三起最新税务案件揭示农产品行业涉税风险

编者按：农产品行业作为“三农”发展的核心产业载体，深度融入乡村振兴、农业农村现代化发展进程，在国家发展大局中占据举足轻重的战略地位。但因农产品税收政策的特殊性，被追缴税款、加收滞纳金、定性偷税、骗税风险易发，长期以来是税务稽查的重点领域。本文以今年公布的农产品行业涉税典型案件为切入点，聚焦行业突出涉税问题，为行业经营者提供税务合规建议。

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案例一：某上市子公司因销售免税菜粕进项转出争议被追缴税款、滞纳金4.72亿

2026年4月18日，某上市公司发布《2025年年度报告》，披露其子公司面临的一项涉税争议。2023年11月17日，子公司收到主管税务机关的《税务处理决定书》，认定子公司2012年7月1日至2022年6月30日期间（以下简称“该期间”）对免税项目菜粕增值税不得抵扣进项税额的计算不准确，造成少计增值税不得抵扣进项税额以及多办理增值税增量留抵退税，要求子公司调整转出该期间少计算的不得抵扣进项税额3.93亿元，并按照调整结果追缴少缴的增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加及滞纳金合计1.21亿元。子公司不服，申请行政复议。2024年4月17日，复议机关作出行政复议决定，维持主管税务机关的行政行为。2024年4月28日，子公司提起行政诉讼，诉请撤销《税务处理决定书》和《行政复议决定书》，并责令主管税务机关将子公司缴纳的1.21亿元税款及滞纳金退回给子公司。2025年6月24日，子公司收到一审判决书，一审法院驳回子公司的诉讼请求。2025年7月8日，子公司提起上诉。截至2025年财务报表批准报出日，本案尚在审理中。

近年来，因对农产品等税收政策理解存在争议等问题，被税务机关追缴税款、滞纳金的案件日益增多。以本案为例，关于税收政策的理解不同系引发本案的原因。根据《财政部国家税务总局关于饲料产品免征增值税问题的通知》（财税〔2001〕121号）“除豆粕以外的菜子粕、棉子粕、向日葵粕、花生粕等粕类产品免税”之规定，子公司销售菜粕免增值税。同时根据增值税相关规定，用于免税项目的进项税额不得从销项税额中抵扣。如果一般纳税人购进应税项目，既用于应税项目，又用于免税项目，导致无法划分可抵扣进项税额和不可抵扣进项税的，应当按照公式计算不得抵扣的进项税额：不得抵扣的进项税额＝当月无法划分的全部进项税额×当月免税项目销售额÷当月全部销售额。并结合子公司主营业务系饲料蛋白开发生产来看，子公司在生产加工农产品过程中产出免税的菜粕和应税产品，其购进的原材料进项税额抵扣需要在免税项目菜粕和应税项目中进行划分，如无法划分的，则按照上述公式进行计算。关于公式的理解，存在三个问题。具体来说：

一是公式中的全部销售额是否含税？二是如果全部销售额不含税，那么免税项目销售额是否应当作不含税换算？三是如果无法划分进项税额对应的购进项目没有用于相关销售项目，相关销售项目的销售额是否参与全部销售额的计算？

对于问题一，在原《增值税暂行条例》、现《增值税法》中有明确定义，即“销售额为纳税人发生应税销售行为收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额”。因此增值税制度中所称销售额，应当理解为不含税销售额。对于问题二，国家税务总局曾作出两个批复，《国家税务总局关于分摊不得抵扣进项税额时免税项目销售额如何确定问题的批复》（国税函〔1997〕529号）规定，“纳税人在计算不得抵扣进项税额时，对其取得的销售免税货物的销售收入和经营非应税项目的营业收入额，不得进行不含税收入的换算”。《国家税务总局关于江西德兴铜矿有关税收业务问题的批复》（国税函〔1998〕391号）亦规定，“关于铜矿的免税收入如何确定基数计算分摊进项税金的问题。由于增值税实行的是价外税，对于销售免税货物而言，其取得的收入为不合（笔者注：应为“含”）税收入，因此在确定不得抵扣进项税额时，应当以免税货物实际销售额占全部货物和应税劳务销售额的比例划分”。对于问题三，从文义角度理解，全部销售额并未作任何例外规定，似乎不应将任何销售额从中扣除。问题到这里似乎已然非常明朗，但实践中却仍有不同做法，尤其涉及到问题二，本案中，很可能子公司将免税项目销售额进行了不含税收入的换算，导致该公式的分子变小，不得抵扣的进项税额变小，导致少缴增值税和多办理增值税增量留抵退税。

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案例二：利用农产品核定扣除政策虚抵进项税额被定性偷税

2026年1月30日，湖州税务通报一起通过虚开增值税专用发票并利用农产品核定扣除政策偷税案。根据《浙江省财政厅 浙江省国家税务局关于进一步扩大农产品增值税进项税额核定扣除试点行业范围有关事项的通知》（浙财税政〔2017〕32号），“以购进农产品为原料生产销售……竹木制品……及所有从事农产品批发、零售业务的一般纳税人，纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围。试点纳税人购进农产品无论是否用于生产上述产品，均按照《财政部 国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税〔2012〕38号）的有关规定核定农产品增值税进项税额，不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额……试点纳税人以购进农产品为原料生产销售……竹木制品……的，按照《实施办法》第四条规定的‘成本法’，核定农产品增值税进项税额”。案涉某木业公司属于浙江省农产品加工企业，适用农产品增值税进项税额核定扣除办法并采用成本法进行核定。

