明朝南京城内开筑城门13座，每座城门配设数量不一的闸门。
正阳门
清末民初，民间曾误称为洪武门，今称“光华门”。位于南京城南，与皇城正南的洪武门呈同一条中轴线，坐北朝南。取名“正阳”，因朱元璋的大明王朝在五行中属火，主南方，故称“正阳”，是京师城所谓的“国门”。
通济门
位于南京城南，坐北朝南。城门内向西南为商市区，向东北为皇宫区。通济门为京城13座城门中占地面积最广的一座城门。
聚宝门
旧南门，洪武初年曾沿用过这座旧有的城门。洪武十九年（1386），在原南门的旧址上重新建造。因门外有聚宝山（今雨花台）， 遂定名为聚宝门，今称中华门。该门位于南京城南，坐北朝南。在南京京城13座城门中，聚宝门气势最为恢弘。
三山门
为南唐都城至宋、元时期金陵城的龙光门，也称水西门、下水门，位于南京城西，坐东向西。洪武初年，直接利用了这座旧有的城门，洪武十九年（1386）重新建造城门。
石城门
今汉西门（亦称旱西门），位于南京城西（在民国时期开筑的汉中门稍南，现保存于汉中门市民广场），坐东向西。南唐时称大西门，宋元袭称。朱元璋下令改建西门后，因城门可遥望石头城，遂定名石城。
清凉门
位于南京城西，坐东向西。洪武六年（1373）六月，设清凉门兵马司驻守。洪武十二年，改名为清江门，并沿用至弘治年间。万历三年 （1575），改称清凉门。
定淮门
位于南京城西，坐东向西，建造于洪武初年，因临近城内的马鞍山，故初名马鞍门。洪武七年（1374）正月，改为定淮门，并置千户所。
仪凤门
位于南京城北狮子山与绣球山之间，坐东向西，濒临长江，在卢龙山（即狮子山）南麓山下与钟阜门之间不足1公里的地段而建。洪武十七年（1384）三月，修筑仪凤门。
钟阜门
位于南京城北，坐西向东，与仪凤门项背而建。洪武初年称东门，洪武十一年（1378）改称钟阜门，因其遥对钟山（亦称“钟阜”）而名。
金川门
位于南京城北，坐南向北，因金川河由此出城，故名。洪武四年 （1371）四月，置金川门千户所。
神策门
位于南京城北，坐南朝北。洪武九年（1376）八月，置千户所驻守。
太平门
在南京城北，坐南向北，位于南京钟山西南麓，是扼守钟山通向城内最近便的通道，为兵家必争之地。又因城门外为“天牢”位置所在，故名“太平”。
朝阳门
今中山门门址所在，位于南京城东，城门坐西向东，因内傍皇宫且朝东，故称“朝阳”。
南京城外郭的城门及名称，自明代以来多有争议。据洪武二十八年 （1395）绘制的《洪武京城图志》所载，外郭16座城门分别为沧波、高桥、上坊、夹岗、凤台、大驯象、小驯象、大安德、小安德、江东、佛宁、上元、观音、姚方、仙鹤、麒麟。广为流传的南京“外十八”门，最早出现的时间，在正统四年（1439）九月二十四，“命修南京驯象等十八门、外城， 以夏秋久雨浸颓故也”。这18座城门，分别为江东、大驯象、小驯象、大安德、小安德、凤台、双桥、夹岗、上坊、高桥、沧波、麒麟、仙鹤、姚方、观音、佛宁、上元、外金川。
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