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二代基因测序相关体外诊断试剂分类界定指导原则

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一、目的

为指导二代基因测序相关体外诊断试剂管理属性和管理类别判定,根据《医疗器械监督管理条例》《体外诊断试剂注册与备案管理办法》《体外诊断试剂分类规则》《体外诊断试剂分类目录》等制定本指导原则。

二、范围

二代基因测序相关体外诊断试剂的分类界定可参考本指导原则。本指导原则所述的二代基因测序技术又称高通量测序技术,是指测定单元高度并行化、单次读长相对较短的基因测序技术类型。

三、管理属性界定

二代基因测序相关试剂产品的管理属性应基于其预期用途进行判定。若该类试剂产品用于体外诊断,符合《医疗器械监督管理条例》有关定义,按照医疗器械管理。若不用于体外诊断(如仅用于科研教学、司法鉴定、环境监测等),不符合医疗器械定义,不按照医疗器械管理。

四、管理类别界定

二代基因测序相关体外诊断试剂通常可划分为核酸提取纯化试剂、文库构建试剂、测序反应通用试剂等单元。由核酸提取纯化试剂制备的核酸样本,通过文库构建试剂构建测序文库,在基因测序仪上使用测序反应通用试剂完成基因测序。根据产品风险程度、实现功能、技术特征、结构组成,相关分类原则如下:

(一)核酸提取纯化试剂

核酸提取纯化试剂裂解人体样本中的组织或细胞,释放出其中的核酸,并去除蛋白质、糖类、脂类等杂质,实现DNA和/或RNA的提取、富集、纯化等。

常见技术方法包括柱提法/柱式法、磁珠法等。通常包含组织/细胞裂解、核酸富集纯化等试剂组分,不含靶标特异性的抗原、抗体、寡核苷酸(引物/探针等)等成分。

核酸提取纯化试剂属于样本处理用产品,按照第一类体外诊断试剂管理。

(二)文库构建试剂

文库构建试剂是通过分子克隆技术,富集核酸样本中待测靶标相关核酸片段,添加与测序平台适配的通用接头,生成DNA标签文库,用于二代基因测序的试剂。

常见的文库构建技术方法包括PCR扩增子法、连接法、转座酶法等。一般包含靶标富集、反转录/逆转录、片段化、末端修复、线性/线形文库扩增、文库纯化、添加测序通用接头等试剂组分。

文库构建试剂包含特异性引物/探针,决定检测的准确性、特异性等,具有明确临床用途,按照第三类体外诊断试剂管理。该类试剂应实现完整的文库构建功能,不应拆分为多种组分申报。

(三)测序反应通用试剂

测序反应通用试剂是在特定二代基因测序平台使用,实现测序反应光电信号采集、获取文库样本序列信息的试剂。

适配的特定二代基因测序平台包括可逆末端终止测序法、联合探针锚定聚合测序法、半导体测序法、焦磷酸测序法、荧光发生测序法等,不适用于全基因组测序。不包括Sanger测序法、单分子测序法、杂交测序法、杂交链式反应(HCR)法、连接酶链式反应(LCR)法、实时定量PCR(qPCR)法、数字PCR(dPCR)法、质谱法等体外诊断技术。通常由与指定二代基因测序平台适配的通用测序引物、酶等试剂组分组成,也可包含上机测序适配耗材(测序芯片/测序载片、流动槽等)。

测序反应通用试剂单元不应参与文库构建功能,不含靶标特异性引物/探针、通用接头及其他文库构建试剂组分,属于通用辅助试剂,按照第一类体外诊断试剂管理。

基于可逆末端终止测序法的核酸变性与桥式扩增试剂、基于联合探针锚定聚合测序法的环化与DNB制备试剂、基于半导体测序法的乳液扩增与测序微球富集装载试剂等测序前必要预处理环节的试剂组分可包含于测序反应通用试剂中。

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