通过单粒子电子显微镜(EM)可视化大分子复合物需要严格的生化纯化、标本制备、低剂量成像和3D图像重建。
2008年3月17日,哈佛医学院Deborah F. Kelly等人在PNAS 在线发表题为“Monolayer purification: a rapid method for isolating protein complexes for single-particle electron microscopy”的研究论文,该研究介绍了“Monolayer purification(单层纯化)”方法,该方法使用镍-硝基三乙酸(Ni-NTA)功能化脂质,同时直接从细胞裂解物中纯化his标记的复合物,同时生产适合单颗粒EM的样品。该方法是通过使用含有Ni-NTA脂质的单层来特异性吸附昆虫和哺乳动物细胞提取物中His标记的转铁蛋白-转铁蛋白受体(Tf-TfR)复合物而建立的。在提取液中加入咪唑可提高方法的特异度和灵敏度。单层纯化的Tf-TfR样品可以玻璃化并用于计算复合物的三维重建。然后,通过过表达单个His标记的核糖体亚基,使用单层纯化从细菌中快速分离核糖体复合物。所得的单层样品允许计算大肠杆菌50S核糖体亚基的冷冻电镜三维重建。
2025年11月24日,该文章被撤回,主要原因是数据篡改及文章间图片重复使用。
另外,在2025年11月18日,iNature报道了Deborah F. Kelly等撤回8篇文章)。
截止到2025年11月26日,Deborah F. Kelly已经被PNAS,Science Advances ,Nanoscale及ADVANCED MATERIALS等撤回了9篇文章(文章后附列表)。最后,据了解,Deborah F. Kelly团队的21篇文章被质疑数据异常,主要有4个原因:对不同条件和样品的图形和图像的重复使用;电子显微镜下的图像没有预期的像素大小;与电子显微镜图不相关的原子模型;电子显微镜图在其规定的分辨率下没有预期的特征。
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以下署名作者根据哈佛医学院的评审结论撤回这篇论文,并注明:“由于SI附录表S2中的数据不可靠,我们撤回这篇论文。”我们为错误道歉。”
此外,编辑注意到图5D与文章[1]图3B的明显重复。
—Danijela Dukovski及Thomas Walz
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这是值得关注的,因为从两种不同的网格准备方式来看,这些分布图不应该相同。JMB论文中的图3b是附着在亲和性网格(预制Ni-NTA单层网格)上的50个S核糖体,该网格使用了来自274张图像的最初52,507个粒子的数据集。而图5d则是50S核糖体附着在Ni-NTA单层上,然后在单层上放置一个网格,该网格使用了来自591张图像的最初45,444个颗粒的数据集。这两个分布图当然不应该是相同的。
文中所提文章:
[1]Kelly et al. 2008 [J. Mol. Biol. 10.1016/j.jmb.2008.07.023 (2008)].
Deborah F. Kelly的撤稿文章列表:
[1]Structural analysis of BRCA1 reveals modification hotspot,Sci Adv;
[2]Microchip-based structure determination of low-molecular weight proteins using cryo-electron microscopy,Nanoscale;
[3]High-Resolution Imaging of Human Viruses in Liquid Droplets,Adv Mater;
[4]Automated Tools to Advance High-Resolution Imaging in Liquid,Microsc Microanal;
[5]High-Resolution Imaging of Human Cancer Proteins Using Microprocessor Materials,Chembiochem;
[6]Liquid-EM goes viral - visualizing structure and dynamics,Curr Opin Struct Biol;
[7]Structural Insights of the SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein: Implications for the Inner-workings of Rapid Antigen Tests,Microsc Microanal;
[8]Cryo-EM reveals architectural diversity in active rotavirus particles,Comput Struct Biotechnol J;
[9]Monolayer purification: a rapid method for isolating protein complexes for single-particle electron microscopy,PNAS;
参考消息:
https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.1701386
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2024/nr/d4nr90151g
https://retractionwatch.com/2024/09/11/penn-state-prof-earns-second-retraction-faces-third-following-university-probe/
https://pubpeer.com/search?q=Deborah+F.+Kelly
https://pubpeer.com/publications/63F200B2797421C8CC314C3993BBC0#2
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