机关和事业单位虽然都是体制内的单位，但两者的职能、定位和工作人员录用的要求、方式是完全不一样的。在机关工作的人员属于行政编制的公务员，事业单位是承担公共服务职能的事业编制人员。
我国的机关主要是指各级党委机关、行政机关、人大机关、政协机关、司法机关、民主党派、人民团体机关等。机关工作人员除了工人编制的人员以外，其余人员都是国家公务员，按照公务员法进行管理，享受公务员的职务、职级待遇，享受公务员的工资福利待遇。
我国的事业单位分为三个大类：
一是履行行政职能的事业单位，被称为参公管理的事业单位，这部分单位的工作人员虽然是事业编制，但是是参照公务员法管理的事业编制人员，被称为参公人员，享受公务员的工资福利待遇。
二是履行公共服务职能的事业单位，也称为公益一类的事业单位，比如履行义务教育的中小学，进行基础学科研究的科研院所，公共卫生职能的卫生机构等。这类事业单位工作人员，享受的事业编制，享受财政全额拨款。
三是履行公共金服务职能，具有一定市场参与度的事业单位，比如高等学校，应用科学研究机构、县以上医疗机构等。这些单位的工作人员，具有事业编制，享受的财政差额拨款。
从工资待遇来分析，机关公务员和参公管理的工作人员，是根据机关工作人员工资体系，按照本人的职务、职级确定基本工资。基本工资包括职务工资、级别工资、绩效工资、补贴津贴等。机关公务员按照职务、职级确定岗位待遇。
事业单位工作人员，是根据事业单位工资体系，按照事业单位的岗位设置和岗位等级，确定基本工资、基本工资包括岗位工资、薪级工资、绩效工资、补贴津贴等。事业单位的岗位分为管理岗、专业技术岗、工勤技能岗，按照不同岗位的等级确定待遇。
机关和事业单位工作人员，按照老制度办理退休的人员，其退休金的计算办法也是不同的。虽然计算办法都是按照本人的基本工资和工龄的比例确定基本退休金和退休补贴。但机关工作人员是按照职务、职级工资和级别工资确定退休待遇；事业单位是按照岗位工资和薪级工资确定退休待遇。
在机关事业单位养老保险制度改革以后，虽然机关事业单位工作人员都是缴纳的机关事业单位养老保险和职业年金，但缴费基数的确定不一样，比如公务员的年终奖金可计入缴费基数，事业单位的年终奖金不能计算缴费基数。
虽然养老金的计算办法相同，但也存在一定的区别。比如视同缴费指数的确定，机关公务员是按照本人的职务、职级和退休生活补贴确定视同缴费指数；事业单位工作人员是按照本人的岗位、薪级和退休生活补贴确定视同缴费指数。
在退休后的统筹外待遇方面，公务员退休后，多数的机关要为公务员发放统筹外的退休生活补贴，在医疗保险方面，机关退休公务员仍然要享受公务员的医疗补贴。事业单位的工作人员，参公管理的人员会享受退休生活补贴和公务员的医疗补贴，全额拨款的事业单位退休人员，能否享受退休生活补贴具有不确定性，差额拨款的事业单位能否享受退休生活补贴，取决于原单位的经营效益。
在其他待遇方面，不同职务职级的公务员，要按照国家的相关规定，享受相应的政治待遇、生活待遇；事业单位的工作人员，达到相应级别的工作人员，也可以按照相关的规定相应相关的政治待遇和生活待遇。
综上所述，机关公务员和事业单位工作人员，虽然都是缴纳的机关事业单位养老保险，但由于所处的岗位不同、职务、职级和专业技术职称不同，退休后享受的养老金待遇和统筹外待遇、退休后的政治待遇和生活待遇都存在一定的差异。
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