浙江
【网药标准分析流程】
1.中药活性成分鉴定
基于口服生物利用度大于或等于30%，药物相似度大于或等于0.18等药代动力学特征，从TCMSP数据库（https://old.tcmsp-e.com/）中检索中药的活性化合物。
2.获取活性成分靶点
靶点收集来自Swiss target prediction（http://www.swisstargetprediction.ch/），设置筛选值Probability*＞0。
3.获取疾病靶点
与疾病相关的基因来自GeneCards数据库(https://www.genecards.org/)和OMIM数据库(https://www.omim.org/)。
4.鉴定交集靶点
通过基因Jvenn（https://jvenn.toulouse.inrae）工具绘制了化合物假定靶点和疾病靶点的交集（OGEs）。
5.构建药物-活性成分-靶点网络
在 Cytoscape 中构建药物-活性成分-靶基因关系网络。
6.PPI分析
所有OGEs导入STRING数据库(https://string-db.org)，构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction，PPI)网络。
7.筛选核心靶点
PPI网络导入Cytoscape软件使其可视化，然后利用CytoNCA插件分析初步的网络拓扑参数：Degree、紧密度(Closeness centrality，CC)和介度(Betweenness centrality，BC) 3个参数值。
8.GO和KEGG富集分析
GO的功能富集(包括生物过程(BP)、分子功能(MF)和细胞成分(CC))和KEGG途径的富集。检索结果的过滤阈值为p<0.05，计数按降序排列。
9.分子对接
从PubChem（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）网站下载化合物的2D结构式。在PDB（https://www.Rcsb.org/）数据库中下载核心蛋白的蛋白结构，选择分辨率较高且复合原配体的结晶结构的PDB格式文件，并且PyMol软件去除水分子来优化受体蛋白的结构。采用AutoDock软件进行分子对接，导出结果使用PyMol软件得到对接结果的可视化，构建相互作用的模式。
10.结果分析
根 据 K EGG 分析结果，得到关键信号通路，实验验证信号通路包含的核心靶点。单个信号通路或者多个信号通路联合分析验证。
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