「百奥几何」完成数亿元战略融资，打造生命科学"微观世界模型"｜36氪首发

文｜胡香赟

编辑｜海若镜

36氪获悉，近日，AI原生生物科技公司百奥几何已完成数亿元战略融资。由上海生物医药创新转化基金、国科投资、达晨财智、星连资本联合领投，高榕资本、指数人工智能产业创新基金跟投。指数资本担任独家财务顾问。另据介绍，本轮募集资金将重点用于生命科学微观世界模型GeoFlow的持续迭代，以及自研药物管线的推进。

当前，人工智能正沿两条主线加速演进：以大语言模型与多模态模型为代表的数字AI（Digital AI），以自动驾驶与人形机器人为代表的物理AI（Physical AI）。而生命AI（Bio AI）或将成为下一个最具想象力的疆域，这一判断，正被全球顶级资本与科学界持续确认。

2024年，诺贝尔化学奖同时授予蛋白质结构预测与蛋白质从头设计两个方向；2025年，中国创新药BD交易金额达1357亿美元，占全球交易金额约49%，超越美国成为全球创新药对外授权第一大市场；2026年5月，Alphabet旗下Isomorphic Labs完成21亿美元融资，由Thrive Capital领投，淡马锡、MGX、英国主权AI基金等主权资本共同入局，刷新AI药物发现领域的单笔融资纪录。

生命科学的基本单位是由分子组成的细胞，生命的所有功能，都源自分子在原子尺度上的相互作用。能否在微观层面真正理解、并精准设计分子之间的相互作用，是生命科学最底层的命题。百奥几何自研的GeoFlow正是这样一个"微观世界模型"，通过在原子级精度上对蛋白质、DNA、RNA等生物分子的相互作用进行精确建模，以生成式AI从头创造自然界从未存在的全新分子，让"理解生命"走向"设计生命"。

自2024年首次发布至今，GeoFlow历经三次升级。GeoFlow V1将"原子级精度建模分子相互作用"这一核心思想落地为可工程化的大模型。在关键的蛋白-蛋白复合物结构预测任务上，GeoFlow V1达到与AlphaFold 3同等水准；2025年4月迭代至GeoFlow V2这一版本时，已不再局限于单纯的结构预测，而是实现了原子级精度下蛋白质结构预测与“从头设计（de novo design）”能力的统一，能够完成抗体从头设计、疫苗设计、工业酶优化等工作。

“客观而言，GeoFlow V2已能针对部分靶点生成相应的结合分子，但所得分子的结合亲和力仍有提升空间。因此，去年10月，我们又迭代了GeoFlow V3，核心目标是提高结合分子的生成成功率，并尽可能获得更多高亲和力结合分子，达到纳摩尔级（nM）水平。”唐建表示。

为实现这一点，百奥几何将大模型领域的Test-Time Scaling（TTS）技术应用到了蛋白质设计中。简单理解，这是一种用推理时间和计算投入换取设计质量的思路，具体到蛋白质设计上，就是针对目标靶点，让模型一次性生成多个蛋白版本，再从中筛选出优质样本、验证优化，最终得到结构稳定、亲和力达标的新蛋白。其核心优势在于成本低、落地快，不用投入巨资重新训练模型，就能提高蛋白质设计的成功率和质量。

以实际的抗体设计应用场景为例：在科学家还需“手搓”的时代，研发团队通常会在动物体内/体外构建上亿级分子库，并开展多轮、耗时数月的高通量筛选，成本高、流程长。如今，在AI“主导”下，则可以通过更少的试验投入，实现更高的命中率。

据百奥几何披露数据，在针对TSLP、IL-33、IL-13、CCR8、 PD-1、H3-HA、IL-4Rα等超过20个靶点的从头设计任务中，每个靶点仅需合成验证不超过50个GeoFlow V3设计的候选分子，就能获得表位特异的nM级别的结合抗体，平均命中率接近20%，且先导分子发现时间可缩短至三周内。

目前，百奥几何正在研发下一代微观世界模型GeoFlow V4，将建模尺度从分子相互作用拓展至从"设计单个分子"走向"设计分子系统"。

近两年，BD交易成为创新药企的重要商业化出口。既往案例中，药物管线的价值通常随临床阶段推进而增加。此前，百亿美元级大额交易多发生在临床2期或3期之后，也能看出这一点。但AI的“从头设计”能力或将进一步放大早期阶段分子的价值，进而改写这个逻辑。

唐建认为，对于那些传统方法容易获得的抗体分子，跨国药企更看重后期临床数据，是因为速度越快、临床数据越充分，获批上市概率就更大。但对于获取难度本就很高的分子，即便处于早期阶段，只要能形成差异化，也可以做出高价值；而且，优质分子还能提升临床阶段的成功率。

