“我有好一阵子不敢相信。”凯特·阿达马拉在接受Quanta Magazine采访时回忆说。她反复检查数据,反复查看显微镜下的图像,一个脂质膜包裹的“小水滴”,里面装着酶、DNA和一套蛋白质合成工具,正在拉长、收缩,然后一分为二。
“天哪,我真的造出了一个会分裂的细胞?……检查了够多次之后,你才敢跟自己说:好吧,这是真的。”
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SpudCell在显微镜下拉长、收缩并分裂成两个子细胞的过程。 | 图源:Kate Adamala, Adamala Lab
这个“小水滴”就是SpudCell(土豆细胞),它由36种纯化酶、一个9万碱基对的基因组和一层脂质膜组成。它能与外部的“饲养脂质体”(磷脂分子构成的微小中空囊泡,结构和人体细胞膜高度相似)融合获取营养,能复制自己的DNA,能通过膜表面的物理应力分裂成两个子细胞。
不过它不是活的,按任何定义都不是。
“我不知道还有哪个用生物组分组装人造细胞的尝试,能走到这么远。”研究生命起源的芝加哥大学化学家杰克·绍斯塔克(Jack Szostak)对Quanta Magazine说。绍斯塔克是阿达马拉的博士生导师,但未参与此项研究。
人类想从零造一个细胞,这个梦做了几十年。一直以来,想要实现这个目标的路线分两种。
第一条是“自上而下”:拿一个已经活着的细胞,不停地删基因,看删到什么程度它还能活。
首个人工合成基因组的细胞 | 图源:JCVI
但自上而下路线有一个根本限制:你必须从一个活细胞开始。你拿走的东西越多,越接近生命的底线,但你永远是在做减法。
第二条路线是“自下而上”:从非生命的分子出发,一个组件一个组件地往上搭,看什么时候搭出来的东西开始表现得像活的。
这条路上的关键工具早已存在。2001年,东京大学上田卓也团队开发出PURE系统,这是一套包含36种纯化蛋白因子以及核糖体、tRNA等组分的蛋白质合成工具包,能在试管里读取DNA并合成蛋白质。
此后,德国马克斯·普朗克学会的莱因哈德·利波夫斯基(Reinhard Lipowsky)发现,在脂质膜表面附着蛋白质标签可以吸引其他蛋白质聚集,物理挤压膜直至分裂。合成生物学家汉内斯·穆奇勒(Hannes Mutschler)和克里斯托弗·达内隆(Christophe Danelon)则开发了一套在脂质体内复制DNA的系统。
但从来没有人把这些模块整合进同一个系统,让它们协同运转。
阿达马拉2016年在明尼苏达大学建立实验室时,设想的就是这件事:用天然的生物分子,从零组装一个能完成完整细胞分裂周期的合成细胞。她的路线图来自所有已知细胞的共同特征:它们生长,它们复制DNA,它们分裂,它们演化。
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合成生物学家Kate Adamala | 图源:Eurekalert网站
“我有一份蓝图,一份完整的化学成分清单,列出了每一个组分。”她对Quanta Magazine说。
SpudCell的身体是一个脂质体,一个由脂肪分子围成的中空小球,和天然细胞膜的材料相同。球内装着PURE系统的蛋白因子和核糖体,以及分布在多个质粒上的约9万碱基对基因组。这个基因组比典型细菌小50倍,甚至比曾有理论方案估算的最小自主生命基因组(约113kbp)还要小。
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但基因组小也意味着SpudCell自己几乎什么都不会“做”。它没有代谢基因,不能处理食物和能量,不能合成核糖体,不能制造转运RNA(tRNA)。它就像一个不会做饭的人,完全靠外卖活着。
“外卖”是研究团队预先制备的一批小脂质体,里面装着糖、脂质、酶,以及核糖体和tRNA等复杂分子。SpudCell的基因组编码了一种叫α-溶血素(α-hemolysin)的蛋白质。这种蛋白质会插入SpudCell的膜中,向外伸出一个化学标签。当装满营养的小脂质体撞上SpudCell时,标签会锁住它们,触发两层膜融合,营养随之灌入。
SpudCell的DNA控制着它能不能吃、吃多快、长多大。天然细胞通过数百个代谢酶基因来实现类似的功能。SpudCell用外部供给绕过了这一步,以极小的基因组完成了细胞周期。
喂饱了,长大了,DNA也复制了。下一步是分裂。
这正是整个合成生物学领域卡了很久的地方。许多天然细胞分裂依赖细胞骨架——一套由几十种蛋白质协调运作的内部支架。从零构建一套功能性的细胞骨架,是公认的瓶颈。阿达马拉的团队决定跳过它。
他们借鉴了利波夫斯基的思路:让SpudCell在膜表面表达一种带有标签的蛋白质,再从外部加入连接分子和链霉亲和素(streptavidin)。连接分子先与标签结合,再把链霉亲和素固定到膜表面。当越来越多的链霉亲和素聚集在膜上,蛋白质之间的拥挤改变了膜的曲率,物理应力大到膜承受不住,细胞就裂成两半。
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Max Planck团队展示过通过膜表面蛋白浓度控制人工细胞样囊泡分裂的机制,SpudCell借鉴了这一思路。| 图源:Max Planck Institute of Colloids and Interfaces/Jan Steinkuehler
“这大概是最笨的办法了。”阿达马拉对《科学》杂志说。
不过,这套分裂机制效率很低。为了实现多轮分裂,研究团队不得不用物理手段辅助:把SpudCell压过一层布满微孔的膜,强制把它们挤碎。即便如此,五轮分裂后,只有约30%的子细胞仍保留了完整的全套基因组。
每一代耗时约12小时。作为对比,大肠杆菌在适宜条件下约20至30分钟就能倍增一次。
SpudCell也无法制造新的核糖体,这套蛋白质合成机器会随着分裂代数增加而降解。绍斯塔克指出,无法自主生产核糖体“限制了它的生长和持续繁殖潜力”。如果SpudCell能自己造核糖体和其他蛋白质及RNA,“它就会更接近现有的生物细胞,比如细菌”。
细胞能生长、能分裂了。但它能迈向生命的下一步,演化吗?
