单细胞时代！选表型，定基因，基因选定在特定的细胞类型上！思路本该如此！

无论是传统的多细胞转录组测序还是单细胞转录组测序， 差异分析 可获得一组样本相对于另一组样本表达显著上调和下调的基因，从而研究这些差异基因的功能，包括富集通路或生物学过程。

熟悉的小伙伴都知道，课题立项的逻辑前提是 表达有差异，差异影响表型 ！我们常常说， 用差异分析的办法筛选兴趣基因做研究 ，是常用的生信套路之一，也是最容易生信入门的角度之一。即使是在顶刊，自测数据+公共数据的差异分析也很常见。

科研进入到 单细胞时代，差异分析的维度就不能局限于肿瘤与癌旁了，而应该扩展到肿瘤与癌旁中的细胞类群之间 。由于技术本身的局限和数据维度不同，以前针对传统多细胞转录组测序数据开发的差异分析算法不一定适用于单细胞数据。但是，无论使用何种算法， 原本的差异表达都被赋予了新的定义 ！

2019年，J Clin Invest杂志发表了题为Blocking expression of inhibitory receptor NKG2A overcomes tumor resistance to NK cells的研究论文。该研究通过TCGA二代测序数据分析了HLA-E在肿瘤的表达，并探究了HLA-E与其受体NKG2A (KLRC1)在肿瘤表达的相关性，阐明肿瘤细胞通过HLE-A:NKG2A逃逸抗肿瘤免疫的分子机制。

2023年，Cancer Cell发表题为Immune checkpoint HLA-E:CD94-NKG2A mediates evasion of circulating tumor cells from NK cell surveillance的研究论文。该研究则利用单细胞测序的数据，通过细胞聚类分析，确定了循环肿瘤细胞 (CTC)表面de HLA-E与NK细胞上的CD94-NKG2A相互作用，从而逃避NK细胞的免疫监视。

具体机制是 ，RGS18抑制CTC中AKT的磷酸化激活，从而抑制GSK3b Ser9位的磷酸化，维持GSK3b蛋白的稳定。GSK3b通过CREB1 Ser133位的磷酸化促进CREB1的核转移。CREB1结合细胞核内HLA-E基因启动子区SXY位点，上调CTC表面HLA-E的表达和定位。循环肿瘤细胞表面的HLA-E与NK细胞上的CD94-NKG2A相互作用，激活NK细胞的凋亡信号通路，从而使CTC细胞逃避NK细胞的免疫监视，为肿瘤转移提供条件。

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