如何绘制蛋白绘图动画？

PyMOL作为在结构生物学研究中最常用的三维可视化工具，它功能强大、渲染效果精美，是许多科研论文figure的标准来源。它虽能出精美论文图、功能强，但安装授权费时间，命令行操作更是难住不少新手。

如果你的目标是快速浏览结构、在论文中绘制分子图，或在汇报中展示可旋转的3D模型，其实不用这么复杂！——www.kjbiorpa.com 就能在浏览器中完成这一切。

实操展示

01

网站入口

1.浏览器输入：www.kjbiorpa.com,点击"AI互作分析"按钮

为方便广大用户使用，我们以“蛋白-配体互作”类型为例，进行一系列操作流程及相关界面的展示说明：

02

数据输入

选定具体的互作类型后，如上图所示的内容中我们可以选择输入的数据形式，有“PDB ID”和“上传PDB文件”可供选择，我们以上传PDB文件为例进行展示：

数据输入完成后，上图所示点击“隐藏高级选项”，我们可以根据具体的分析需求勾选对应的参数项目，在输入框中我们同样可以适当调整参数，设置好后直接点击“分析”进行下一步操作。

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核心作用力分析：疏水、氢键、盐桥

点击“报告可视化”，在该界面中我们可以看到数据文件的分析结果，下滑结果内容，我们能看到诸如常规的“Hbond”、“hydrophobic”即氢键、亲疏水作用等常规的分析结果，默认勾选“Hbond”和“hydrophobic”，右侧“分子结构可视化”结果中，用户可以根据需求对最终展示的分析结果进行图示的设置。

04

分子互作复合体结构：个性化分析

复合体结构展示按钮

复合体结构可视化操控面板

对应的分析结果及图示类型设置结束后，点击“render”，在如上图所示的3D分子视图中，点击视图结果中的全屏展示，显示更多的分析细节。

在视图结果中，我们能直观地看到配体与蛋白结合的氨基酸残基位置及氢键的直观信息。点击界面左边栏的“state tree”，可以在更多的展示细节中对相应的部分进行隐藏/展示操作，用户可以根据需求进行个性化取舍。

复合体结构细节展示按钮

点击“render residue”即可显示配体与蛋白结合的残基信息。接下来输出分析结果便于用户后续对可视化结果进行图像的绘制操作，点击上图中的“Screenshot/State Snapshot”可将可视化结果导出。

图片导出按钮

如果需要导出的文件没有背景则可将“Transparenr”设置为“on”。注意，这里下载的文件是图片文件，无法进一步在该在线工具中进行修改编辑。

05

视图原始文件导出按钮

如需在该在线工具中对可视化结果进行编辑，需在该界面中下载能进行下一步编辑操作的文件形式，点击“download state”下载对应的文件结果。

视图文件二次查阅-上传按钮

将下载的文件结果解压后得到三种文件类型，其中后缀为“mvsj”的文件可在上图的对应位置打开。进行对应的操作。后缀为“molj”的文件则需在上图位置中“state”中打开。

复合体结构美化操作界面

点击上图中的“export pics”将可视化结果加载到“绘图输出”中即可进行图片的编辑。

点击“绘图输出”即可对图片进行编辑，当图片有多个视图时，左边栏可以调整是否隐藏试图及视图的层级。右边栏可以根据提示对图片进行对应的个性化编辑调整。

精细化绘图：氨基酸残基

结合的作用力的图：疏水、氢键、盐桥等

06

蛋白质改色操作教程

07

动态结构制作和导出操作教程

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