古代中原士人衣冠南渡，在南方形成分立政权，在江南地带建立了与少族民族政权为主的北方不一样的人文环境，加上江南气候、地理等自然因素的差异，使魏晋南北朝时南北方在文化上出现了一些差异。这种差异也体现在佛教上。
这正如梁启超所说：“自楚王英、安世高以来，此教(佛教)在南方，已获有颇深厚之根祗，然以其地非政治中心点所在，发展未充其量也。及孙吴东晋以宋齐粱陈，政治上分立之局数百年，且中原故家道族，相率南渡与其地固有之风土民习相结合，然成一新文化，与北地对峙，凡百皆然，而佛教亦其例也。”
虽然南北方社会都极尊崇佛教，大师辈出，但南北佛教却各有特色。这些特色表现在南方尚义学，重般若；北方尚修持，重禅法。
南方的佛教是土人的玄学佛教，有更多知识分子阶层的思想追求形成了南朝佛教重义理的风格，区别于北方重信仰的佛教。
梁启超说：“北方佛教，多带宗教的色彩，南方佛教，多带哲学的色彩；北人信仰力坚，南人理解力强；北学尚专笃，南学尚调融，在在皆足以表风气之殊。”
在南北朝时期，南北方都发生过儒道释的争论。但在南方，主要还是限于思想文化领域的争论，而在北方，却总是和残酷的政治斗争结合在起，甚至出现了灭佛的事件。
在南方，慧远可以公开和统治者讨论沙门不礼王者，而且受到大部分士人官员的支持，使得桓玄也不得不放弃了原来的打算。
而在北方，卫元嵩提出皇帝就是“如来”,说“我不事二家(佛道二家),唯事周祖”,“我事帝不事佛道”,体现出北方的君权比南方更加强化。北方甚至还出现了拜天子即为礼佛的说法。
北魏道武帝时曾为道人统的沙门法果也认为，“太祖明睿好道，即是当今如来，沙门宜应尽礼”,还说：“我非拜天子，乃是礼佛耳”。
再如南方关于神不灭论的争论，虽然佛教得到帝王支持，但对于主张神灭论的范缜，梁武帝以帝王之尊来反对他的言论“违经背亲”,也只是写一篇文章去反驳，“自为短简难之”。
他让臣下一起来回应范缜的观点，却也还有四个人表示赞同范缜：“答者六十二人，赞成缜说者亦四焉”。他们的争论，仍然是在学理的层面上相互辩驳。而北朝的佛道论争，却是佛道为争夺对政治权力的占有面进行的，因此导致北魏太武帝和北周武帝灭佛事件。
南朝帝王奉佛不仅仅局限于求神祈福，还会认真了解佛教教义，常常听讲、学习佛经，甚至亲自写佛学论文、参与佛学讨论等。晋元帝、晋哀帝都曾诏令沙门竺道潜到皇宫内殿讲经。
晋明帝曾经在皇兴寺召集义学沙门百余人共同讲论佛道。简文帝还亲临瓦官寺听竺法汰讲放光般若。至于梁武帝，更是沉迷佛学，不仅四次舍身同泰寺，自已也有诸多佛学著作，对佛教的发展起了重要作用。
与之相比，北方帝王注重的是造像建寺修石窟等功德行为，在佛学方面注重念佛修禅等行为而不是义理研究。在北朝，精通义学的高僧并不多见，却相继出现了北魏时玄高(公元402-44年),北齐时的僧稠(公元480560年),北周时的僧实(公元476-563年)等著名禅僧。
特别是禅宗初祖菩提达摩禅师东来，先见梁武帝，觉得谈话不投机，逐渡江至北魏，在北方才得以宏传他的禅法，乃至“在世学流，归仰如市”。
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