上海
一、简介
缺氧是肿瘤细胞适应环境、促使其恶性发展的重要因素，同时也会影响肿瘤的预后和药物敏感性。虽然公共数据库中存储了丰富的转录组数据，但仍缺乏用于分析这些数据以探索缺氧与肿瘤发生发展机制之间的联系的网页工具。
我们开发了一个名为THER的交互式网页工具，该工具整合了来自GEO数据库的63个与肿瘤缺氧相关的转录组数据集，涵盖了3个物种、18个肿瘤类型和42个细胞系类型，提供了基因差异表达分析、基因表达谱分析、相关性分析、通路富集分析和药物敏感性分析五种分析模块和多种可视化方式。本网页工具旨在帮助无编程基础的临床医生和科研人员轻松探索肿瘤在缺氧环境中的发生的变化，以深入探索肿瘤缺氧的潜在靶点、作用机制和潜在有效药物，从而为肿瘤诊断和治疗的发展提供重要的指导。
二、网页工具速览
TEHR（https://smuonco.shinyapps.io/THER/）
三、THER的使用指南
3.1 Home页面
以轮播图的形式展示了该网页工具所纳入的肿瘤类型和物种的信息，并展示了所提供的分析模块。另外，在页面下方以可交互堆积柱状图的形式展示了所纳入肿瘤类型和细胞系类型的信息。
3.2 Data模块
该模块在页面下方展示了Hypoxia中所包含的63个数据集的信息，包括物种信息、癌症种类、细胞系类型、样本数量、实验类型、研究描述和设计、文献信息、GEO链接。为了方便用户更方便地筛选符合其要求的数据集，我们为用户提供了搜索栏，允许用户根据癌症种类和细胞系类型筛选感兴趣的数据集，并且会在页面顶部显示符合要求的数据集的数量、缺氧的样本数量和常氧的样本数量。
3.3 分析模块
3.3.1 差异分析模块
以火山图、热图、表格的形式展示根据氧气状态进行limma差异表达分析的结果。
3.3.2 表达谱模块
以箱型图、柱状图和表格的形式来展示单个基因或多个基因在缺氧组和常氧组间的表达值差异。
3.3.3 相关性分析模块
包含了散点图、相关性热图、相关性弦图三种可视化形式，允许用户自由比较基因与基因、基因与通路、通路与通路之间的相关性。
3.3.4 富集分析模块
该模块包含了点图、条图、山脊图、GSEA图、热图（GSVA）和表格多种可视化形式，以不同形式展示差异富集通路的结果。
3.3.5 药物敏感性分析模块
以热图、箱型图和表格的形式展示在不同氧气状态下的样本对药物敏感性的差异。
3.4 Plot Introduction
在每个分析子模块的出图区域的左上方都设置了一个"Plot Introducion"按钮，点击后会跳转到一个对该子模块进行解释说明的页面。
以差异表达分析的热图子模块为例子：说明解释页面会向用户介绍输出界面中所输出图形的意义，以及用于输入的侧边栏可调节参数的意义，为了界面的整洁，我们把部分非必要参数嵌入在了"Extra Parameters"按钮中。
3.5 About页面
该页面可查看常见问题及解答，并可获取作者的联系方式，或通过留言板进行留言。
小结
总之，THER是一款旨在允许用户个性化且系统地分析和可视化肿瘤缺氧相关数据的网页工具。我们期望用户能够通过使用该工具，识别生物标志物，揭示肿瘤缺氧的分子机制，并鉴别有效的药物，从而为肿瘤的诊断和治疗提供可靠依据。我们希望大家对我们的网页工具积极进行反馈，并会据此持续改进完善THER！
[参考文献]
Yasi Zhang, Anqi Lin, Hong Yang, Zaoqu Liu, Quan Cheng, Jian Zhang, Peng Luo. THER: Integrative Web Tool for Tumor Hypoxia Exploration and Research. bioRxiv. doi: https://doi.org/10.1101/2023.11.21.568188.
编 辑：张雅思
校审：罗鹏
Tools
都在这里：
SCI母语润色
专注生物医学领域
唯 问 生 物
专注肿瘤基础研究
19901610324同微信
特别声明：以上内容(如有图片或视频亦包括在内)为自媒体平台“网易号”用户上传并发布，本平台仅提供信息存储服务。
Notice: The content above (including the pictures and videos if any) is uploaded and posted by a user of NetEase Hao, which is a social media platform and only provides information storage services.
