清华大学沈晓骅课题组基于寻因生物 scFAST-seq 技术进行创新方案开发，相关成果发表于 Cell

创新技术方案思路

近日，寻因生物SeekOne® DD scFAST-seq技术（后续简称全序列技术）助力Single-cell nascent transcription reveals sparse genome usage and plasticity文章发表在

Cell

利用biotin（生物素）联合5-EU对新生RNA进行标记，再结合全序列技术基于随机引物无偏好捕获coding+noncoding的优势，以极高的灵敏度和全基因组覆盖范围捕获新生和成熟转录组，呈现了mRNA和基因间非编码RNA 的不同动力学特征，提供了一个独特且全面的单细胞转录动态和异质性的视图。

左图1 scFAST-seq创新技术方案助力文章发表

右图2 基于scFAST技术进行单细胞新生RNA测序

在上述研究中使用的全序列技术，通过半随机引物（12N7K），以随机捕获并标记RNA分子，相较于传统的3'scRNA-seq和5'scRNA-seq，具有：

①灵敏度显著提升，不惧降解挑战：即使冻存或短时甲醛固定RNA发生部分降解，仍可稳定捕获并准确检出，降低漏检率，适用于珍贵或部分降解样本，拓宽研究样本范围。

②数据维度丰富，释放分析潜能：同时利用Read1与Read2两端序列信息随机覆盖全长，确保每一条测序读段均有效用于分析，为可变剪接、突变检测、新转录本发现等相关领域提供更全面、可靠的数据支撑。

③突破捕获限制，实现无偏差检测：不仅可高效捕捉带poly(A)尾的mRNA，更覆盖各类非poly(A)转录本（如lncRNA、circRNA等）及微生物来源的RNA，真实还原样本转录组的全貌。

图3 全序列产品原理图

01

历经验证，赋能突破性发现

该技术自上市以来，诸多科学家基于全序列产品的特性，取得了多项创新性科研成果：

1. 高灵敏度，不惧降解特性代表性文章：《

Science

2. 覆盖全长，可变剪切分析特性，代表性文章：《

Nature Communications

3. 非polyA Noncoding抓捕特性，代表性文章《

Cell

4. LINE1等repeats捕获，代表性文章《

Cell Stem Cell

5. 还有单细胞突变+RNA，单细胞融合+RNA，circle RNA, 印记分析，RNA编辑，病毒信号抓取.....等特性的代表性文章待见刊。

02

一“珠”多用，解锁无限潜能

寻因生物的单细胞全序列beads更可一“珠”多用，成为universal beads,实现灵活的双重标记机制:(1)既可通过逆转录延伸，捕获RNA分子，并添加标签; (2)也可通过油包水内连接，实现cDNA或DNA分子的标记;(3)更可以在一个细胞同时进行逆转录和连接，实现多维信息获取。

Universal Beads通过不断革新升级，已基于Universal Beads完成开发多个极具科研应用探索性的产品：

① 基于逆转录标记：

高效完成细胞标签与UMI分子添加，实现「单细胞全序列产品」高质量的数据产出；

② 基于连接方式标记：

胞内逆转录产物可稳定携带细胞标签与UMI，成功应用于「单细胞空间转录组产品SeekSpace」、「FFPE单细胞转录组产品」；

③ 逆转录+连接双机制融合：

创新实现同一细胞中ATAC与RNA并行检测--胞内转座酶切割产物经连接方式标记，RNA分子则通过逆转录延伸标记，创造出「单细胞ATAC+RNA多组学产品」，真正实现"一胞双组"，同步解析表观与转录状态。

Universal Beads技术，一“珠”多用，无限可能

Universal Beads所具备的标记灵活性，更蕴藏着远超当前应用的潜能：

是否可突破细胞通量瓶颈？

是否可拓展至微生物组学？

是否可以推测DNA的突变？

还有哪些全新应用场景尚待挖掘？Circle RNA, 印记分析，RNA编辑，病毒与宿主互作等等......

--这一切，正期待来自广大科研用户的智慧与共创。