根据前述政策，该木业公司虽然无需以增值税专用发票抵扣进项税额，但仍然需要取得发票作为生产成本及农产品耗用率核算的依据。2021年至2023年期间，为抬高农产品耗用率，虚增当期可以抵扣的进项税额，该木业公司通过支付开票手续费方式取得虚开增值税专用发票，进行农产品增值税进项税额虚假核定，造成少缴增值税、企业所得税等税费款共计383.68万元。税务机关认定，该木业公司构成偷税，作出追缴税费款、加收滞纳金并处罚款共计748.78万元的处理处罚决定。

农产品涉税案件频发与不法分子利用农产品进项税额抵扣政策密切相关。农产品增值税进项税额抵扣有三种方式：一是凭增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书直接抵扣；二是凭农产品销售发票或收购发票计算抵扣，其中，农产品销售发票由农业生产者开具，农产品收购发票由农产品收购企业自行填开；三是核定扣除。不难看出，农产品增值税进项税额抵扣方式相较其他产品多了计算抵扣和核定扣除两种方式。究其原因，税收政策规定农业生产者销售自产农产品免税，但也中断了增值税抵扣链条，为保持增值税链条的完整性，避免农产品收购企业抵扣不足，国家赋予了农产品收购企业自行填开农产品收购发票的权利。同时为了进一步加强农产品增值税进项税额抵扣管理，规定试点纳税人购进农产品不再凭借凭证抵扣增值税进项税额，而可以采用一定的进项税额核定方法进行抵扣。此外，为了尽可能遏制实务中虚开虚抵问题的发生、兼顾各省份农业发展的差异性，对农产品收购发票的填开和核定扣除的范围又作出了限制。尽管如此，也未能杜绝利用农产品抵扣增值税税收政策实施违法行为的发生。本案则是通过虚开增值税专用发票提高耗用率，虚增农产品核定进项税额进行偷税。

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案例三：利用农产品免税发票骗税被判骗取出口退税罪

2026年2月27日，贵州税务局曝光一起利用农产品发票骗取出口退税案件。汇达丰公司主要业务系将香菇浓缩液出口至境外，徐某系该公司的实际控制人。经查，2020年至2022年，生产香菇原料的合作社实际生产规模、库存数量与开具的农产品发票金额严重不符，合作社负责人供述，其收取汇达丰公司开票费后，为该公司虚开农产品免税发票，协助下游供货商抵扣增值税进项税额。汇达丰公司上游供货商以香菇边角料为原料生产香菇浓缩液再销售给汇达丰公司，实际成本为每公斤9元，但在账务处理中虚增至每公斤90元，后以每公斤180元的价格向汇达丰公司开具增值税专用发票。汇达丰公司再以虚高价格与国外公司签订虚假合同，伪造出口业务，并通过地下钱庄伪造跨境收汇记录，以此骗取出口退税款。最终，税务机关依法追缴汇达丰公司骗取出口退税款5465.09万元，停止为其办理出口退税3年。主犯徐某因犯骗取出口退税罪，被判处有期徒刑13年并处没收全部个人财产。

从披露的案情来看，徐某则是利用“农民专业合作社销售本社成员生产的初级农产品，视同农业生产者销售自产农产品免征增值税”政策，操纵整个链条实施骗税。具体来说：合作社销售本社员生产的香菇，对外可以开具农产品免税发票，下游企业对香菇进行加工，可以以农产品免税发票注明的农产品买价，按照9%或10%的扣除率计算抵扣进项税额。合作社通过高开、多开农产品免税发票，自身无需缴纳增值税，但下游企业可以利用高开、多开的农产品免税发票多抵扣进项税额以此抵销高开、多开给汇达丰公司增值税专用发票对应的销项税额。汇达丰公司则利用上游企业高开的增值税专用发票申请出口退税，导致国家税款遭受被骗损失。需要注意的是，认定徐某操作整个链条实施骗税需要有确实、充分的证据，应当查明货物真实价格是否与发票价格相符，是否存在高开、多开的情况，而不能采用倒推的逻辑，推断、猜测出口企业取得的发票系高开、多开，也不得将存在诱供情形的嫌疑人供述，作为认定高开、多开发票的依据。

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结语

从近年来农产品行业涉税案件来看，因对农产品税收政策理解不同引发的涉税争议案件频发。对此，农产品企业应重视对自身业务的税务健康检查，定期对企业适用农产品税收政策的情况开展自查工作，对税收政策进行全方位的梳理、研判，分析潜在风险点，经检查发现存在涉税风险的，应及时调整。尤其在农产品增值税进项税额抵扣政策方面，各地关于开具农产品收购发票、农产品增值税进项税额核定扣除等规定不尽相同，建议农产品企业建立农产品税收政策数据库，定期梳理政策的有效性，避免因政策适用错误、理解偏差引发税务风险。此外，如面临税务稽查，及时全面梳理稽查涉及的业务资料，包括交易合同、发票、资金流水、入库出库记录等，主动配合税务机关的调查工作，如实说明业务实质，积极行使陈述申辩权利，避免被追征税款，甚至被定性为偷税、骗税，防止税务风险扩大化。