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今年最重要的生物技术大会AGBT亮点(含下载链接)

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AGBT(Advances in Genome Biology and Technology,基因组生物学技术进展大会)作为全球基因组学和测序技术领域规格最高的年度会议之一,近期在美国佛罗里达州奥兰多举行,为世界顶级基因组科学和技术同行提供了进展交流和分享的机会。

本次共239家企业参会,较去年增长了将近48%。单从赞助商来看,此次会议由去年的18家增加到了33家,并涌现出一些此前声量不大的初创企业,如Voltalab、N6等。

头部赞助商的格局更是发生了翻天覆地的变化,去年的金牌赞助商、空间组学知名企业NanoString已于近期宣布破产,而Ultima Genomics从此前的沉潜蓄势一跃成为今年的金牌赞助商。华大智造子公司Complete Genomics在去年赢得了与illumina 3.34亿美元专利纠纷后,在美国市场乘胜追击成为此次AGBT的银牌赞助商。这些变化无不展现出基因产业热度不减、竞争日趋激烈。



△ 2023年AGBT金牌赞助商NanoString现已申请破产


△ 2024AGBT主要参会企业

以下总结了此次会议的一些亮点:

Ultima Genomics


作为此次AGBT的金牌赞助商,Ultima Genomics的准备非常充分,重点在于商品化推出UG100,其较此前整合了重要硬件升级以提高仪器的稳定性和可用性。总体看点如下:

1.性能和参数全面提升,支持100美元基因组。

Ultima Genomics在此次AGBT大会上公布了合作伙伴以及在UG100上的最新使用数据,知名机构包括the Broad Institute,Regeneron和the New York Genome Center。全新升级的UG100内置24/7自动化,可实现每次运行2组晶圆,最多装载6组晶圆,提供60小时不间断运行,每次运行最多可产出6Tb数据。其测序成本最低可实现1美元/Gb,每个基因组100美元,为市场提供了领先的测序经济效益。这样的参数将使其正式进入超高通量测序领域,成本可以与Complete Genomics此前发布的DNBSEQ T20x2超高通量测序仪相竞争。

2.全新升级的ppmSeq及Q60将INDEL和SNV的精确度全面提升。

Ultima Genomics在此次会议上推出了全新的针对罕见低频SNV检测的ppmSeq技术(paired plus-minus sequencing)以及下游分析与Sentieon合作优化算法提高了碱基统计的准确性及速度,从而实现SNV测序质量达到Q60。从公布的数据上看,升级后的运行成功率从88%提升到了99%,SNV检测的准确性从99.6%提升到了99.8%,INDEL检测的准确性从96.4%提升到99.4%。Ultima Genomics的ppmSeq技术将对需要极高SNV准确性的应用例如肿瘤/cfDNA检测等带来变革。

Element Bioscience


本次AGBT会议上,Element作为第一银牌赞助商,一口气推出了5款新产品,以下亮点值得特别关注:

1.发布,首个多组学平台。

业界首个可同时做细胞形态、RNA、蛋白、3D测序一体的多组学平台。搭配使用Teton多组学试剂盒进行细胞培养/采集、固定、透化、组装到可上机的耗材上,样本准备过程约30分,手动时间低于45分钟,上机时间约24小时,一次可做12well(>50K个细胞/well)或者1个well(>1M个细胞)。使研究人员能够在24小时内从多个角度和时间点分析DNA、RNA、蛋白质、磷酸化蛋白质和细胞形态。

2.业界首个商品化Q50试剂Cloudbreak UltraQ。

本次会议Element发布了首个可实现Q50的测序试剂盒,预计上半年可售。

3.新产品进一步提高可用性和易用性。

除了新的仪器和更高精准度的试剂,Element此次会议为进一步提高可用性和易用性,推出了相应的产品包括更快捷的靶向富集测序流程方案Trinity,可适配市面上95%以上的建库试剂盒更自动化的Cloudbreak Freestyle建库试剂盒,和数据产出更多成本更低的运行模式Expert Mode HD。

