一次性看清！中大、华大等揭示小型哺乳动物的全谱病原体生态图谱

提到鼠类等小型哺乳动物，你可能觉得它们只是路边偶尔窜过的“小家伙”，但实际上，它们是多种人类重要致病体的天然宿主和储存库，堪称“移动的病原体仓库”——携带汉坦病毒、狂犬病毒、鼠疫杆菌等多种人兽共患病病原体。然而，这些小型哺乳动物究竟携带了多少种病原体？我们对其病原谱的认知是否完整？这些隐藏在宿主中的病原体，又如何在宿主、环境与时间中流动与演化？

为了解答这些问题，来自中山大学医学院、华大生命科学研究院、广东省疾病预防控制中心等机构的联合研究团队，在广东省内9个不同生态背景的地区，对858只小型哺乳动物（涵盖9种常见物种）个体进行了系统的“全感染组（Infectome）”分析。基于宏转录组测序，研究团队首次刻画了广东省小型哺乳动物的全谱病原体生态图谱，揭示了RNA病毒、DNA病毒、细菌、真菌和寄生虫在内的病原体生态群落结构与潜在传播风险。相关研究成果发表于国际学术期刊《自然·通讯》（

Nature Communications

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2021-2022年在广东省采集小型哺乳动物的分布以及物种鉴定

研究团队对每个个体的肺、脾、肠道三种关键组织进行了宏转录组测序，共获得2408份高质量测序数据，实现了在个体组织分辨率上对感染组的精细解析。通过宏转录组分析，研究团队鉴定出76种潜在哺乳动物病原体，包括29种RNA病毒、12种DNA病毒、5种细菌和30种真核微生物，其中33种为全新发现的病原体，这揭示了该地区病原体高度的多样性和独特性。研究还检测到多种已知的人兽共患病病原体，如汉坦病毒、大鼠戊型肝炎病毒、温州沙粒病毒、广州管圆线虫等，证实了这些动物是新发传染病的潜在储存库。

病原体“分布偏好”反映其潜在传播途径

研究发现不同病原体在宿主体内具有明显的组织偏好。例如，肠道是病原体多样性最丰富的器官，主要富集微小核糖核酸病毒科、杯状病毒科和冠状病毒科等病毒；脾脏以细小病毒科、巴尔通体属等居多；肺部则主要为肺孢子菌、管圆线虫和锥虫等。而病原体的这些“分布偏好”也为推断病原体的潜在传播途径提供了直接线索：富集于肺部的病原体可能通过呼吸道传播；集中在肠道的病原体则更可能通过粪-口途径传播。

哺乳动物相关病原体组织趋向性

宿主亲缘关系是共享病原体的关键因素

研究还指出，宿主物种间的进化距离是影响它们共享病原体数量的最关键因素。即亲缘关系越近的物种，共享的病原体种类就越多。分析显示，在所有检测到的5种细菌性病原体均在两种及以上的宿主中发现，共有10种病原体展现出跨目传播的能力，这也进一步表明它们具备跨物种传播和溢出人类的生态学基础。

区域和宿主共同塑造人兽共患病病原体分布格局

对不同人兽共患病病原体在时间、空间及宿主物种层面的流行特征进行比较发现：人兽共患病病原体的流行格局受区域生态条件与宿主特异性的共同塑造，为识别重点防控区域和高风险宿主提供了关键依据。从区域来看，茂名地区的板齿鼠携带病原体最丰富；而从宿主物种来看，褐家鼠和板齿鼠携带病原体种类最多，是需要重点关注的高风险枢纽物种。

研究依托于华大生命科学研究院全球病原数据库（Global Pathogen Database Project）计划，通过大规模、系统性的“全感染组”分析，首次在区域尺度上构建了小型哺乳动物的全谱病原体生态图谱，不仅揭示了病原体复杂的分布和传播规律，更重要的是建立了一套从发现、评估到预警的完整研究范式。该研究成果为未来传染病源头防控、风险预警和精准干预策略的制定提供了坚实的数据支撑和科学基础，也标志着我国在新发传染病生态学研究领域迈出了重要一步。

华大构建传染病“监测—诊断”防控新范式

多年来，华大以“读、写、存”基因核心能力为基础，构建了从病原监测预警到诊断治疗的全链条传染病防控体系。在非典、新冠等公共卫生事件中，实现36小时完成病毒测序、快速研制试剂盒，并推出可全球复制的“火眼”实验室解决方案，展现从科研到产品的快速转化能力。

在临床应用方面，华大不断加强和完善感染分子诊断全场景的系列产品布局，技术涵盖宏基因组技术和靶向测序技术等，建立从社区复杂感染、院内感染、症候群感染到疑难/未知/免疫缺陷感染的全套本地化产品解决方案，助力临床对感染性疾病进行针对性治疗，最大程度降低患者死亡率，协助医生合理用药，助力感染性疾病的精准治愈。华大在关注病原检测技术的同时，更致力于从实验室质量管理体系建设、技术转移、软硬件建设、人员培训等方面为医疗机构提供整体解决方案以及更全面细致的检测服务，推动病原基因检测实验室的建设和高效运行。

中山大学医学院施莽教授、华大生命科学研究院邓子卿研究员为共同通讯作者，中山大学硕士研究生辛根阳、华大生命科学研究院王达希副研究员、广东省疾控中心张欣研究员为共同第一作者。该研究获得了国家重点研发计划、广东省自然科学基金、国家自然科学基金、深圳市科技计划、广州国家实验室重点项目、深圳华大生命科学研究院开放课题、广东省“珠江人才计划”创新创业团队项目、广东省新发传染病病原检测重点实验室以及深圳市重点实验室基金、澳大利亚国家健康与医学研究委员会（NHMRC）Investigator Award、香港特别行政区创新科技署管理的AIR@InnoHK计划及基因组多维解析技术全国重点实验室等多个项目的支持。该项科研成果符合伦理和数据安全法律法规，不涉及人类遗传资源。所产生的数据存储于生命大数据平台（CNGBdb）序列归档系统。

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