中科院新疆分院，是中国科学院在少数民族自治区设立的唯一分院

位于乌鲁木齐市北京中路东侧的中国科学院新疆分院，为中国科学院在少数民族自治区设立的唯一分院，其发展历程与新疆的开发建设紧密相连，历经初创、动荡、恢复、整合等重要阶段，形成了独具特色的科研发展路径。

1957年年初，中国科学院决定组建新疆分院，由新疆维吾尔自治区和中国科学院一些单位抽调人员，成立中国科学院新疆分院。筹备委员会经过半年的筹备，中国科学院新疆分院于1957年7月30日正式挂牌成立。

1968年8月，中国科学院将各所新分配来的大学毕业生和研究生，集中到天津部队农场接受再教育。新疆分院新分来的10名66届大学生也于8月底赴天津，另10名67届大学生9月底报到，于10月份儿赴山西临汾部队农场接受再教育，1970年春节后返回新疆分院。

新疆分院初创时，中国科学院就将新疆分院定为主要为新疆的经济、社会、科技发展服务。军宣队撤离三科机关后，科学分院下放新疆维吾尔自治区管理。

1976年，新疆生物土壤沙漠研究所所属环境保护研究室，独立成为新疆环境保护研究所。后来，隶属于新成立的新疆环境保护局。

1977年11月，中国科学院就恢复新疆分院请示国务院，经党中央、国务院批准，恢复中国科学院。新疆分院经中国科学院批准，于1978年9月恢复了新疆物理研究所、新疆化学研究所、新疆生物土壤沙漠研究所、新疆地质地理研究所和乌鲁木齐人造卫星观测站、科学仪器厂、图书馆等7个科研事业单位。

1997年，中国科学院开始实施百人百所计划和创新工程，将所属近170个研究所整合成100个左右。1998年7月，新疆生物土壤沙漠研究所与新疆地理研究所，整合为新疆生态与地理环境研究所，进入创新工程。

2002年3月，新疆物理研究所与新疆化学研究所整合为新疆理化技术研究所，而乌鲁木齐天文台则与南京和上海等天文台整合。

2003年3月，新疆分院图书馆移交给新疆生态与地理环境研究所。

中国科学院新疆分院是先组建分院，后组建各研究所及其他科研事业单位。各研究所的经费。虽由中国科学院直接拨给，但隶属于新疆科学分院。文革时期划归新疆维吾尔自治区管理，各研究所的人员工资和贵重设备的运行维护费由中国科学院直接拨给，科研事业经费则由新疆维吾尔自治区拨给各研究所，隶属于新疆科学院。

中国科学院新疆分院自成立以来，始终立足新疆、服务新疆，其管理体制历经多次调整：初创期隶属于中国科学院，文革时期下放新疆维吾尔自治区管理（人员工资、贵重设备运行维护费仍由中科院拨付，科研事业经费由自治区拨付），1978年恢复中科院管理建制。

在发展过程中，通过机构整合、资源优化，逐步聚焦干旱区生态、资源开发等特色领域，成为支撑新疆经济社会发展的重要科研力量，见证了中国边疆科技事业的发展历程。