10X Genomics


空间生物学市场竞争愈发激烈,纯空间组学玩家发声较弱,如NanoString已申请破产保护。10X genomics于1月的JPM会议公布了2023年财报后作为单细胞和空间组学现存的主要玩家,此次AGBT会议上也发布了对于现有产品的性能升级:

1.空间转录组产品Visium升级到Visium HD,分辨率提升至2微米,从而实现单细胞水平的分析,兼容FFPE样本,基因捕获数提升。

2.原位杂交产品Xenium升级,优化了细胞分割,增加了蛋白marker。

3.液滴单细胞产品Chromium升级,基于新的Chromium GEM-X技术可实现在更小体积中生成双倍的凝胶微珠(GEMs),将多细胞率降低了两倍,并增加了通量,基因数显著提升,细胞捕获率提升至80%,并且提出了单样本100美元的路径。

Complete Genomics(华大智造子公司)


本次AGBT会议上,华大智造子公司Complete Genomics首次成为第三银牌赞助商,并发布了里程碑式的成果,以下亮点值得特别关注:

1.StandardMPS2.0开启基因测序质量Q40时代、主流机型全线升级,测序错误率降低10倍。

在本次AGBT大会上,Complete Genomics发布了全新StandardMPS2.0测序试剂,区别于其他厂家,该产品将DNBSEQ平台全线产品(包括 T7、G99 和G400 or MGISEQ-2000)的测序数据质量提高到了Q40(99.99%),相较于Q30的准确度提升了十倍,显著提高了全基因组测序(WGS)以及肿瘤研究中变异检测的精确度、灵敏度,并降低所需的测序数据量,进一步降低了测序成本。首批试用客户们也在现场展示了全新StandardMPS2.0的出色表现。Xpress Genomics公司的首席执行官Christoph Ziegenhain表示StandardMPS2.0的测试数据表现卓越,Q40的到来将有助于拓展单细胞测序的应用。

2.探索Q50,全新中高通量测序仪DNBSEQ-G800现已面向美国市场开放试用。

不止步于StandardMPS2.0所带来的测序质量提升,Complete Genomics在基于CoolMPS的测序生化方法推出全新的中高通量测序平台DNBSEQ-G800,新型CoolMPS将能实现最长的读长SE600下平均Q50的测序质量。目前该平台已面向美国市场开放试用,与早期用户共同探索完善Q50测序质量的稳定性。

3.DNBSEQ-E25全球发售,DNBSEQ-T20X2和DNBSEQ-E25现已在美国市场全面上市。

在此前ASHG会议上Complete Genomics与Nebula Genomics旗下的ProPhase Labs共同宣布DNBSEQ-T10x4已经投入使用并提供全美国乃至全世界成本最低的全基因组测序。此次AGBT会议上,Complete Genomics凭借DNBSEQ-T20X2的超高通量,更将使100美元以下的全基因组测序成为可能;另辟蹊径采用“自发光”技术的便携式测序仪DNBSEQ-E25目前已支持最长PE150读长将进一步拓展应用场景。

具体介绍可参见文章:

准确度提高十倍!华大智造面向全球发布StandardMPS 2.0测序试剂

值得一提的是,近日备受瞩目的“科技届奥斯卡”爱迪生发明奖正式揭晓2024年榜单,华大智造凭借超高通量测序仪DNBSEQ-T20x2入选最佳产品奖“健康、医疗和生物技术”品类。


华大基因NIFTY®产品在已有CE准入许可的基础上,获批新增DNBSEQ-G99机型,也为全球出生缺陷防控事业的发展提供强大助力。







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Singular Genomics


作为此次AGBT的铜牌赞助商,Singular此次主要发布原位测序平台G4X(可直接在G4的基础上付费升级),并公布了两组合作伙伴的早期试用数据包括Dana Farber Institute和the Broad Institute。

