晋绥军是辛亥革命时期由起义的山西新军改编而成的一支军事力量，在随后的北洋军阀统治时期，这支部队不断发展壮大，到了北伐战争结束时已经扩充到20余万人。蒋介石执掌南京国民政府大权后，多次与晋绥军系统的首领阎锡山发生冲突，尤其是中原大战时期，双方还爆发了有史以来规模最大的军阀混战，尽管阎锡山一方落败，但晋绥军由于及时撤回山西老巢，并没有伤及元气。
抗战初期，蒋介石重用晋绥军以牵制日寇
不过，随着1937年7月抗日战争的全面爆发，蒋介石和阎锡山开始携手抗敌。最初，为进一步鼓励晋绥军抗日，蒋介石将晋绥察三省统统划为第二战区，并任命阎锡山为司令长官，下辖第19、33、34、35、61军和骑1军等部。蒋介石还特意指示对晋绥军要“尽可能增发武器经费，加强实力，使其继续不断扩大展开游击战，以达成消耗敌人之任务。”
随后，蒋介石也的确不断增加着晋绥军的番号。1939年7月，成立第83军和暂编第1军；1940年3月成立第23军和第43军。整个抗战期间，晋绥军先后拥有10个军的番号。尤其是1941年前后，晋绥军又逐步将步兵旅改编为暂编师，先后成立了14个暂编师，番号从暂编第37师至暂编第50师，还新成立骑兵第4师等。
阎锡山的指挥权限长期受到压制
蒋介石虽增加了晋绥军的番号，但对阎锡山的指挥权限、晋绥军的作战地域及后勤补给方面却做出许多限制。1937年10月，日军沿平绥路西进，晋绥军招架不住，要求蒋派兵增援，卫立煌部中央军和川军等其他派系的军队30余万先后进入山西。当时山西面临存亡关头，中央军及其他派系的军队又多于晋绥军，阎只得将指挥权拱手相让：“实际上则均归卫总司令指挥，并决定以后增加部队均归卫总司令统一指挥。”
在太原保卫战期间，蒋介石再次来电：“…委卫立煌为第二战区前敌总司令，除第18集团军及第6集团军（晋绥军部队）外，均归其指挥。”太原失守后，中央军退到晋南的中条山地区，卫立煌以第一战区司令长官兼任第二战区副司令长官的身份，负责继续指挥第二战区内除中共军队和晋绥军以外的所有部队。
阎锡山辖区及实际控制区不断缩小
除对阎锡山的指挥权限做出限制外，蒋介石还不断缩小第二战区的作战区域。1938年11月军事委员会对战区重新划分，将绥远省从第二战区划归蒋介石亲自兼任司令的第八战区；第二战区改辖山西全省和陕西省东北部，但后来陕西省东北部也被划归第八战区，使得阎锡山辖下仅剩山西一省。
而实际上早在1940年2月阎锡山与共产党闹摩擦失利的时候，胡宗南部第90军就渡过黄河，进入晋西；卫立煌部中央军也趁机进驻晋东南，晋绥军只好全部蜷缩晋西一隅，直至日军投降。晋绥军除作战地域狭小外，在装备、兵员和经费上均不充足，很多时候领的军饷尚且不足规定标准的1/4。
阎锡山几次三番被要求调离
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