SwissDock：一个免费免安装、随用随走的分子对接网站

网站介绍

SwissDock 是由瑞士洛桑大学分子建模组与 SIB 瑞士生物信息学研究所联合开发的一款免费在线分子对接工具，自 2010 年上线以来始终致力于降低分子对接的使用门槛，让药物化学、生物医学等领域的非计算专家也能轻松预测靶标蛋白与小分子之间的相互作用。

该平台最初基于 EADock DSS 算法打造（现已发展为 Attracting Cavities 引擎），随后又集成了经典的 AutoDock Vina，用户可以根据需要灵活切换这两种对接算法。通过其简洁友好的网页界面，只需上传蛋白和小分子结构，就能自动完成对接计算并可视化展示分析结果——其中，Attracting Cavities 属于后起之秀，而 AutoDock Vina 则是久经考验的经典引擎。

平台网址

https://www.swissdock.ch/

对接教程

1.打开网站，选择一种对接算法即可（Attracting Cavities 或 AutoDock Vina）

2.准备配体（化合物）：支持三种输入方式——① 输入 SMILES 表达式；② 上传分子的 mol2 格式文件；③ 在线绘制分子结构。

3.准备蛋白：上传靶标蛋白的 PDB 文件，或直接输入 PDB ID 获取结构。

4.设置对接盒子的大小（定义结合位点搜索空间）

5.检查对接参数

6.开始对接任务：可在此处填写邮箱地址，对接完成后系统会发送通知；建议为任务起一个便于识别的名称

7.任务运行中，等待计算完成

8.对接完成后，在结果表格中点击相应的对接构象，即可在三维视图中查看配体的结合姿态（pose），显示不同的作用力以及蛋白表面

9.赶紧来试试吧！

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