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摘要:本文聚焦《Bioreactor Design Concepts for Viral Vaccine Production》第二章 “生化计量学在生物技术中的应用”,系统解析生化计量学如何成为病毒疫苗生产的 “隐形调控师”。文中从微生物生长的元素需求切入,详解微生物生长与产物生成的计量关系、底物利用规律、生长动力学模型,以及能量代谢与微生物生长的关联,同时阐述生化计量学在疫苗生产流程优化、产物产量提升中的实际应用,为读者揭示 “如何通过精准计算,让疫苗生产从‘经验驱动’转向‘数据驱动’”。一、微生物生长的 “营养密码”:核心元素需求与培养基设计
在病毒疫苗生产中,无论是利用微生物(如酵母、细菌)表达病毒抗原,还是通过哺乳动物细胞(如 CHO 细胞、Vero 细胞)培养病毒,都需先满足微生物或细胞的生长需求 —— 而这一过程的核心,是精准供给关键元素,这也是生化计量学的基础。
微生物生长依赖四大核心元素:碳(C)、氮(N)、硫(S)、磷(P),不同元素的来源与功能存在明确分工:
碳源:为微生物提供能量和细胞结构合成的基础,常见来源包括 CO₂、糖类(如葡萄糖)、蛋白质、脂肪。在疫苗生产中,葡萄糖是最常用的碳源,例如在 Vero 细胞培养中,葡萄糖通过代谢为细胞增殖和病毒复制提供能量。
氮源:用于合成细胞内蛋白质、核酸等含氮化合物,主要来源有蛋白质(如血清中的白蛋白)、NH₃、NO₃⁻。在无血清培养基中,常添加氨基酸(如谷氨酰胺)作为氮源,确保细胞高效合成病毒抗原所需的蛋白质。
硫源:参与细胞内某些氨基酸(如半胱氨酸、蛋氨酸)、维生素的合成,来源多为蛋白质或 SO₄²⁻,例如培养基中的胱氨酸可满足细胞对硫元素的需求,保障病毒结构蛋白的正确折叠。
磷源:是核酸(DNA、RNA)、ATP(能量载体)的重要组成部分,主要来源为 PO₄³⁻,在疫苗生产中,磷酸二氢钾、磷酸氢二钠等磷酸盐不仅提供磷元素,还能调节培养基 pH 值。
这些元素需通过培养基(culture medium)精准供给,而培养基的设计需遵循 “按需匹配” 原则:若培养的是利用葡萄糖作为碳源的细胞,需确保葡萄糖浓度既满足生长需求,又不会因过量导致代谢废物(如乳酸)积累;若生产病毒样颗粒(VLPs),因需大量合成病毒结构蛋白,需适当提高氮源(如氨基酸)比例。生化计量学的核心作用,就是通过计算细胞或微生物对各元素的需求比例,设计出 “精准配方” 的培养基,避免营养过剩或不足导致的生产效率低下。
二、微生物生长与产物生成的 “计量关系”:从元素平衡到数学模型
微生物在生物反应器中的生长,本质是 “底物(营养)转化为细胞 biomass(biomass)和产物(如病毒、抗原)” 的过程,这一过程遵循质量守恒定律,而生化计量学通过建立数学模型,量化了这一转化关系。
2.1 核心质量平衡方程
微生物生长与产物生成的通用质量平衡方程为:Mass In = Mass Out + Mass Generated + Mass Consumed该方程意味着:进入生物反应器的底物质量,等于流出反应器的物质质量(如培养液、细胞)、新生成的物质质量(如细胞 biomass、产物)与被消耗的底物质量之和。这一方程是所有生化计量计算的基础,例如在疫苗生产中,可通过测量葡萄糖的 “输入量” 和 “剩余量”,计算出被细胞消耗的葡萄糖量,进而推测细胞生长量或病毒产量。
2.2 好氧与厌氧培养的计量模型
根据培养环境中是否有氧气,微生物培养分为好氧培养(需氧)和厌氧培养(不需氧),二者的生化计量模型存在差异:
(1)好氧培养模型
好氧培养中,微生物需消耗氧气进行代谢,其反应式可表示为:CₐHᵦONSₑPբ + rHբON + sO₂ → xCₚHOSPᵤ + yCO₂ + zH₂O其中:
左侧为 “底物”:CₐHᵦONSₑPբ代表碳源、氮源等营养物质(如葡萄糖 C₆H₁₂O₆,此时 a=6、b=12、c=6,d=e=f=0),r、s 为各底物的计量系数;
右侧为 “产物”:xCₚHOSPᵤ代表新生成的细胞 biomass,y、z 分别为 CO₂和 H₂O 的计量系数。
