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（1）临床样本中存在的大量待测微生物；
（2）科研中得到的质粒克隆；
（3）以前分析研究的特定微生物；
（4）大量存在于实验环境中的特定微生物；
（5）以前扩增产物的残留污染。
这也是PCR实验室最容易产生的将造成假阳性的污染。PCR扩增可以引起实验室中扩增产物的积累，通常，一次典型的PCR扩增可以产生10^9拷贝的靶序列，如果气溶胶化，甚至最小的气溶胶都会含有10^6拷贝的扩增产物。如果不加以控制，在短期内累积的气溶胶化的扩增产物即会污染实验室中的试剂、
仪器设备和通风系统，从而造成严重的实验室污染，出现大量的假阳性结果。一些RNA扩增技术如基于核酸序列的扩增（NASBA）、转录介导的扩增
（TMA）和Qbeta复制酶等不易产生扩增产物的污染，这是由于它们的扩增产物为RNA，可以被环境中的RNA酶迅速地降解。
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