1943年，军政部长何应钦借故将第九集团军所辖的五十四军军长黄维调职，关麟征在何的支持下，派张耀明接任该军军长。而这个军是陈诚的嫡系部队，副军长傅正模便联合该军军官向上呼吁控告，致使关、陈矛盾激化。不久，陈诚由湖北飞昆明规划远征军事宜，关往见陈，提到五十四军时，两人拍桌互詈，关麟征冷笑着回答：“辞公钧座是即将掌握全国事的领袖人物，不应该再封闭在土木系小圈子里，一个军长的职务都不肯放手，这不是干大事业应有的心胸啊！”，话刚说完肥胖的身子侧身一让，一个响屁丢了出来，空气瞬间弥漫一股难闻的硫磺味。如此不给面子陈诚被气得浑身颤抖，胃溃疡发作，吐血不止，此后虽经杜聿明居中调处，但关陈一直水火不容。因此关麟征晚年一直在香港生活，任蒋介石怎么劝说都不去台湾，只在1975年蒋介石去世后才去台湾拜祭。
除了抗日名将，关麟征还跟地方实力派龙云有过节。抗战后期，为了掌控云南，蒋介石任命关为云南警备部司令，并暗地指示找机会铲除龙云的势力。可惜蒋介石用错了人，关麟征打仗有一套，但对于耍计谋不在行。他竟指挥部队当着云南王的面往昆明城里冲。龙云一看，这还得了，老家都快被人占了，急调滇军主力入城，并架上机枪大炮对准中央军。蒋介石一看，事态不好，别把龙云惹急了，搞不好他去投靠了日本人，赶紧派人去讲和。龙云强硬地表示，讲和可以，但关麟征必须把部队撤到昆明城20里地开外，没他的允话不许进城。关麟征没能完成蒋介石交给的任务，又得罪了云南王，可谓里外吃了亏。
1945年底，云南大学学生反对内战，组织社会民主人士聚会。关麟征派人劝说无果，让手下军警穿便衣到云南大学朝师聚会生丢手榴弹，炸死炸伤一大片。做了这样伤天害理的事情，一般的人打死都不会承认。但人家关大炮敢作敢当，“学生有游行示威的自由，军人有开枪的自由，怎么地”，此言论一出，天王老子也保不住他关麟征，蒋介石调杜聿明来接了他的差事。尽管打仗能力非凡，但此刻遭到全国人民声讨，结果内战自然没他什么事了。
关麟征虽然没有带兵打仗，蒋介石还是蛮看重他官升得很快，也很高。1948年8月，关麟征被任命为国民党陆军副总司令，仍兼任军校校长。李宗仁担任国民党政府代总统时，他被任命为陆军总司令，达到了人生的最高峰。蒋介石本身心眼多，不喜欢同类型，喜欢老实，不圆滑，性格直的这种，如黄维等。但是话又说回来，关麟征这个陆军总司令就是个花架子，一点实际权力都没有，凡事依然要以蒋介石马首是瞻。他也不可能带兵打仗了，空有一身好本事，英雄无用武之地。
关麟征不光处理同级关系不行，对待下级也不留面子。杜聿明是抗日名将，当年也曾在他的手下当旅长。后来因为作战有功，杜聿明晋升为25师副师长。这时身为师长的关麟征感到了危机，认为杜有夺权之意，便处处打压他。其实关麟征多虑了，杜聿明只想一心带好部队，他是国民党有名的老好人，很少与人争权夺利。他不争功，不贪污可以说是国民党军中少有的正直人。杜聿明治军严格，关麟征却常常进行干涉。杜要士兵每天必须训练4小时，关麟征发话2小时就行了。杜要士兵跑20里，关麟征发话少跑一半。为了架空杜聿明，关麟征还跟下面旅团长打招呼，全师大小事必须由他说了算。
看到关师长如此对待自己，杜聿明深感失望，他找徐庭瑶吐苦水，让老军长想想办法。徐多多少少听说过，也看不惯关麟征的做法，便出主意，让杜自降身份去新成立的战车团当团长。杜听了立马同意，随后就去走马上任战车团上校团长。关麟征的目的达到了，不过也得罪了这位抗日名将。
纵观关麟征将军的一生，抗日战争时期英勇善战，敢打敢拼，连日本人都称赞：“关麟征地一个军，顶支那十个军”，称其为抗日名将实至名归。但是其人脾气暴躁，心胸狭窄又缺乏政治头脑，和同事上下级都处理不好关系，黄埔同窗数百人，能够勉强称之为朋友的仅仅张耀明一人。性格如此，又怎么能在党派关系复杂多变的国民党内部如鱼得水呢？
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