据介绍，百奥几何现已与国内外药企达成超20项BD合作，在高特异性抗体从头设计、先导分子多目标优化、疫苗设计等多方面实现突破。

以肿瘤免疫领域为例，GeoFlow 模型实现了高特异性抗体的"从头设计"。该项目的目标靶点是肿瘤细胞表面特有的抗原，研发难点在于它存在一个高度同源的"孪生靶点"——两者结构高度相似，传统方法难以在分子层面精准区分，极易误伤表达"孪生靶点"的正常细胞。百奥几何借助 GeoFlow 的全原子建模能力，将"特异性"作为前置约束直接写入分子生成阶段：仅设计不超过 100 条序列，即获得 2 条同时具备高选择性与高亲和力的抗体——精准结合目标靶点，而对"孪生靶点"不结合，从源头保障了临床安全性。

“目前，这是最能代表百奥几何模型能力的项目之一。通常，与客户共同开发的大多是传统方法无法攻克的项目，甚至有一些GeoFlow V2无法完成、GeoFlow V3迭代后成功突破的案例。这个过程中，不仅我们能感受到模型迭代带来的能力涌现，客户自身也在直观感受到AI技术的快速进化，尤其是AI Agent爆发后，药物研发和蛋白设计领域的技术迭代速度在显著提升。”唐建提到。

在与某国外知名药企的合作中，目标项目需要同时优化先导抗体的亲和力、理化性质、热稳定性、人源性等多项指标。GeoFlow在零样本（模型未经该靶点数据微调）场景下，仅通过一轮设计与验证即交付了同时满足全部预设指标的目标分子：亲和力提升数十倍、表达量提升8倍、人源性优化至90%以上、热稳定性同步显著提升，项目交付周期较客户预期缩短80%以上。

此外，在合成生物学领域，百奥几何已储备数十条自研管线。其中，包括ɑ-酮戊二酸、天然冰片在内的多条管线已完成中试放大；目前，公司的多款自研管线已通过“技术转让+销售分成”的模式达成授权合作，商业化进展持续提速。

团队方面，百奥几何由AI4S科学家唐建教授创立，图灵奖得主、AI之父Yoshua Bengio担任首席科学顾问。团队自2018年开始探索AI驱动药物发现，已取得多项产学研落地成果。2021年，将扩散生成模型用于分子三维结构生成（代表性工作 ConfGF、GeoDiff）；2022年联合英伟达、英特尔、IBM发布开源机器学习药物发现平台 TorchDrug 与 TorchProtein。近期，作为核心贡献者参与英伟达开源蛋白质大模型 La Proteina 的研发，并自主研发前沿 AI 虚拟细胞模型PerturbDiff。

投资人观点：

上海生物医药创新转化基金总裁郭秋杉表示，大分子药物开发长期掣肘于传统筛选的冗长与过往分步式AI工具链的误差逐级放大。百奥几何实现了生物分子相互作用的原子级精度建模，并将结构预测、序列生成、成药性评价与湿实验反馈整合闭环，代表一条更接近底层科学逻辑和真实工业需求的 AI Native 路径。这种全原子 De Novo 设计思想，让公司在传统难成药靶点、复杂抗体、多特异性大分子等高难度管线上展现出无法比拟的代际优势，并实现了 PCC 级分子的交付。我们期待百奥几何凭借快速迭代、自主可控的 GeoFlow 算法底座，全速推进自研管线的临床开发与全球合作。

国科投资智慧医疗组组长张堃表示，AI驱动药物研发有望打破生物医药行业“反摩尔定律”研发困局，推动大分子药物逐步构建“结构理解、定向设计、干湿实验闭环验证”的全新研发范式。我们高度认可唐建教授领衔团队在AI4S领域的技术能力及其全球影响力，其自主研发的GeoFlow模型在抗体药物、工业酶从头设计场景中已展现出差异化技术优势。我们相信，在AI重塑药物研发的时代背景下，百奥几何将深度赋能创新药企与生物制造产业，加速管线转化与商业化落地，持续带来产业化价值和兑现产业化红利。

达晨财智董事总经理王大奎博士表示，AI在生物医药领域的“智能涌现”时刻比业内预想中来得更快。AI可以近乎无限地设计、筛选候选分子，药物研发的创新正从传统实验试错转向计算驱动。百奥几何正是由唐建教授带领的一支顶尖AI4S团队，常年扎根生物计算，既有扎实的学术积累，也具备把前沿算法落地成工程方案的能力。团队自研的GeoFlow微观世界模型，可以高精度预测蛋白质等生物大分子的结构与相互作用，技术能力处于全球第一梯队，也是打破海外相关闭源模型垄断的一个关键突破口。再叠加国内在湿实验环节成本低、迭代快的优势，以百奥几何为代表的中国AI制药公司，完全有能力实现后发追赶。

星连资本合伙人李文珏表示，生命科学正在进入一个全新的时代：从依赖经验和偶然发现，走向以计算和设计驱动的精准创新。百奥几何以生成式 AI 为引擎，探索蛋白质这一生命底层语言的可编程化设计，并通过干湿实验闭环不断加速模型迭代与实验验证，提升新分子发现和功能设计的效率与成功率。我们看好百奥几何在 AI 基础模型、蛋白设计能力和实验验证体系上的系统性积累，也看好其全球化、交叉学科团队所展现出的长期创新潜力。期待百奥几何持续推动 AI 与生命科学的深度融合，为生物医药与合成生物学打开更高效、更可预测、更具工程化能力的新范式。