2001年2月20日，恩板腊与情报负责人腊桑昂瓦联手发动不流血政变，占据了克钦独立军的芭蕉山总部，软禁了早迈主席，推举了都宰为新任主席。
2004年，
恩板腊正式担任独立军总司令，由此克钦独立军开始了新的时代。其后通过新一轮的改革，加上扶持若开军为盟友，克钦独立军日渐健壮。
恩板腊
克钦独立军现役总兵力2万至2.5万人，政府机构1万多人，还有常备民兵2万人。编为10个旅级作战部队，部队并没有满编。如常备民兵部队一个月军事训练10天，剩下20天回村参加劳动，遇到作战任务时迅速归建，重新编为现役。
按照克钦独立军的规定：男子从十三四岁起就必须当兵，而且终身不能退伍，即使以后不在军队里也只能算“休假”，有战事发生就必须马上回来；每户人家如果有5名子女必须3名参军，有3或4名子女必须两名参军，有两名子女必须一名参军；如果没有男子就招女兵。
克钦独立军女兵
2008年5月，缅甸以全民投票方式通过新的《缅甸联邦共和国宪法》，宪法规定全国只能有一支军队，并规定了民主选举领导人的制度。克钦独立组织(KIO)在缅甸大选前召开“中央委员会”决定：不反对缅甸马上到来的大选，不寻求将克钦邦从缅甸联邦内分裂独立出去，情愿与大选后新组成的缅甸联邦政府就克钦独立军改编再进行会谈，可以取消“克钦独立军”番号等。
新政府成立后，致力于按照宪法的规定改编各少数民族武装。在保持克钦独立军完整性的问题上，克钦政府与联邦政府分歧严峻。
2011年6月9日，克钦独立军与缅军因太平江一级水电站开战，并于14日拒绝政府军停火要求，连续在靠近滇缅边境与政府军激战。
2012年4月，克钦独立军出兵攻占克钦新民主军的辖区。5月1日，丁英旧部500多人向克钦独立军投降，至此克钦独立军操纵了6200多平方公里的土地。
2013年1月，缅甸政府军突击了克钦独立军位于卡亚蓬的哨站，出动了三千精锐士兵，出动了飞机，火炮。造成了克钦独立军的伤亡，双方战火重启，又开始互相攻击。使克钦邦很多难民逃亡中国盈江县避难。
同年
10月30日，德昂族解放军、若开民族军和全缅甸学生民主阵线等16支少数民族武装，又在克钦独立军首府拉扎成立了名为“全国民族革命武装联盟”的新组织，他们的奋斗目标是推动缅甸成立合众联邦政治体制。
2015年1月15日起，在密支那西北的“缅玉重镇”帕敢一带，缅甸政府军与克钦独立军开始了新一轮阵地争夺战。起因是新年伊始，缅甸政府军在该邦发起打击非法采伐木材的行动，宣布抓捕包括100多名中国公民在内的众多人员，还缴获各种车辆400余台。
2018年，缅甸政府军全面进攻克钦邦。大批缅甸政府军进入克钦邦，连续与克钦邦克钦独立军交火。双方围绕孙布拉蚌，德乃互相撕杀不停，战后统计双方伤亡上百人。2019年，缅甸政府军扣押克钦独立军毒品和军火，又引起2019年的双方交火。
自2021年缅军政府执政以来，
缅甸地方民族反政府武装如雨后春笋般涌现，他们单独或联合克钦独立军共同反对缅军政府政权，连续开展对缅军作战行动。
缅军
2021年4月17日，缅甸克钦独立军从多条路线进攻缅甸政府军，同时还对缅甸密支那空军基地实施炮击。至于2023年开始，克钦独立军和缅甸军的交战频率如同马蜂窝一样密集。
2023年9月21日，
克钦独立军
和人民防卫军组成的联军突击了缅甸政府军位于Sumprabum镇的一个战略哨所，以及帕敢的一个检查站和亲军政府民兵基地，造成至少20人死亡，另有多人受伤。
不过有数据统计，2011-2018年的7年间，克钦独立军和缅甸政府军交战就高达3862次，这么一看反而觉得稀松平常。
结束语：克钦独立军前后连续50多年，有人说它是有美国支持，所以缅甸未能及时打死，否则剿灭它是分分钟的事。可是不管怎样，如今克钦独立军已经成为新一代反政府盟主，而且看起来还能蹦跶好长时间。
2023年11月7日下午16点，克钦独立军、全缅学生民主阵线和人民保卫军联合进攻实皆省高林县平梨铺镇，当天晚上残余缅军举白旗投降。
11月9日凌晨2点40分，克钦独立军第9旅26营和人民保卫军联合进攻
位于克钦邦莫宁县帕敢镇瑟津村的3个缅军和红掸民族军营地
，至早上7点30分全部攻克。
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