例如,在利用大肠杆菌生产病毒抗原的好氧培养中,可通过该模型计算 “消耗 1mol 葡萄糖能生成多少细胞 biomass 和 CO₂”,进而优化氧气供给量 —— 若氧气不足,会导致葡萄糖代谢转向无氧途径,产生乳酸等废物,降低抗原产量。
(2)厌氧培养模型
厌氧培养无需氧气,反应式简化为:CₐHᵦONSₑPբ + rHբON → xCₚHONSPᵤ + yCO₂ + zH₂O与好氧模型相比,厌氧模型无氧气消耗项,产物中可能出现乙醇、乳酸等发酵产物。不过,病毒疫苗生产中多采用好氧培养(如哺乳动物细胞、昆虫细胞培养均需氧气),厌氧模型主要用于某些微生物(如酵母)的前期种子培养。
这些模型的核心价值在于 “量化预测”—— 通过已知的底物组成和计量系数,可预测细胞生长量、产物产量,或反过来,根据目标产物产量,计算所需的底物投入量,避免资源浪费。
三、底物利用:从 “消耗” 到 “高效转化” 的关键逻辑
在病毒疫苗生产中,底物(substrate)是指细胞或微生物生长、产物生成所需的营养物质(如葡萄糖、氨基酸),其利用效率直接决定疫苗产量与成本。生化计量学通过解析底物的消耗去向,帮助优化生产工艺,实现 “底物高效转化为目标产物”。
3.1 底物的四大消耗去向
细胞消耗的底物主要用于四个方面,其关系可表示为:ΔS = ΔS₉ᵣₒwₜₕ + ΔSₑₗₗₛ + ΔSₘₐᵢₙₜₑₙₐₙₑ + ΔSₚᵣₒᵤₜₛ其中:
ΔS₉ᵣₒwₜₕ:用于细胞生长的底物,如合成新的细胞结构(细胞膜、核酸);
ΔSₑₗₗₛ:用于细胞自身维持的底物,如修复受损蛋白质、维持细胞基本代谢;
ΔSₘₐᵢₙₜₑₙₐₙₑ:用于能量储存的底物,如合成糖原、脂肪等储能物质;
ΔSₚᵣₒᵤₜₛ:用于目标产物(如病毒抗原、病毒颗粒)合成的底物。
在疫苗生产中,我们的目标是最大化ΔSₚᵣₒᵤₜₛ,最小化其他消耗。例如,通过控制培养温度(如降低温度减少细胞过度增殖),可减少 ΔS₉ᵣₒwₜₕ的占比,让更多底物用于病毒合成;通过优化培养基配方(如添加适量谷氨酰胺),可减少 ΔSₘₐᵢₙₜₑₙₐₙₑ,提高底物利用率。
3.2 关键计量参数:yield 系数与比生长速率
为量化底物利用效率,生化计量学定义了两个核心参数:
(1)yield 系数(Yₓ/ₛ)
yield 系数(Yₓ/ₛ)表示 “消耗单位质量底物所生成的细胞 biomass 质量”,计算公式为:Yₓ/ₛ = ΔX / ΔS其中 ΔX 为细胞 biomass 增量,ΔS 为底物消耗量。
例如,若 Yₓ/ₛ=0.5 g/g,意味着消耗 1g 葡萄糖可生成 0.5g 细胞 biomass。在疫苗生产中,Yₓ/ₛ可用于预测底物需求 —— 若目标细胞密度为 1×10⁷ cells/mL,通过 Yₓ/ₛ可计算出所需葡萄糖总量,避免葡萄糖不足导致细胞生长停滞,或过量导致代谢废物积累。
(2)比生长速率(μ)
比生长速率(μ)表示 “单位质量细胞的生长速率”,反映细胞生长活跃程度,计算公式为:μ = (1/X) × (dX/dt) = μₘₐₓ - k其中 X 为细胞浓度,dX/dt 为细胞浓度变化率,μₘₐₓ为最大比生长速率,k为细胞死亡率。
比生长速率可帮助判断细胞生长阶段:对数生长期(μ 接近 μₘₐₓ)细胞生长活跃,适合大量合成病毒;稳定期(μ≈0)细胞生长停滞,需及时收获产物。例如在流感疫苗生产中,通常在细胞进入对数生长期后期接种病毒,此时 μ 较高,细胞代谢活跃,能高效支持病毒复制。
四、微生物生长动力学模型:从 “经验” 到 “精准调控”
微生物生长动力学模型是生化计量学的核心工具,用于描述细胞生长、底物消耗与产物生成的动态关系,其中最经典的是Monod 模型,此外还有结构化模型、带有记忆效应的改进模型等,这些模型为疫苗生产的精准调控提供了理论依据。
4.1 Monod 模型:最经典的非结构化模型
Monod 模型由雅克・莫诺(Jacques Monod)于 1949 年提出,是描述 “底物浓度对微生物比生长速率影响” 的非结构化模型(将细胞视为单一整体,不考虑细胞内部组分差异),其核心方程为:μ = μₘₐₓ × S / (Kₛ + S)其中:
