对于毛利小五郎身份迟疑，很多人都会做很多不同的分析和解释，认为小五郎一直以来都知道柯南的身份，暗中调查黑衣组织。这点的话官方也很头疼，还特意做了一集来解释，而这一集也已经动画化，收录于海外拆分版第791~792话《小五郎在酒吧里》中。
这个故事以小五郎作为主角，加入很多内心独白，描写了小五郎对于自己突然睡一觉案件就破获的疑惑以及自己的解析，他认为自己的内心有一个沉睡于潜意识中的真·毛利小五郎。
不过对于这种类似于“精分”的解释，观众似乎并不是很买账，依然觉得毛利小五郎是装的。至于为什么大家还是这么认为，那我觉得可以从小五郎的过往来进行分析。
首先就是在毛利小五郎身上有很多传说。
在最新的《警校篇》中，安室透表现突出，但前辈告诉他人外有人。曾经在警校中有一个人第一次射击的时候就20发子弹全部命中靶心，成为了警校传说，而这个人正是毛利小五郎。
在《小五郎同学会杀人事件》中，小五郎吹嘘自己打遍学校无敌手，自称天才几乎不用训练，不过在比赛中就会紧张导致一场没赢过，但江湖还是有小五郎的传说。
至于推理能力的话，官方设定是比较弱，同样是在《小五郎同学会杀人事件》这一集中，小五郎是在柯南的多方提醒和指导下才能勉强解决了案件。
在第三集《偶像密室杀人事件》的时候，目暮警官吐槽之前共事的阶段，每次小五郎加入案件小组后，就会让搜查方向走向迷宫。
在第513集《工藤新一少年冒险》中，故事线回到了10年前，那时候小五郎还是刑警，他和目暮警官都展示出完全不懂推理的能力。其实从目暮警官后续的表现，以及故事中一些复仇案件是因为警方以意外作为结局草草结案导致的，可以看出故事中的刑警好像并不太考核推理能力，所以有网友以当过刑警来判断是不准确的。
至于大家说的小五郎有偶尔高光，比较经典的案例是剧场版《水平线上的阴谋》，这是小五郎比柯南更快和更准确地完成推理，不过这并非原作，所以在设定上会有做偏差，故不做讨论。
在120集《有氧潜水杀人事件》，这个杀人案件是柯南射晕小五郎解决的，但小五郎却解决了另一个“案件”，他发现了妃英理不小心丢失了戒指，小五郎并没有直说，而是自己去沙滩那边去找。这也被柯南吐槽，要是平时这么灵光就好了。
而在330集《未被看见的嫌疑人》这一集是小五郎少数不多清醒着解决了案件，虽然柯南给了提示，比如最关键的就是打火机里面进行藏刀片的这一个手法是小五郎原本没有想到的，但他还看出了一些柯南所推理不出来的细节，指出了凶手的真正动机。
至于大家常说的小五郎推理出柯南身份，这点前期确实有表现出来小五郎觉得柯南很不简单，但官方没有后续展开。
而那个使用变声器被小五郎抓包，是在第890集《死了两次的男人》中的画面。我看了下，这一集是动画组原创，脚本是扇泽延男，他本身就是最擅长搞笑无厘头轻推理的风格，最为经典的就是《惨遭4次杀害的男子》和《生意兴隆的秘密》，所以加入这种莫名其妙的剧情也不奇怪。
综上，小五郎确实是有一些实力所在，像是基础的推理能力或者是身体力行，应该可以当一个比较合格的刑警，但如果说他从一早就知道柯南的身份，心思犹如“千层饼”，那就是过分解读。
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