世凯被罢免后，第一个结果，每个被他控制的1或2还不足以马上独立掌权，还要担心被朝廷新扶持的掌权者清洗，为了自保，还需要一个集团，因此、哪怕只是名义上支持袁世凯，以确保自己看起来还在一个庞大联盟的势力范围内，也要名义表态支持服从袁世凯大人。
袁世凯纵然宣称脚疼回家钓鱼，依然是北洋的精神领袖。北洋就是他一手从无到有小小带到大的。吃袁大帅的饭，穿袁大帅的衣。士兵们就是被灌输这样的思想。北洋军的将领，一不是传统科举路线的高手，二不是血统好的幸运儿，要没有老袁，谁会提拔他们，一旦没了老袁，这帮人只好去做平头百姓！喜欢提拔寒门的袁世凯就是他们的再造父母。
那时候还没有北洋军阀这一说法，袁世凯下面那些有兵的人在清政府中还算不上人物，并且那些清末新政中产生的新军，也只是清政府军队中的一部分罢了。袁世凯被罢：
一是皇室忌惮袁势力坐大，并且清末新政中枢权力体系调整，宗室占据了核心，袁是汉人，必然不被容；二呢也有说法说隆裕太后和摄政王想杀袁为光绪报仇，只是被庆亲王所阻拦，谕旨下从杀袁一改再改，到发下来就成了罢免。袁世凯的势力发迹于天津小站，他手下那些人也是袁一手栽培，袁本人驭人之术也确实很有一套。此外到溥仪登基时，清末汉人大佬已基本都故去，袁世凯成为汉人新贵，影响力很大，他手下那些人那时候和袁比起来只是小喽啰，没有谁能独当一面，需要袁世凯这个首领。清末皇权衰微，地方离心离德，袁被罢不代表他真正失去权力。这大概也是清末民国流行的下野之滥觞吧。
小站练兵起家的北洋军阀后来出了四个民国总统，袁世凯、冯国璋、徐世昌、曹锟；六个民国总理和陆军总长，段祺瑞、王世珍、段芝贵、唐绍仪、张怀芝、靳云鹏，另有三十四个督军。
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