μ:比生长速率;
μₘₐₓ:最大比生长速率(细胞在底物充足时的最高生长速率);
S:底物浓度;
Kₛ:饱和常数(当 μ=μₘₐₓ/2 时的底物浓度,反映细胞对底物的亲和力,Kₛ越小,细胞对底物亲和力越强)。
Monod 模型的应用场景极为广泛:
底物浓度优化:通过测定特定细胞的 Kₛ,可确定 “既满足生长需求,又不浪费底物” 的最佳初始底物浓度。例如,Vero 细胞对葡萄糖的 Kₛ较低,意味着低浓度葡萄糖即可支持其生长,过高葡萄糖会导致乳酸积累,因此疫苗生产中常采用 “补料分批” 方式,阶段性补充葡萄糖,维持 S 在略高于 Kₛ的水平。
生长阶段判断:当 S 远大于 Kₛ时(S >> Kₛ),μ≈μₘₐₓ,细胞处于对数生长期;当 S 远小于 Kₛ时(S << Kₛ),μ 随 S 增加而线性上升,细胞处于底物限制阶段。在病毒疫苗生产中,需在对数生长期接种病毒,此时细胞代谢活跃,能高效支持病毒复制。
不过,Monod 模型存在局限性 —— 它仅考虑单一底物的影响,且假设细胞生长与产物生成同步。实际疫苗生产中,常需结合其他因素(如产物抑制、多种底物协同作用)对模型进行修正。
4.2 其他重要动力学模型(1)带有记忆效应的 Monod 改进模型
传统 Monod 模型假设细胞生长仅受当前底物浓度影响,而带有记忆效应的改进模型则考虑 “细胞对过去环境的适应”,例如在氮饥饿条件下,细胞会调整代谢模式,这种 “记忆” 会影响后续生长。该模型通过添加 “记忆参数”,更精准描述细胞在复杂环境(如疫苗生产中营养波动)下的生长规律,已在硅藻、绿藻等微生物培养中得到应用。
(2)结构化生长模型
结构化生长模型将细胞划分为多个组分(如合成组分:RNA、小分子代谢物;结构组分:DNA、蛋白质),认为细胞生长需各组分协调增加(如结构组分质量翻倍时,细胞才分裂)。这类模型更贴近细胞真实生长过程,可用于预测 “营养变化对细胞内代谢途径的影响”,例如在病毒疫苗生产中,可通过模型预测 “氨基酸浓度变化如何影响病毒结构蛋白合成”,进而优化培养基配方。
(3)基因组尺度代谢模型
随着基因组学、 proteomics(proteomics)的发展,基因组尺度代谢模型应运而生。该模型基于微生物或细胞的基因组序列,解析所有可能的代谢途径,可预测 “基因敲除或过表达对产物生成的影响”,例如通过敲除与产物合成竞争底物的代谢途径相关基因,提高病毒抗原的产量。这类模型为基因工程改造细胞株(如优化 CHO 细胞用于重组蛋白疫苗生产)提供了重要指导。
(图 2:微生物生长动力学模型对比示意图,来源:《Bioreactor Design Concepts for Viral Vaccine Production》第二章相关图表)
五、能量代谢与微生物生长:从 “能量供给” 到 “效率优化”
微生物生长与产物生成依赖能量代谢 —— 细胞通过分解底物(如葡萄糖)产生 ATP,为细胞分裂、蛋白质合成(包括病毒抗原合成)提供能量。生化计量学通过解析能量代谢规律,帮助优化 “能量供给效率”,确保更多能量用于目标产物生成。
5.1 微生物的能量代谢模式
根据能量来源,微生物分为三类,这直接影响疫苗生产中的培养基设计与反应器控制:
化能异养型(Chemoheterotrophs):以有机化合物(如葡萄糖)为碳源和能量来源,包括大多数细菌、真菌、动物细胞(如 Vero 细胞、CHO 细胞),是病毒疫苗生产的主要细胞类型。这类细胞需在培养基中添加葡萄糖、氨基酸等有机营养,反应器需控制氧气供给,确保有氧呼吸高效产 ATP。
化能自养型(Chemoautotrophs):以 CO₂为碳源,通过氧化无机化合物(如 NH₃)获取能量,这类微生物较少用于疫苗生产,主要用于环境治理(如废水处理)。
光能异养型(Photoheterotrophs):以有机化合物为碳源,利用光能获取能量,如某些细菌、藻类,在新型疫苗(如植物源疫苗)生产中可能有潜在应用。
5.2 能量代谢与产物生成的关联
细胞产生的 ATP 主要用于三个方面:细胞生长(合成新 biomass)、产物生成(如病毒颗粒)、细胞维持(如修复受损结构)。在疫苗生产中,我们希望 “更多 ATP 用于产物生成”,这需要通过生化计量学优化能量供给:
