遇强则强，实力不详！生信大牛王凌华再发 Cancer Cell！这三篇从肿瘤到免疫，到肿瘤微环境，篇篇是经典！

随着科学研究发展，人们发现单纯研究某一方向无法解释全部生物医学问题，科学家提出从整体的角度出发去研究人类组织的细胞结构、基因、蛋白及其分子间的相互作用，通过整体分析反映人体组织器官功能和代谢状态，为探索人类疾病的发病机制提供新的思路。生物信息学应用计算方法分析生物数据，如DNA，RNA，蛋白和代谢物。

生物信息学已经成为展开科研探索，开发新型诊断，治疗和生物产品的重要工具。在当前形势下，生信已经逐步成为科研人的必备技能。现在，不管是传统的湿实验科学家，还是掌握生信的临床科学家，在读硕士生、博士生和博士后，包括本科生，以及医生同道们，大家基本上形成了几点共识：①生信很有用，必须要学；②生信迭代快，必须要学好；③生信与湿实验结合，才是最好的归宿；④ 科研模式进入智能科研时代。

王凌华是美国德克萨斯大学MD安德森癌症中心基因组医学系的终身副教授。她们团队重点关注三大领域：①从癌前病变到浸润性癌症的转变（肿瘤的发生）：全面表征肿瘤发生和进展的细胞和分子轨迹，旨在开发分类器和风险预测模型，以便更好地对患者进行分层，并开发有效拦截策略的潜在靶点。②局部肿瘤转移的进化（肿瘤的转移）：探索肿瘤转移的细胞和分子基础，试图了解肿瘤细胞与TME的共同进化，以及肿瘤细胞与各种免疫和基质细胞在原发和转移微环境中的适应性相互作用。③抗癌治疗的动态反应和治疗耐药性的发展（肿瘤的治疗）：查明癌细胞的内在因素和决定肿瘤对抗癌治疗反应的微环境因素，识别有效的生物标志物，并开发模型来预测治疗反应情况，以开发有效治疗的新靶点。

王凌华于2003年毕业于山东第一医科大学，2006年获中山大学医学院眼科学硕士学位，2011年获东京大学工程研究生院癌症基因组学博士学位。在博士研究期间，她参与了全球第一例肝癌基因组的分析，并承担了东京大学胰腺癌基因组分析的主要工作。 毕业后，她接受癌症基因组研究的领导者Dr. David Wheeler教授的邀请，前往美国贝勒医学院作为一名博士后研究员开始了新的科研生活。 在此期间，她以第一作者的身份先后发表了多篇高影响力的学术论文。 2014年晋升为讲师，2015晋升为助教授。 2017年3月加入MD安德森癌症中心基因组医学系，并于2017年夏天成立了自己的计算肿瘤生物学实验室。

2023年5月，王凌华团队在Nature Medicine期刊发表题为 Pan-cancer T cell atlas links a cellular stress response state to immunotherapy resistance 的研究论文，非常经典。进入2024年，王凌华团队依然产出颇丰，在Nature、Cancer Discovery、Nat Biotechnol等期刊发表了一系列文章。

2024年3月，王凌华团队与合作者在Nature杂志发表题为An atlas of epithelial cell states and plasticity in lung adenocarcinoma的研究论文。该研究通过流式分选获得EPCAM-的细胞，并进行单细胞测序，获得了 16 例早期肺腺癌样本和 47 例正常肺样本的 246,102 个上皮细胞；发现上皮细胞具有不同的正常和癌细胞状态，癌细胞之间的多样性与LUAD特异性致癌驱动因子密切相关，备受关注。

2025年3月，王凌华团队在Cancer Cell 杂志发表题为Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics的研究论文，运用单细胞空间转录组技术，首次绘制出CAFs的“三维作战地图”。首次揭示肿瘤细胞通过EMT“策反”正常上皮细胞，逃逸抗肿瘤免疫的作用。机制上，这些CAFs每秒分泌 3000 根胶原纤维，打造硬度堪比乳房的致密基质；通过VEGF信号，72小时催生新生血管网络；通过释放TGF-β等细胞因子，劫持免疫细胞通讯系统。

Fig1.描述四大亚型（鉴定细胞类群是单细胞空间组数据挖掘策略之一）

Fig2.空间组数据验证。

Fig3.细胞通讯。

Fig4.表型分析（与免疫浸润的相关性）

Fig5.空间蛋白组验证。

非常典型的干湿结合，单细胞、空间组和多组学做课题的思路。值得借鉴，值得学习！！

参考资料：https://www.cell.com/cancer-cell/fulltext/S1535-6108(25)00083-2