阿达马拉的团队做了一个实验。他们制备了两批SpudCell:一批使用普通强度的启动子驱动α-溶血素基因,另一批使用更强的启动子(T7Max),让细胞产生更多的融合蛋白。结果,后者吃得更快、长得更大。
然后,他们把两批细胞混在一起,让它们竞争同一份有限的营养。五轮生长和分裂后,产更多融合蛋白的变体在种群中占了上风:约60%的基因组携带了T7Max启动子。在营养更稀缺的条件下,这种优势更加明显。
这是真正的自然选择吗?不是。突变是研究者人为引入的,分裂需要机械辅助,基因组分配也不均匀。但它证明了一件事:在一个完全由已知化学组分构成的系统里,“适者多产”的逻辑已经开始运转。
阿达马拉自己也清楚,离真正的演化还差关键一步。她的DNA复制酶工作得太精准了,不会引入有意义的随机突变。她需要找到一种更容易犯错的酶,但又不能错得太离谱,以至于基因组在几代之内就崩溃。她引用了生物化学家、复杂性理论家斯图尔特·考夫曼(Stuart Kauffman)的说法:生物学在“混沌边缘”运转得最好。
“生物学需要变化得足够快,但不能太快。”阿达马拉说。
SpudCell的科学内容只是故事的一半,故事的另一半是它的发布方式,本身就成了争议。
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海德堡大学合成生物学家克斯廷·格普弗里希(Kerstin Göpfrich)对《科学》杂志评价说:“这是一种不寻常的做法。”
但也有同行持不同看法。
斯坦福大学合成生物学家德鲁·恩迪(Drew Endy)认为,阿达马拉的做法需要勇气。“我觉得她是在给所有人一份礼物。”他对《科学》杂志说。在他看来,尽快把研究公开(哪怕没有同行评审),是启动合成细胞领域协作的前提。
多位评审人对SpudCell本身给出了谨慎但积极的评价。西班牙国家生物技术中心(CNB-CSIC)教授维克托·德·洛伦佐(Víctor de Lorenzo)的表态可以代表一种广泛的立场:这项工作“技术上扎实,是重要的技术进步,但绝非在实验室中创造了生命”。他说,“生物工程中的里程碑不应与生命起源或创造中的里程碑混为一谈”。
在宣布SpudCell的同时,阿达马拉和恩迪等人成立了一个名为Biotic的非营利组织,目标是协调全球合成生物学研究团队,加速真正合成细胞的实现。据恩迪透露,Biotic已获得约1000万美元种子资金,大部分将于2026年9月以研究资助形式发放。团队同时公开了所有数据和方法,供全球研究者在SpudCell基础上改进。
阿达马拉喜欢用飞机做比喻。“现代细胞就像一架梦想客机(Dreamliner)。”她说,“我们造的是一架莱特飞行器……第一个装上翅膀的自行车车架,飞了100英尺。”
在她把SpudCell造出来之后,学生们想用她的名字来命名,叫“阿达马拉细胞”。她坚决反对,开玩笑说叫什么都行,叫土豆也行。于是学生们真的叫它SpudCell(土豆细胞)。“我是波兰人,我大部分成分就是土豆,所以没问题。”她说。
在显微镜下看SpudCell,“就是一坨东西”(it's a blob),阿达马拉承认,“对我来说很美,因为我太兴奋了。”
而另一位合成生物学家、慕尼黑工业大学的伯克霍芬,把视角拉得更远:
“如果你想理解生命是什么,你首先得造出生命。”
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