碳源选择:不同碳源的能量产出效率不同,例如葡萄糖的 ATP 产率高于果糖,因此在疫苗生产中,优先选择葡萄糖作为碳源,若需减少代谢废物(如乳酸),可搭配其他碳源(如甘油),通过混合碳源调节能量代谢。
氧气供给控制:好氧呼吸的 ATP 产率远高于无氧呼吸(如葡萄糖有氧呼吸产 36-38 ATP,无氧呼吸仅产 2 ATP),因此反应器需精准控制溶解氧(DO),确保细胞以有氧呼吸为主。例如在流感疫苗生产中,DO 需维持在 30% 以上,避免无氧呼吸导致乳酸积累,影响细胞生长和病毒复制。
5.3 热力学电子当量模型(TEEM)
为量化能量代谢与产物生成的关系,科学家提出热力学电子当量模型(TEEM),该模型将生物反应分为 “能量生成阶段” 和 “合成阶段”:
能量生成阶段:底物氧化产生 “高能载体”(如 ATP、NADH);
合成阶段:高能载体为细胞生长和产物生成提供能量。
TEEM 模型可计算 “单位底物氧化能生成多少高能载体”,进而预测产物最大理论产量,为疫苗生产的 “效率上限” 提供参考。例如,通过 TEEM 可计算出 “1mol 葡萄糖最多能生成多少流感病毒颗粒”,若实际产量低于理论值,可分析是否存在能量浪费(如过多 ATP 用于细胞维持),进而优化培养条件。
六、生化计量学在病毒疫苗生产中的实际应用价值
生化计量学并非抽象的数学工具,而是贯穿病毒疫苗生产全程的 “实用技术”,其核心价值体现在三个方面:
6.1 实验室研究到工业化生产的 “桥梁”
实验室小规模培养(如摇瓶培养)与工业化生物反应器生产的核心差异在于 “规模效应”—— 小规模培养中,营养分布均匀、参数易控制,而大规模生产中,易出现营养梯度、氧气传递不足等问题。生化计量学通过建立 “规模放大模型”,可将实验室优化的培养条件(如底物浓度、pH)转化为工业化生产参数,例如通过计算大规模反应器的 “体积 - 表面积比”,调整通气量和搅拌速度,确保氧气传递效率与小规模培养一致,避免因规模放大导致产量下降。
6.2 生产流程优化与成本降低
通过生化计量学分析,可精准识别生产中的 “浪费环节”:
底物浪费:若 Yₓ/ₛ低于理论值,可能是底物未被充分利用(如部分底物用于生成代谢废物),可通过优化培养基配方(如调整碳氮比)或培养条件(如控制 DO),提高底物转化效率。
能量浪费:若 ATP 大量用于细胞维持而非产物生成,可通过控制培养温度(如降低温度减少细胞过度代谢)或优化接种时间(如在对数生长期后期接种病毒,减少细胞生长消耗的能量),提高能量利用效率。
这些优化措施可显著降低疫苗生产成本,例如在新冠疫苗生产中,通过生化计量学优化补料策略,底物利用率提升 20% 以上,单批次疫苗产量增加 15%。
6.3 产物质量与安全性保障
生化计量学通过精准控制培养条件,可减少 “异常代谢产物” 的生成,保障疫苗质量:
代谢废物控制:通过计算底物消耗与废物生成的计量关系,可预测乳酸、氨等废物的生成量,进而通过 “补料分批” 或 “ perfusion(perfusion)” 方式(持续移除废物、补充新鲜培养基),维持废物浓度在安全范围内,避免废物对细胞或病毒的毒性影响。
产物一致性保障:通过稳定的底物供给和参数控制,可确保每一批次疫苗的抗原含量、纯度一致,符合质量标准。例如,利用 Monod 模型控制葡萄糖浓度,可避免因葡萄糖波动导致的病毒滴度差异。
七、总结
生化计量学是病毒疫苗生产从 “经验驱动” 走向 “数据驱动” 的核心工具 —— 它通过解析微生物生长的元素需求、建立底物 - 细胞 - 产物的计量关系、量化生长动力学规律,为培养基设计、反应器参数优化、生产流程放大提供了精准的数学依据。在疫苗需求日益增长、生产要求不断提高的背景下,生化计量学的应用不仅能提升疫苗产量与质量,还能降低生产成本、缩短生产周期,为全球传染病防控提供更强大的技术支撑。未来,随着人工智能、组学技术与生化计量学的深度融合,病毒疫苗生产将朝着更高效、更精准、更可持续的方向迈进。
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