如果地球生命最初只用了19种氨基酸,为什么现在变成了20?哥伦比亚和哈佛的团队决定亲手拆掉一个,看看会发生什么。
为什么要做这种"减法实验"
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遗传密码是生命的核心基础设施。几乎所有地球生物都用同一套规则:三个DNA碱基对应一个氨基酸,总共20种。这套系统可以追溯到所有生命的最后共同祖先,数十亿年来几乎没有例外。
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但起源问题一直悬而未决。主流假说认为,早期生命可能用过更少的氨基酸,后来才扩充到20种。问题是:我们怎么验证?
过去的研究大多做"加法"——往遗传密码里塞第21、22种氨基酸,让蛋白质搞点新化学。这次团队反其道而行,想看看能不能砍掉一种现有的。
他们的动机很具体:早期生命很可能混合使用蛋白质和催化性RNA来运转代谢。催化性RNA已经被研究得很透了,但"精简版遗传密码能做什么化学",我们几乎一无所知。更关键的是,AI蛋白质设计工具这几年成熟了,重新设计蛋白质不再是天方夜谭。
为什么是异亮氨酸
团队选了异亮氨酸(isoleucine)开刀。它和亮氨酸、缬氨酸是"三兄弟"——结构上都是碳氢组成的支链,疏水,喜欢躲在蛋白质内部避开水环境。从逻辑上讲,这三个里拿掉一个,蛋白质折叠未必崩溃。
基因组分析也支持这个选择。团队比对了大肠杆菌和其他物种的同源蛋白,发现异亮氨酸是最常被其他氨基酸替换的一位。换句话说,进化本身已经在试探"没有它行不行"。
实验目标很明确:改造核糖体的一部分,让它在不使用异亮氨酸的情况下正常工作。
技术路径:重新设计核糖体
核糖体是蛋白质合成的工厂,本身也是蛋白质和RNA的复合体。团队要改的是核糖体RNA——这部分由基因编码,但翻译过程不直接依赖氨基酸。
真正的挑战在核糖体蛋白质。这些蛋白质含有异亮氨酸,团队需要重新设计它们,用其他19种氨基酸替代异亮氨酸的位置,同时保持功能。
这里AI工具派上了用场。他们用蛋白质结构预测模型(类似AlphaFold的思路)来评估替换后的稳定性,筛选可行的设计方案。这不是随机突变,而是系统性的结构重设计。
实验做到了哪一步
原文报道的是"first attempt"——初步尝试。团队成功改造了核糖体的一个功能区域,使其在没有异亮氨酸的情况下仍具活性。
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具体数据原文未披露。我们不知道改造后的核糖体效率是野生的百分之多少,也不知道细胞整体存活率如何。但这第一步证明了概念可行:遗传密码确实可以压缩,生命系统有一定的容错空间。
这件事的真正价值
短期看,这是合成生物学的基础研究。它回答了一个"能不能"的问题,为后续实验铺路。
中期看,精简遗传密码可能带来实际应用。如果某些氨基酸可以被彻底剔除,细胞培养的成本和复杂度会下降——工业发酵不用操心某一种氨基酸的供应,生物安全层面也多了一层隔离(精简版生物无法在野生环境中存活,因为它们依赖实验室提供的特殊条件)。
长期看,这是在重建生命演化的可能路径。我们无法穿越回40亿年前,但可以在实验室里复现"早期生命可能长什么样",测试那些关于起源的假说。
没说的和该警惕的
原文没提这项研究是否申请了生物安全审查,也没说改造后的菌株如何处置。这是标准的科研报道,不是风险评估文件。
原文也没给出时间表——从概念验证到全基因组层面的19氨基酸生命,中间隔着多少工程难题,没人知道。
更实际的问题是:就算能砍掉异亮氨酸,剩下的19种里还有没有冗余?亮氨酸和缬氨酸还在,它们和异亮氨酸的化学性质高度重叠。理论上,这个减法游戏可以继续玩下去,直到触及生命的底线。
行动号召
如果你在做蛋白质工程或合成生物学,建议把这篇原文加入阅读清单。不是因为它给出了什么立即可用的技术方案,而是因为它示范了一种提问方式:当所有人都在做加法时,减法可能是更好的突破口。
AI蛋白质设计工具已经改变了游戏规则。现在的问题是,你想用它来造更复杂的东西,还是用来追问更本质的问题?
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