上海
微生物产生的抗原、结构分子和代谢物能够持续影响宿主免疫系统。但一个关键问题是：短暂的微生物信号，如何转化为稳定、可逆甚至推动疾病的免疫细胞状态？
近日，中国科学院微生物研究所王亮亮团队在The EMBO Journal发表题为 How microbes reprogram immunity through epigenetic and epitranscriptomic regulation 的综述文章。文章提出，表观遗传和表观转录调控是连接微生物与宿主免疫功能的重要媒介，并对近年来受到关注的“微生物（组）—RNAm6A”轴进行了证据分级。
微生物信号需要经过宿主细胞“解码”。微生物并不是简单地增强或抑制免疫，同一种代谢物的作用可能随组织位置、细胞类型和疾病状态而改变。例如，丁酸可以抑制组蛋白去乙酰化酶，促进调节性T细胞分化并维持免疫耐受；但在肠黏膜损伤后，丁酸也可能进入隐窝区域，抑制干细胞和祖细胞增殖，从而延缓组织修复。因此，仅根据某种细菌或粪便代谢物的丰度，很难准确预测组织中的免疫反应。还需要明确代谢物到达了哪里、作用于哪类细胞，以及改变了什么宿主靶点。
RNA m6A提供新的调控层。除DNA甲基化和组蛋白修饰外，RNA修饰正在成为微生物—免疫研究的新方向。m6A可通过METTL3–METTL14等Writer、FTO和ALKBH5等Eraser，YTH家族Reader，及exon junction complex (EJC) 等suppressor来调节RNA稳定性、剪接和翻译等过程。已有研究发现，不同微生物群状态与不同的宿主m6A谱相关，部分细菌感染和代谢物也能影响m6A调控因子。但“菌群变化与m6A变化同时出现”并不等于直接因果。该综述文章将相关证据分为三个层级：
1. 不同微生物群状态与宿主m6A图谱相关；
2. 改变微生物群可以引起宿主m6A变化；
3. 一个明确的微生物分子通过确定机制改变特定细胞中的特定RNA靶点，并产生可验证的免疫表型；
从“有哪些菌”走向“菌在做什么”。微生物群干预已经进入炎症性疾病和肿瘤治疗研究。粪菌移植、合成菌群、工程益生菌、膳食干预和微生物代谢物均显示出一定潜力，但临床效果仍然难以预测。患者分层不能只看微生物物种丰度，还应同时评估微生物功能、代谢物暴露、宿主受体、调控酶以及细胞状态。对于m⁶A相关机制，应确认具体细胞和具体RNA靶点是否真正发生改变。
微生物信号并没有固定含义。其免疫效应取决于作用位置、响应细胞和宿主状态，并受到染色质和RNA调控系统的共同解释。未来研究需要建立完整的因果链：从明确的微生物分子出发，连接宿主调控酶、RNA或染色质靶点、免疫细胞状态和组织表型。微生物组研究也需要从描述“谁在那里”，进一步走向解释“谁在做什么、作用于谁”。
文章链接：https://doi.org/10.1038/s44318-026-00962-2
制版人： 十一
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