三眼铳枪管很短，只有一尺多长，仅为同时期另一种先进火器鸟铳的三分之一。反映到造价上，一杆鸟铳造价3两银子，一杆三眼铳只有7钱。这是由于鸟铳为了获得长距离击杀效果，保证弹丸初速和准头，对枪管长度、枪管材料都有很高的要求。冶金工业在当时并不发达，制造一根符合作战要求的枪管难度颇高。
在万历二十三年（1595年）的壬辰倭乱中，明军的火器实际上是比不过百战之余、普遍装备了鸟铳的日本精兵的。明军发现了这个短板之后，就在野战中利用大将军炮先破坏日本鸟铳方阵，随后再步骑冲锋，这样也能收到不错的效果。后来，明军的神机营也开始研发类似鸟铳的武器，用于装备军队。
萨尔浒之战后，明军损失惨重，大量的军事装备被损耗。明朝末年的国力衰弱，短时间内难以迅速补充。同时，明军野战能力羸弱，只能凭城固守，而鸟铳、抬枪等武器都需要组织成密集的方阵才能达到最大作战效能。可是，鸟铳的击发方式又太繁琐，需要有肉盾近身防护，留给铳手充足的时间用于装填、击发。明军后期已经无力组织长鸟铳方阵。
缺少肉搏近战能力、国库亏空的明军，只能选择应急武器来应对越来越恶化的辽东局势，造价低廉、对工艺和材料要求不高的三眼铳成为明军中的首选。
此外，还有一个不得不考虑的原因。后金骑兵不是缺少铠甲防护的轻骑兵，他们装备精良，有不少重甲骑兵。这样的重甲，即使是鸟铳百步之外也不能伤其分毫，至于普通刀剑，更难对其有所损伤。对于这种甲胄，最有效的武器其实是锤击。从宋朝开始，甲胄制作工艺传入东北少数民族，中原地区士兵的制式武器就已经不是刀剑了。宋代武士经常使用锤子、斧子等锤击武器，用于破坏重甲。三眼铳在发射一轮之后，战场的情势已经不能再有装填的机会了，因此就会立刻改变三眼铳的作战方式，将它变成一个锤子，用于冲锋。这在当时，算是一个相当有效的作战方式了。
清朝建立后，国力得到逐步恢复，且士兵的战斗意志也得到了提升，能够为铳手提供防护，所以，鸟铳、抬枪等再次在军队中列装，至于三眼铳，则慢慢退出了历史舞台，只有民间还保留着一些，用于打猎、护田等事。
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