这篇重磅Cell论文发表一年后，作者主动申请撤稿

撰文丨王聪

编辑丨王多鱼

排版丨水成文

众所周知，基因包含着制造蛋白质的指令，根据“中心法则”，遗传信息从 DNA 流向 RNA，再流向蛋白质。但人类基因组只有 2% 编码蛋白质，其余 98% 属于非编码序列，它们的功能在很大程度上是未知的。

人类遗传学的一个紧迫问题是了解这些非编码的基因组区域的作用，实际上，这些区域虽然不编码蛋白质，但它们广泛转录为 RNA，其中包括成千上万的长链非编码 RNA（lncRNA），这些 lncRNA 通常被剪接和多聚腺苷酸化，但通常不能翻译成蛋白质。在已注释的 lncRNA 中，只有极少数（<1%）具有明确的功能作用。

近年来，基于 Cas9 的 CRISPR 干扰（CRISPRi）和 CRISPR 激活（CRISPRa）被用于筛选和鉴定功能性 lncRNA，虽然这些技术很有价值，但也往往遇到意料之外的上靶活性，也就是在预期的基因组位点结合，但会干扰附近的其他基因，此外，在 DNA 水平上扰动 lncRNA 位点，也可能抑制与 lncRNA 转录本无关的功能性 DNA 元件，导致筛选结果失真。相比之下，Cas13靶向编辑 RNA，而不会破坏附近的蛋白编码基因和其他 DNA 调控元件。

2024 年 11 月 7 日，纽约大学Neville E. Sanjana团队在国际顶尖学术期刊Cell上发表了题为：Transcriptome-scale RNA-targeting CRISPR screens reveal essential lncRNAs in human cells 的研究论文。

该研究开发了一种基于CRISPR-Cas13的靶向 RNA 的转录组规模的 CRISPR 筛选技术，并使用该技术在来自不同组织的 5 种人类细胞（HAP1、HEK293T、K562、MDA-MB-231、THP1）中筛选鉴定了 778 个必需的 lncRNA，表明了许多 lncRNA 并非基因组中的“垃圾”，而且在人类癌症和发育中发挥着必不可少的重要作用。

该研究建立了一种强大的筛选工具，可用于系统性研究非编码转录本的功能贡献，并为识别在任何表型或疾病中具有功能的 lncRNA 铺平了道路。此外，该筛选工具具有广泛适用性，并不局限于 lncRNA，还可以直接应用于其他非编码 RNA 的筛选，包括增强子 RNA（enhancer RNA）和环状 RNA（circRNA）。

然而，2025 年 12 月 3 日，论文作者申请撤稿了这篇上线仅一年的论文。

撤稿声明显示，论文作者们近期发现，用于靶向长链非编码 RNA（lncRNA）和蛋白编码转录本的混合筛选 CRISPR 文库，未经过滤以去除人类转录组中其他位置可能存在的脱靶序列。作者们感谢Roland Rad博士的实验室提醒，并为此错误致歉。在通过移除与蛋白编码转录本或 lncRNA 存在最多 2 个错配的 CRISPR 向导 RNA（gRNA）来对潜在脱靶进行适当过滤后，作者们重新分析了混合 CRISPR 筛选数据。此外，他们还更新了涉及使用具有潜在脱靶 gRNA 靶向的 lncRNA 的实验。更新后的分析和实验已作为预印本发布【2】。由于在正确的 gRNA 过滤后所鉴定出的必需 lncRNA 发生了变化，作者们希望撤回该论文，并对此可能造成的任何不便表示歉意。

在作者们致力于发表更正后研究的同时，他们希望更新后的预印本能够有所帮助，并鼓励学界同仁随时提出任何问题。

论文链接：

1. www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)01203-0

2. http://doi.org/10.6084/m9.figshare.30370171