GenBank是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸及蛋白序列。每个记录代表一个单独、连续、带有注释的DNA或RNA片段。每条GenBank数据记录包含了对序列的简要描述、它的科学命名、物种分类名称、参考文献、序列特征表、序列本身。GenBank的数据来源于全球各地学者的投送，它依靠全球学者提供的新数据使GenBank尽可能保持其综合性、及时性和准确性。NCBI及时准确处理这些新数据，更新已过时的数据，并协助学者们发送新数据。
我们可通过四种途径从GenBank数据库中检索数据：
1. 用Entrez Nucleotide搜索GenBank中的序列标识符和注释。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/
2. 使用BLAST搜索和匹配GenBank序列到查询序列。
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
3. 使用NCBI工具以编程方式搜索和下载序列。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
4. ASN.1和平面文件格式可在NCBI的匿名FTP服务器上获得
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/，及
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/ncbi-asn1/
其实，许多期刊都要求作者在论文发表之前必须将核酸序列发送给GenBank。然后GenBank会返回accession number给作者，该序列存取号可随论文发表，并代表该基因序列数据。
为了方便作者向GenBank发送核酸序列数据，NCBI开发了一种基于www的投稿软件工具——BankIt
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BankIt
BankIt软件允许我们将基因序列数据录入BankIt表格中，必要时，可编辑或增加生物学注释。数据录入后必须检测它的正确性和完整性，然后在BankIt页的下部点击“submit to GenBank”按钮。BankIt先将我们的数据转换成基因库的记录格式，再将它发送到基因库。我们可在文本文件中用自己的语言注明其数据来源和生物学特征。基因库的工作人员将浏览我们的文本文件，并将它们录入到相应的字段，如果发送正常，我们在24-48小时内会收到GenBank返回的序列存取号。
BankIt允许我们使用www将序列发送到GenBank，所以我们需要输入以下信息：
1.投稿者联系信息，包括投稿者姓名、联系地址、电话号码和传真、Email地址等；
2.参考文献信息，包括投稿者和合作者的姓名、论文题目、期刊名、年卷期次、参考文献等；
3.序列的描述，包括生物学来源及序列类型等；
4.序列数据，将DNA序列剪贴到输入框中。
通过BankIt上传核酸序列的操作步骤
1. 进入NCBI的BankIt网页后，需先注册一个NCBI账号。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/index.cgi
2. 登入后，点击New submission，准备上传数据。
3. 上传数据前要填写数据投递者的联系信息、文献信息、序列描述等有关信息，检查无误后点击“continue”。
使用高通量测序平台，需提供基因组序列拼接的软件和版本，另外还需填写Coverage（×），计算方法为：mapping到线粒体的HQ Data数据量/线粒体基因组大小。
4. 提交序列时，只能粘贴序列或上传fasta文件。
5. 注意还要填写完整物种名称，注意要规范填写哟。
6. 如果提交后突然弹出“warning”，那么要检查确保所填物种名称是否正确。如果物种名称正确，那说明NCBI的Taxonomy database还没收录此物种，这时我们可以在方框内提供包含该物种拉丁名的参考文献或解释该物种为新发现物种。
7. 下一步就是“submission category”，这一步就是问我们的序列是否为原创。
8. 在下一步的样品来源，我们要提供样品来源的各项信息。
9. 然后需选择注释信息上传方式，提交TBI文件。
10. 提交便很快完成了，确认用于通信的电邮地址是否无误。上传完成后邮箱会收到NCBI的的自动回复邮件，2个工作日内就会收到GenBank Accession Number。
小伙伴们get到这个新技能了吗，快动起小手试一试吧！
E N D
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