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Cell Reports | 华中农业大学严顺平/王利利团队揭示植物调控复制胁迫应答的新机制

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责编 | 王一

精确的DNA复制是细胞增殖的基础。然而,DNA复制会受到各种因素(例如DNA损伤、dNTP缺乏等)的干扰,导致DNA复制胁迫,从而威胁基因组稳定性。为了应对这些挑战,细胞会激活复制胁迫应答机制,包括诱导细胞周期停滞、稳定复制叉、增加dNTP的合成等。

进化上高度保守的蛋白激酶ATR是真核生物应答复制胁迫的核心调控蛋白之一。但是植物ATR调控复制胁迫应答的机制还不太清楚。在前期的研究中,华中农业大学严顺平/王利利团队发现植物ATR通过下游蛋白激酶WEE1来抑制E3泛素连接酶FBL17 (SOAT1)、多效调节蛋白PRL1 (SOAT2)和翻译抑制因子GCN20 (SOAT3)来暂停细胞周期进程。

dNTPs是DNA复制和DNA修复的原料。核糖核苷酸还原酶(RNR)是催化dNTP合成的限速酶。在动物和酵母中的研究发现RNR在转录和转录后水平受到精准调控。拟南芥RNR由1个大亚基(RNR1) 和3个小亚基(TSO2,RNR2A,RNRN2B)组成,其中TSO2起主要作用。TSO2的突变会导致植物生长和DNA修复的缺陷。目前,植物调控RNR的机制尚不清楚。

近日,严顺平/王利利团队在国际著名期刊Cell Reports发表了题为Protein kinase ATR inhibits E3 ubiquitin ligase CRL4PRL1to stabilize ribonucleotide reductase in response to replication stress的研究论文,发现ATR除了诱导细胞周期停滞之外,还可以通过增强dNTP合成来调控复制胁迫应答。

在该研究中,作者通过激活标签法筛选拟南芥atr突变体的抑制子(soat),发现soat4可以部分抑制atr突变体对复制胁迫的超敏感性。进一步研究发现,soat4的表型是TSO2表达量增加引起的;TSO2与PRL1相互作用;PRL1通过Cullin4介导的E3泛素连接酶CRL4 PRL1 多聚泛素化TSO2,促进TSO2通过26S蛋白酶体途径被降解。结合之前的研究, 作者认为ATR-WEE1通过负调控CRL4 PRL1 提高了TSO2的蛋白稳定性,从而促进dNTP的合成。综上所述,本研究发现了植物调控复制胁迫应答的新模块ATR-PRL1-RNR,揭示了植物RNR蛋白在翻译后水平被调控的机制。鉴于这些蛋白在真核生物中的高度保守性,ATR-PRL1-RNR调控模块也可能在其他真核生物中发挥作用。

ATR-PRL1-RNR工作模型

该团队的博士研究生包伟怡为论文的第一作者,严顺平教授和王利利研究员为共同通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金、华中农业大学-中国农业科学院深圳农业基因组研究所合作基金等项目的资助。

据悉,严顺平教授于2014年回国后开始研究植物DNA损伤应答机制,取得了系统性的研究成果:(1)揭示了ATR-WEE1调控复制胁迫应答的机制(Pan et al, 2021; Wang et al, 2021; Pan et al, 2023; Chen et al, 2023;Bao et al,2023);(2)揭示了转录因子SOG1调控DNA修复的机制(Wang et al, 2022; Yu et al, 2023);(3)揭示了SMC5/6协同调控细胞周期暂停和DNA损伤修复的机制(Wang et al, 2018; Chen et al, 2021; Li et al, 2023)。这些研究大大丰富了人们对植物DNA损伤应答的认识。

本研究团队近5年学术成果汇

参考文献:

(1) Pan T*, Gao S*, Cui XY, Wang LL, Yan SP. APC/CCDC20 targets SCFFBL17 to activate replication stress responses in Arabidopsis. Plant Cell, 2023, 35: 910–923

(2) Pan T, Qin Q, Nong CB, Gao S, Wang LL, Cai BC, Zhang M, Wu C, Chen HC, Li T, Xiong D, Li GL, Wang S, Yan SP. A novel WEE1 pathway for replication stress responses. Nature Plants, 2021, 7: 209-218.

(3) Wang LL, Zhan L, Zhao Y, Huang YC, Wu C, Pan T, Qin Q, Xu YR, Deng ZP, Li J, Hu HH, Xue SW, Yan SP. The ATR-WEE1 kinase module inhibits the MAC complex to regulate replication stress response. Nucleic Acids Research, 2021, 49: 1411-1425.

(4) Bao WY, Zhang WJ, Huang YC, Zhao Y, Wu C, Duan LL, Wang LL#, Yan SP#. Protein kinase ATR inhibits E3 ubiquitin ligase CRL4PRL1 to stabilize ribonucleotide reductase in response to replication stress. Cell Reports, 2023, 42: 112685.

(5) Chen HC*, Pan T*, Zheng XA, Huang YC, Wu C, Yang TB, Gao S, Wang LL, Yan SP. The ATR-WEE1 kinase module promotes SUPPRESSOR OF GAMMA RESPONSE 1 translation to activate replication stress responses. Plant Cell, 2023, doi:10.1093/plcell/koad126

(6) Wang XP, Wang LL, Huang YC, Deng ZP, Li CL, Zhang J, Zheng MX, Yan SP. A plant-specific module for homologous recombination repair. PNAS, 2022, 119: e2202970119.

(7) Yu C, Hou LH, Huang YC, Cui XY, Xu SJ, Wang LL#, Yan SP#. The multi-BRCT domain protein DDRM2 promotes the recruitment of RAD51 to DNA damage sites to facilitate homologous recombination. New Phytologist, 2023, 238:1073-1084.

(8) Chen HC*, He CP*, Wang CY*, Wang XP, Ruan FY, Yan JJ, Yin P, Wang YX#, Yan SP#. RAD51 supports DMC1 by inhibiting the SMC5/6 complex during meiosis. Plant Cell, 2021, 33: 2869–2882.

(9) Li CL*, Guo YY*, Wang LL, Yan SP. The SMC5/6 complex recruits the PAF1 complex to facilitate DNA double-strand break repair in Arabidopsis. EMBO Journal, 2023, 42: e112756.

(10)Wang LL, Chen HC, Wang CY, Hu ZJ, Yan SP. Negative regulator of E2F transcription factors links cell cycle checkpoint and DNA damage repair. PNAS, 2018, 115: E3837–E3845.

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