许多人认为潜射弹道导弹是在冷战时期才出现的，但实际上早在二战末期，德国已经研发出了人类历史上第一种弹道导弹V-2，并将其用于实战。然而，V-2的射程仅能覆盖欧洲到英国，对美国几乎构不成威胁。为了能够打击美国本土，德国计划将V-2改装成潜射弹道导弹，并由潜艇拖曳到美国西海岸附近进行发射，这是有关潜射弹道导弹最早的设想之一。不同于后来将潜射弹道导弹安装在潜艇内部的方式，德国的设计是在潜艇后方拖曳一个装有V-2的发射筒，需要浮出水面后点火发射。显然，这种发射方式不仅不安全，而且耗时。因此，后来实际使用的潜射弹道导弹采取了不同的设计方式。
尽管潜射弹道导弹的技术可以追溯到那个时期，但现代潜射弹道导弹与V-2几乎没有直接关系。历史上，第一次由潜艇进行的弹道导弹发射是在1955年，苏联海军的B-67号潜艇在白令海成功发射了P-11ФM弹道导弹。然而，与V-2相比，这种导弹除了采用液体燃料外，设计上几乎没有相似之处。此外，这次实验采用的是潜艇内置的发射筒，在水面发射，与V-2在海上发射的设想也存在差异。尽管P-11ФM是历史上的第一种潜射弹道导弹，但与现代的潜射弹道导弹相比，其设计差异相当大，更类似于当时的陆基弹道导弹。
另一个主要特征是潜射弹道导弹的体积相对较小，因为它们需要容纳在核潜艇的内部。由于内部空间有限，潜射弹道导弹通常采用固体燃料火箭发动机以确保射程。因此，相对于具有相同发射吨位的陆基弹道导弹，潜射弹道导弹的射程通常更远。考虑到核潜艇本身具有一定的机动性，尽管潜射弹道导弹的体积较小，但其射程通常可以达到洲际级别。现代的战略核潜艇可以携带12到24枚潜射弹道导弹，全部发射后具有相当惊人的毁伤能力。然而，潜射弹道导弹由于体积较小，核弹头携带数量相对较少，或者爆炸当量较低，通常需要发射多枚才能与一枚陆基洲际导弹相媲美。这也是潜射弹道导弹更适合作为核反击力量而非第一波核打击力量的原因之一。
此外，由于需要由战略核潜艇进行发射，潜射弹道导弹的射程实际上是受到限制的。尽管核潜艇具有几乎无限的续航能力，但适合潜射弹道导弹发射的海域却非常有限。这些海域需要同时具备深度适中、海况复杂程度较低、无危险水文条件、便于通信联络等特点，同时还需要避开敌方反潜力量活动范围和水声监听系统的监测范围，以及确保处于自己海军其他单位的作战范围内。这导致潜射弹道导弹的发射区域实际上相对固定。这个问题在新一代固体火箭技术实现突破之前几乎没有解决办法。
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