从公布的参数来看,目前可做300个基因、10-15个蛋白。同一FFPE切片可做直接测序(Direct-Seq™)、蛋白、RNA、H&E。两种芯片规格,4 lanes和2 lanes。一张芯片最大可做10x10mm (4个),最多可做24个样本(4x4)。一共可跑4张芯片。此次升级使空间组学的测序时间缩短(2天湿实验+1天分析时间)并且相较于10x Genomics的Xenium,每周可多30倍的样本量,成本减少一半。

自动化样品前处理产品

实验室自动化厂商Volta Labs在此次AGBT会议上发布了首款商用仪器Callisto™。区别于市面上液体处理机械臂和模块的组合体,Callisto基于数字流体技术/电润湿技术(electrowetting),通过电场控制来实现精准的流体操纵。



该平台每次运行最多24个反应,支持短读长和长读长测序工作流程的各种预先优化的应用程序,并且支持核酸提取、测序文库自动化。电润湿技术可以显著减少手工时间和试剂用量,耗材只有做隔离的塑料板,所以耗材价格不贵消耗量低。可容纳体积为10-200微升,可做提取和建库。建库目前仅能做PCR-Free和杂交捕获,声称样本之间无污染,但推测PCR会有气溶胶污染。目前已宣布适配已适配illumina、PACBio、ONT、Element平台,并与Watchmaker Genomics 达成合作为其VoltaPrep™文库制备系列产品提供高质量试剂。



另外一台有意思的仪器,由N6 Tec在此次AGBT会议上发布了世界首台96孔可独立控温的实时荧光定量PCR仪IconPCR™。可实现自动normalization,使终产物浓度一致。此功能可以针对建库流程中normalization和纯化的手动痛点,大大简化建库步骤。适用于低质量样本如FFPE,覆盖度好。他们宣称这台仪器将为NGS行业带来革命性的改变“The platform will revolutionize NGS sample prep workflow universally across virtually all assays.”抢先体验版已开始在北美销售,预计将于2024年年中上市。Weill Cornell Medicine的Christopher E. Mason依然将最前沿的测序技术应用在科学探索的第一线,在Complete Genomics的Workshop上展示了Stereo-seq的时空组学技术应用和优良表现,并展望了自己未来在太空、在新的空间对空间组技术的期望。




本次AGBT会议依旧是精彩不断,Q40高精度的测序质量在此次会议后已成为NGS行业新的进入门槛。不仅局限于NGS,众多厂商在本次会议上争相探索DNA测序仪的多组学应用和更高通量的原位空间测序如Element推出的和Singular的G4X。

相较于新兴测序厂商的活跃表现,传统第一梯队测序厂商illumina,ONT,PacBio在本次AGBT整体发声比较沉闷,投入力度不大。AGBT前后更是紧跟爆出NanaString、Invitae陆续申请破产保护的新闻,而Singular的股价也并没有随着AGBT起死回生,底层核心技术的持续创新依然是硬道理。

总结来说,测序精度不断追求极限(Q40,Q50,Q60),多组学应用甚至一机多用(例如NGS+空间组学应用),生物信息学(深度学习+人工智能)和低成本+易操作的工作流程改进/简化是本次会议众多厂商和客户共同的关注点,也是此次AGBT会议所展现出的测序仪市场新的增长点。

部分参会企业PPT分享

链接:https://pan.baidu.com/s/176YJHTSqDlmQqgRVZifeTQ?pwd=8iia

提取码:8iia

参考资料:

[1] Rosenfeld, Jeffrey. “AGBT Sponsorship Statistics 2024.” Linkedin, 31 Jan. 2024, https://www.linkedin.com/pulse/agbt-sponsorship-statistics-2024-jeffrey-rosenfeld-skqsc?trk=article-ssr-frontend-pulse_more-articles_related-content-card.

[2] “高通量原位空间测序,NGS测序仪的下一步?”https://mp.weixin.qq.com/s/6-RR8CWoBF0m9MKSzCukgg

[3] “NGS再次成为AGBT的焦点:Q40成为进入门槛,NGS+多组学被提上日程”https://mp.weixin.qq.com/s/6-RR8CWoBF0m9MKSzCukgg

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