海南
第二天小智正式向宇康先生提出挑战，比赛场地为远古丛林，规则为3V3。第一个对手是狡猾天狗蜥蜴王，轻松击败对方。第二个对手为妙蛙花，强大的实力下小智的赫拉克罗斯当即不敌。见状小智派出大王燕，利用影分身和燕返战胜妙蛙花。随即宇康派出王牌宝可梦念力土偶，它可以引动各种自然之力并用破坏死光击败了大王燕。
这时在旁观战的亚希达表示念力土偶的实力非同小可，对此小智再度派出蜥蜴王进行最后决战。突然乌云蔽日，天降骤雨，这是丛林专属的气候。由于失去阳光的能量，蜥蜴王的实力打了对折。得此空隙念力土偶杀招跌出水气，狂风猛攻不休。连环的进攻让蜥蜴王伤痕累累，但是它的战意仍旧高昂，小智也决不放弃。
就此在蜥蜴王的阳光烈焰之下念力土偶被彻底击败，于是小智成功获得第五枚徽章精神徽章。一番旅途后大家来到第六个对战设施对战塔开启挑战，此处的首领名为莉拉，比赛规则为3V3。莉拉与宝可梦之间通过精神进行交流，第一个上场的胡地就先后击败了龙虾小兵和肯泰罗，而作为压轴的皮卡丘则是被第二只宝可梦巨金怪击败。
不过这样的失败没有让小智气馁，经过修整和治疗，他开始与宝可梦进行心灵交流的特训。接着与宝可梦心意相通的小智再度挑战莉拉，这次龙虾小兵被胡地精神控制陷入混乱，但是小智通过让龙虾小兵进出精灵球从而解除混乱，随之而来的泡沫光线一举击败了胡地。
之后莉拉派出巨金怪收割残血的龙虾小兵，见状小智召唤肯泰罗迎战。只见肯泰罗的猛撞对决巨金怪的流星拳，气场激荡之下两只宝可梦同时倒地失去战力。随即比赛进入决战，皮卡丘面对太阳伊布，这只伊布的气势十分惊人，亚希达看见后赶忙夸赞莉拉一定能够取胜。
闻言皮卡丘施展电光一闪和十万伏特与伊布死斗不休，战斗过程极为激烈，赛场被电气磁场冲击得灯光全灭，最终皮卡丘用出高压电击彻底战胜了太阳伊布。借此小智收获了第六枚徽章能力徽章，总算他完成了第一阶段任务，可以挑战最终的对战金字塔。通过这段时间的相处莉拉还对小智芳心暗许，然而一根筋的小智对此全然没有反应。
随后大家继续旅途，过程中小遥集齐五枚缎带徽章可以挑战豪华庆典。与此同时火箭队经历了一场内讧，他们为屡次的失败互相责怪武藏和喵喵更是气得离开队伍，可是长久以来的羁绊绝非轻易可以斩断。看着手中的食物喵喵想到了曾经三人彼此依偎的画面，最终在喵喵的撮合下武藏和小次郎重归于好，三者互相道歉并决定携手走过未来的风风雨雨。
另一边小智等人总算找到了对战金字塔并遇见首领神代，金字塔所在之地乃是波特兰蒂斯的遗迹，这个国家曾经想要利用凤王的力量统治世界，然而由于激怒了凤王整个国家惨遭覆灭，意外之下小智在遗迹中被波特兰蒂斯国王的灵魂操纵。
这么多年过去国王仍旧想要称霸世界，因此为了阻止国王神代要求进行宝可梦对决，双方分别派出了雷吉洛克和蜥蜴王。战斗中小智被宝可梦的叫声唤醒神志，他在意识中让皮卡丘对自己施展十万伏特，强烈的电气冲击让国王的邪恶灵魂离体而出，见状神代用遗迹的精灵球吸收了国王的灵魂危机解除。
接着神代要求小智锻炼自己的灵魂以免被邪恶侵蚀，而他则是驾驶着对战金字塔去往下一个被发现的遗迹，故而小智还需要旅途的磨练才能再次挑战对战金字塔。路上小遥来到石英高原参加了华丽大赛的豪华庆典，这次她的成绩更进一步取得四强，不过从小遥伤心的泪水中可以看出她的梦想远远不止于此。
之后经过一路的磨练小智收服了一只长尾怪手，接着他就再次找到对战金字塔和正在调查遗迹的神代先生。由于另有要事在身神代决定先和小智进行1V1比试，这场战斗神代派出了雷吉斯奇鲁，而小智则是专门取回了煤炭龟属性克制对方，但是神代凭借与雷吉斯奇鲁的默契配合成功击败煤炭龟。
在神代的教导下小智首次知晓要培养出自己的战斗风格，而这需要训练家与宝可梦同心协力方能完成。当夜神代连夜出发抓捕遗迹中指示的宝可梦。
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