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1980年，最高法、最高检、中组部、政法委等多个部门联合开设了一个特别法庭，审理“两案”，意图彻底解决动荡残余问题，告别过去的旧历史。当年11月下旬，李作鹏被押上了被告席，接受公诉人以及合议庭的质询。
李作鹏是动荡的主要推手之一，他在1966年到1971年间参与了多起阴谋活动，迫害了包括刘少奇同志在内的诸多老同志。1971年下旬，913事件爆发，李作鹏受到牵连，随即被中央警卫团的官兵逮捕，关入秦城监狱。经过一段时间的反思，李作鹏深刻认识到了自己的错误，从1972年开始，他开始陆续写检讨书给党中央，以求取党中央的原谅。
1980年庭审的时候，李作鹏面对公诉人的一系列指控，显得很是冷静、淡定，他认真回答了法官提出的每一个问题，并就一些敏感事情进行了澄清。一周之后，李作鹏出席了第二次庭审，这一回他是有备而来，提前写好了辩护大纲，并坚持自行应答公诉人和法官的质询，坚决不让自己的辩护律师发言。
事实证明，李作鹏的准备是非常成功，法官在听了他的辩护词之后，对他的量刑产生了动摇，至1981年，最后一次庭审时，法官在请示了陈云、邓公等人的意见之后，决定判处他17年有期徒刑。李对此表示服从，没有任何怨言和不满。1982年，在邓公的首肯下，李作鹏被迁到一间单人牢房居住，他的伙食标准也得到了一些提高，每顿饭是两菜一汤，节假日的时候还会多加两个菜。有时候，李作鹏想要吃一些特定食物，监狱方面也会予以满足，绝对不会拖延。
不久之后，经由党组织批准，李作鹏获得保外就医资格，他随即离开北京，前往太原定居。在太原，他一直用假身份生活，并且从不谈及过往的历史，以免引起不必要的麻烦。有一次，他去公园闲逛的时候，遇到了一个女工人，对方认出了他的身世身份，叫了他一声“李司令”，李作鹏为此大感意外，但他却并没有应答，而是直接告诉对方认错人了。
1993年，李作鹏患上了严重的心脏病，但太原医疗条件有限，无法为他治疗，于是他便向党中央申请去北京的公立医院接受治疗。党中央在经过商讨之后，同意了他的申请，他随即与妻子一道启程返京，并很快在中央办公厅的安排下住进了解放军总医院疗养。经过半年的休养，李作鹏的身体状况有所好转，随即出院转往干休所居住。李作鹏在北京期间一直保持着低调的作风，平时很少出门，大部分时间都宅在家中，靠读书、看报打发时间。
2007年，李作鹏在家中上厕所的时候，不慎滑倒摔伤，秘书和子女见状，连忙将他送到医院抢救，经过医生的全力奋战，他最终成功摆脱了生命危险。2008年初，李作鹏过94岁生日，一众昔日的老战友纷纷前来为他贺寿，并各自送上了礼物。其中，林帅之女林豆豆给李作鹏送了一尊林帅的半身塑像，李作鹏在看到塑像的一瞬间，忍不住潸然泪下。
当年8月，李作鹏在子女的陪同下，坐着轮椅前往鸟巢，现场观看了奥运会的开幕式，在国旗缓缓升起的那一刻，他不禁流下了热泪，能举办奥运会，说明国家的综合实力强大了，经济搞上来了，老百姓生活水平高了，这值得庆贺的好事情！
当年11月，李作鹏的病情突然加重，他开始频繁昏迷，整个人的状态越来越差，12月初，林立衡又来看望李作鹏，可当时李作鹏的状态不好，没法见她，她只能在病床外面远远看李作鹏一眼，而后不舍离去。2009年1月份，李作鹏走到了人生的尽头，悄然离世，子女们随后为他举办了一个小型追悼会，有许多同志以个人身份前来给他敬献花圈和挽联，以表达对他的哀悼。
值得一提的是，李作鹏晚年写过一本回忆录，总字数有一百多万，可谓“巨著”，一些境外出版商从中看到了商机，随即主动登门请他授权回忆录到国外出版，并开出了百万版税作为酬劳。但李作鹏却拒绝了这桩好事，他直言自己的书只能在国内出版，如若不然，他宁愿将回忆录销毁！最终，李作鹏的回忆录被中央办公厅的同志收走，作为机密文档封存。
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