2003年，北京地铁4号线规划方案公布，线路贴北大东门一路向北。北大组织专家对地质结构相同的地区已建地铁运行影响进行了多次测试、对比、分析、研究，提出了《地铁引起地面振动的测试与分析报告》和《东直门－柳芳地段城铁引起地面振动测试结果》的报告，得出4号线“将对我校大型精密贵重仪器设备的正常使用产生严重影响”的结论，并以学校名义正式报告北京市政府；之后，北京市环保局、原国家环保总局、北京市轨道交通建设指挥部组织各方面的专家进行了多次的研讨和测试，并与北大多次磋商研讨。在此基础上原国家环保总局组织专家组进行了评审，结论为：“根据现有科技水平，采取综合治理技术措施能够解决北大仪器的基本要求”。
2009年北京地铁4号线建成通车。实测发现，尽管已经采用了包括加设“钢弹簧浮置板道床”等多种先进的减振技术，4号线地铁振动仍然对北大的精密仪器设备造成了干扰。为此，北大决定在校区西部开始建设科研楼，拟将其部分受影响的精密仪器搬迁。因为新楼容量有限，一些受影响仪器仍然留在东部，有些学者只能在地铁停运后的半夜做实验。
2011年，就在北大新科研楼在建未完工之时，北京地铁16号线北延长线（时称海淀山后线）规划方案通过审批。按此规划，16号线途径北大西侧，距新建的科研楼最近距离只有200米。北大再次提出反对，希望能避免重蹈4号线之覆辙。
各方在地铁改线和仪器搬迁之间争论不下。经多次研究讨论和反复蹉商，2013年8月，北京市规划委员会同意北京地铁16号线西苑至苏州街段线路规划调整方案[5] ，据此，地铁线路向西避让了300多米。2014年5月28日，北京市环境保护局于作出《关于北京地铁十六号线二期（原海淀山后线）工程环境影响报告书的批复》[6]，其中载明:“该工程主要环境影响是运营期振动、噪声及施工期噪声、扬尘等。从环境保护角度分析，同意你单位按环境影响报告书所列建设项目的性质、规模、地点、环保措施进行建设。”
尽管16号线已经通过了环评审批，仍有专家担心16线地铁避让的距离并不足以消除对北大精密仪器的不利影响[7]；另一方面，如此改线本身也导致地铁公司丧失了部分客流；由此，16号线过北大事件的处理结果被媒体指为“两败俱伤的妥协”。[8]2020年12月31日，从北大校园西边经过的北京地铁16号线中段（西苑站至甘家口站）开通运营。专家们所担心的、16号线地铁对与之最短距离不到600米的北大新科研楼内精密仪器的影响，很快就可有实测数据证明（证实或证否）了。
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