陕西
非编码RNA（ncRNA）是一类不编码蛋白的RNA分子，在植物生长发育和胁迫应答反应中发挥了重要的调控作用。ncRNA通常根据长度分为长链非编码RNA和小RNA，而小RNA又通常分为微小RNA (microRNA) 和小干扰RNA (siRNA)。ncRNA与转录因子、RNA结合蛋白等其他基因表达调控因子协同形成基因表达调控网络调控基因的表达。
近日，南京农业大学科研团队在Plant Physiology发表了题为“A Soybean Non-coding RNA Mining and Co-expression Resource Based on 1,596 RNA-seq and Small RNA-seq Libraries”的研究论文，利用1,263个RNA-seq数据和333个sRNA-seq数据构建了大豆非编码RNA挖掘与共表达数据库SoyNcRNAExp。
SoyNcRNAExp包含四大功能模块：NcRNA Expression, NcRNA Differential Expression, NcRNA Mining, and NcRNA Co-expression。基于1,596个高通量测序数据，NcRNA Expression和NcRNA Differential Expression模块主要用于检测ncRNA的组织表达特征和不同处理下的差异表达。在NcRNA Mining模块中，用户可以挖掘组织特异性表达的ncRNAs，在NcRNA Co-expression模块中，用户可以获取ncRNA之间以及ncRNA与mRNA之间的共表达折线图和共表达网络。大豆是重要的粮油作物，该研究构建的大豆非编码RNA挖掘与共表达分析平台将有助于推动大豆非编码RNA和大豆功能基因组学相关研究。
该研究由南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室黄骥教授和国家大豆改良中心黄方教授合作完成，硕士生朱雪爱和博士生张宝一为论文共同第一作者，张红生教授和本科毕业生高凡淇参与了该项工作。该研究得到了中央高校基本科研业务费、南京农业大学大学生创新训练计划和仲英作物种业创新中心的资助。
数据库链接：
https://cbi.njau.edu.cn/SoyNcRNAExp
论文原文链接：
https://doi.org/10.1093/plphys/kiac216
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