编译 | 雪月
Addgene网站发表了一篇博客，汇总罗列了多个免费在线分子生物学相关工具网站，涵盖引物设计、质粒图谱、DNA序列分析等。
质粒图谱
用于查看、编辑和制作质粒图谱。
SnapGene Viewer: 免费查看质粒图谱，付费可查看更多用于质粒设计的工具。
Benchling: 绘制质粒图谱，对学术用户免费。
Genome Compiler: 免费基于桌面的设计和绘制质粒的软件。
Serial Cloner:免费基于桌面的设计和绘制质粒的软件。
ApE (A plasmid Editor): 由犹他大学的M. Wayne Davis维护的工具，免费的，基于捐赠的质粒分析工具。
DNA/蛋白质数据库搜索和分析工具
Addgene's analyze sequence tool: 比对、翻译序列
NEBCutter2:查找酶切位点
Webcutter 2.0:查找酶切位点
Addgene vector database:质粒序列
NCBI BLAST:核苷酸或蛋白质序列比对
ExPASy translation tool: 翻译DNA序列
UniProt:蛋白质序列和功能信息数据库
Codon optimization tool:访问需要设置账号
引物设计工具
用于常规引物设计和一些应用于不同克隆需求的引物设计的站点
Primer3 and Primer3Plus:常规引物设计。
Design primers for Goldengate cloning
Design primers for In-Fusion Cloning
Design primers for Gibson Assembly and NEB HiFi DNA Assembly
OligoAnalyzer Tool from IDT: 用于发夹分析，Tm值分析以及引物二聚体分析和其他引物特征。
克隆连接反应计算器
可以计算出不同类型的克隆方法——restriction enzyme cloning, Gibson assembly, or In-Fusion cloning，所需的插入序列和骨架的数量。
NEB Ligation Calculator: 该工具适用于任何克隆方法。
In-Fusion cloning molar ratio calculator
实验室数学计算器
可以帮助进行实验室的常用计算问题。
Molarity calculator
Promega's Biomath Calculators
Primer resuspension calculator
DailyCalcs Science Calculator app for iPhone
更多分子生物工具可查看https://labworm.com/
https://blog.addgene.org/free-online-molecular-biology-tools
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