里程碑1（2010年）-抗生素改变菌群及宿主健康2008年，Relman等人的研究发现，使用环丙沙星会影响粪便样本中约三分之一的细菌类群的丰度，其中一些种类在停止抗生素治疗后也无法恢复。后续几年里多篇研究证实抗生素对人体菌群及宿主健康的影响。
里程碑2（2010年）-生物信息学助力菌群測序数据分析2010年，Rob Knight团队发布了QIIME软件，该软件能够对微生物组测序产生的日益庞大的数据集进行分析。
里程碑3（2012年）-菌群-肠-脑轴2011年的多研究揭示，缺乏微生物组会影响行为、大脑中的基因表达和神经系统的发育。后续的研究发现，肠道微生物组的变化可能：（1）通过影响免疫稳态和免疫反应，间接影响中枢神经系统；（2）通过微生物的代谢物，直接或间接地向神经系统发出信号。上述研究为我们理解肠道菌群对大脑和行为的影响以及它们背后的机制奠定了基础。
里程碑4（2012年）-现代微生物培养技术高通量厌氧培养技术的出现，使人类肠道微生物组中的大量微生物得以培养，大大地推动了微生物组研究的进展。
里程碑5（2012年）-全球不同地区的人体微生物组为研究不同人群肠道菌群的差异，Yatsunenko等人对生活在不同地区的人群粪便样本中的细菌种类进行了分析，这些地区包括委内瑞拉的亚马孙州、马拉威的农村地区和美国的大都市。研究人员发现，地理位置不同的群体，其肠道菌群的组成和功能存在显著差异。
里程碑6（2013年）-微生物产生的短链脂肪酸可诱导调节性T细胞的产生调节性T细胞在维持免疫稳态中起着重要作用。2013年，三项研究发现，微生物来源的短链脂肪酸可促进调节性T细胞的扩张和分化，揭示了微生物群可通过化学介导的沟通方式，来影响免疫系统。
里程碑7（2014年）-人体菌群能够产生抗生素研究人员在人类菌群基因组中鉴别出了抗生素合成基因簇，揭示了抗菌药物的新型来源。而且，该研究表明种群特异性的抗生素基因或具备调节局部微生物群落结构的潜力。
里程碑8（2015年）-靶向宿主的药物会影响菌群人类服用的药物可能会影响胃肠道微生物的丰度和细菌基因的表达，这可能对药物治疗和人体的健康产生积极或消极的影响。
里程碑9（2018年）-菌群会影响癌症疗法的效果在对小鼠模型的早期研究中，肠道菌群的组成被证明会影响黑色素瘤患者、晚期肺癌或肾癌患者对免疫检查点疗法以及肿瘤控制的应答效果。
里程碑10（2019年）-宏基因组学揭示人体菌群的未知特征计算方法的进步使得从宏基因组数据重建微生物基因组成为可能。如今，这一方法被用于识别肠道和其他身体部位、农村和城市环境的全球微生物种群中的细菌物种，大大扩展了已知的系统发育多样性，并能够改善未被研究的非西方种群的研究和分类。
在最新的研究当中，来自剑桥大学的相关研究人员在内蒙古发现了一组特定的菌群组合N436，通过对其研究发现这组新益生菌菌群具有保护肝脏器官的作用。此前益生菌被普遍认为其最大作用是调节人体肠道健康，改善体内菌群平衡，对于其它器官的保护更多是间接性的。而此次在内蒙古发现的益生菌组合N436是能够直接作用于保护肝脏，缓解一些由于外部原因如：饮酒、熬夜、作息规律等导致的肝脏损伤。研究人员表示，该发现对于进一步巩固益生菌对人类健康作出了巨大的贡献，同时也为益生菌健康产业定义新发展方向。
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