朱元璋一心想给继承者留下一个稳固的皇位，虽然他平稳处理了与功臣勋将之间皇权与军权的矛盾，可是他实行的分封制度却导致藩王的势力日益膨胀，逐渐对皇权构成威胁。
对于封藩的弊端，早在洪武九年，平遥训导叶伯巨就曾上书奏明。
当时诸王还没就藩，各王府的官属、护卫也尚未配齐，分封的弊端尚未充分显露。
朱元璋对诸位皇子的期望，一方面希望通过分封，以藩王代替功臣勋将镇守边塞、拱卫朝廷安全，同时又希望的自己的儿子之间能保持友好的关系。
对于历史上分封的教训，比如汉朝的七国之乱，朱元璋则有另一种解读。洪武元年的某一天，朱元璋与太子朱标提起七国之乱，他对朱标说，七国之变发生的真正原因是汉景帝登基后的轻率削藩。
也许，朱元璋未必真的这么认为，只不过他希望自己的儿子之间能和睦相处。
叶伯巨预言，藩王的势力日后将难以控制，酿成大祸，这正是朱元璋所担心的。
“臣恐数世之后，尾大不掉，然后削其地而夺之权，则必生觖望”（《明史·列传·叶伯巨》）。
“觖望”的意思是，因不满意而怨恨。
叶伯巨的这番话后来几乎全都变成事实。在朱元璋晚年，封藩的弊端逐渐显现出来。
朱元璋把太子留在京师，终日接受儒臣的教育，而让藩王统领兵马镇守边塞，他们的势力日益强悍，尤其是晋王朱棡、燕王朱棣。
而且，太子和诸王在车辆、服饰等方面也存在嫡庶不分的现象。
洪武二十一年，户科给事中卓敬趁机劝说朱元璋：京师为天下人仿效。陛下对诸王若不趁早分清等级，任由他们的服饰与太子相同，嫡庶相混，尊卑无序，怎能号令天下？
朱元璋听后觉得言之有理，采纳了卓敬的建议。
太子朱标去世后，朱元璋下诏册立朱允炆为皇太孙。诸藩强悍、皇储任柔的局面进一步强化。
在肩负边防重任的诸王之中，晋王、燕王的实力最为雄厚，特别是燕王，数次击领兵败北元军队。
针对皇太孙与诸王的关系，洪武二十九年，朱元璋调整了诸王拜见皇储的礼仪，规定朝见后到内殿行家人礼。
朱允炆对拥兵在外、如狼似虎的各位叔父忧心忡忡。
，对祖父讲出自己的忧虑，“虏不靖，诸王御之；诸王不靖，孰御之？”
朱元璋反问：你认为呢？
朱允炆回答，“以德怀之，以礼制之，不可则削其地，又不可则废置其人，又其甚则举兵伐之。”（《皇明史窃》）
朱元璋也想不出更好的办法。
洪武二十八年，秦王朱樉去世；洪武三十一年三月，晋王朱棡去世。
藩王之间的相互牵制被打破，燕王朱棣成为藩王之首，在北方军队中有着强大的影响力。
可是，朱元璋来不及做更多的安排，便一病不起。
洪武三十一年五月，朱元璋下诏给刚继承王位的晋王朱济熺，让他提前部署，提防朱棣。
“教陈用、张杰、庄德，预先选下好人马，提备临阵时，领着在燕王右手里行。”
而且，朱元璋还密令驸马都尉梅殷辅佐皇太孙，梅殷是汝南侯梅思祖的侄子，娶宁国公主为妻。
为了确保朱允炆能顺利即位，朱元璋还在遗诏中明确规定，禁止诸王入京奔丧。
“诸王各于本国哭临，不必赴京”（《皇明诏令》）。
听闻父亲去世的消息，燕王朱棣星夜兼程赶往京师，到达淮安时，被使臣拦住。使臣向朱棣宣读朱元璋的遗诏。
朱棣只得派三个儿子朱高炽、朱高煦、朱高燧前去奔丧，自己返回北平。
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