植物科学常用数据库和生物信息学工具汇总 | 收藏

对于所有开展植物科学相关研究的科研工作者和学生群体而言，各类数据库和分析平台的建立和更新维护为植物的组学、功能、进化以及遗传育种等方面研究提供了丰富的资源，具有重要的理论指导意义和应用价值。通过总结目前已有的植物科学相关的数据库资源和分析平台，调查其使用频率和应用程度，可以为大家更好地开展科研工作提供便利。

MP编辑团队结合文献搜索和前人已总结的部分数据库资源，整理了常用的植物科学数据库和生物信息学工具清单。MP团队会不定期补充和更新，欢迎关注！

01

综合性数据库

http://www.bioinfo.wsu.edu/

作物基因组、遗传和育种研究的分析计算工具和数据库

https://www.agbiodata.org/

农业生物数据库和相关资源综合平台

https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

植物比较基因组学资源库

http://www.plantontology.org

集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台

http://harvest.ucr.edu/

作物EST序列及相关分子信息数据平台

http://www.gramene.org/

Gramene：用于作物和模式物种的比较功能基因组学分析的综合平台

https://www.uniprot.org/

蛋白质序列和功能信息资源数据库和分析平台

http://urgi.versailles.inra.fr/

URGI：针对有农学意义的植物研究生物信息平台

http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php#

agriGO：GO分析工具包和数据库综合平台

http://www.bioinformatics.nl/AraQTL

基于Web的用于表达定量性状位点（eQTL）研究的工作台和数据库

http://www.plantgdb.org/

植物基因组序列数据库

https://mpss.danforthcenter.org/index.php

二代测序（NGS）数据库，包括植物的RNA和基因组信息资源

http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/plantsdb.jsp

植物基因组数据库

http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home

植物snoRNA基因数据库

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

植物顺式调控元件、增强子和抑制子数据库

http://metacrop.ipk-gatersleben.de

作物代谢途径数据库

http://podb.nibb.ac.jp/Organellome

植物器官研究数据库

http://www.drastic.org.uk

植物细胞的信号转导分析数据库

http://www.pathoplant.de

植物-病原体相互作用的信号转导相关物质成分数据库

http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/

植物转录因子数据库

http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/

植物转录因子数据库

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=116:1

作物EST数据库

https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace

植物顺式调控DNA元件数据库

https://webapps.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpic/

植物线粒体蛋白运输元件数据库

http://www.mirbase.org/

生物microRNA数据库

https://bioinformatics.cse.unr.edu/fat-ptm

FAT-PTM：用于分析蛋白质和代谢途径的翻译后修饰数据库

http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/

谷物特别是水稻和玉米的小RNA数据库

http://ppdb.tc.cornell.edu/default.aspx

拟南芥和玉米蛋白质组数据库

http://atted.jp/

ATTED-II ：基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库

http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/

植物Circular RNAs数据库

http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi

植物基因编辑数据库，收集CRISPR / Cas9技术产生植物的信息

https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php

植物性状全球数据库

http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/

植物基因和基因组重复的数据库

http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/

植物microRNA数据库

http://genome.ppws.vt.edu/cgi-bin/MLST/home.pl

植物相关微生物的多基因座序列分型和分析数据库及网站

http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD

植物非编码RNA数据库

http://amp.pharm.mssm.edu/datasets2tools/landing/tool/PLncDB

植物长非编码RNA数据库

http://prgdb.org/prgdb/

植物抗病R基因数据库

https://www.inetbio.org/aranet/

拟南芥和一些非模式植物的功能基因网络改进数据库

http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page

基于Wiki的植物长非编码RNAs数据库

http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi

植物启动子数据库

02

拟南芥数据库

http://rarge.gsc.riken.jp/

拟南芥cDNA、突变体和微阵列数据库

http://www.athamap.de/

拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库

https://www.gabi-kat.de/

拟南芥的基于侧翼序列标签（FST）的T-DNA插入突变体查找库

http://www.plprot.ethz.ch/

拟南芥质体蛋白数据库

http://seedgenes.org/

拟南芥发育关键基因数据库

http://suba.live/

拟南芥蛋白的亚细胞定位数据库

http://travadb.org/

基于RNA-seq分析的拟南芥基因表达谱数据库

http://atrm.cbi.pku.edu.cn/

拟南芥转录调控图谱数据库

http://wanglab.sippe.ac.cn/rootatlas/

拟南芥根部单细胞RNA测序数据库

03

水稻数据库

http://www.ricedata.cn/index.htm

国家水稻数据中心

https://omictools.com/bgi-ris-tool

BGI-RIS：水稻以及其他谷类作物和植物基因组研究的信息资源和分析平台

http://rapdb.dna.affrc.go.jp/

粳稻日本晴基因组注释计划

http://rice.plantbiology.msu.edu/

粳稻日本晴基因组注释计划

http://redb.ncpgr.cn/

水稻EST数据库

http://rmd.ncpgr.cn/

水稻突变体数据库

http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE

水稻功能基因组表达数据库

https://tos.nias.affrc.go.jp/

水稻逆转座子Tos17插入突变数据库

http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/

水稻T-DNA插入突变数据库

http://server.ncgr.ac.cn/ricd/

籼稻cDNA数据库

https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/

水稻遗传学和基因组学数据库

https://ricefrend.dna.affrc.go.jp/

水稻基因共表达数据库

https://ricephylogenomics.ucdavis.edu/cellwalls/gt/

水稻糖基转移酶数据库

http://rice.hzau.edu.cn/rice/

籼稻基因组的综合生物信息学平台

04

其他作物数据库

http://www.wheatgenome.org/

小麦基因组信息数据库

https://wheatproteome.org/

小麦蛋白质组数据库

http://wheat.pw.usda.gov

小麦族和燕麦属的分子和表型信息数据库

http://earth.nig.ac.jp/~dclust/cgi-bin/index.cgi

大麦种质资源和基因组分析数据

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=284:10::::::

大麦基因组资源平台

http://maize.jcvi.org/

玉米基因组数据库

https://www.maizegdb.org/

玉米基因组和遗传分析平台

https://www.panzea.org/

玉米及其野生近缘种的基因组工程资源库

https://soybase.org/

大豆基因组学和分子生物学数据库

http://proteome.dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d.cgi

大豆蛋白质组数据库

http://www.ildis.org/LegumeWeb/

国际豆科植物数据库和信息服务

https://www.cottongen.org/

棉花基因组学，遗传学和育种数据库

http://ted.bti.cornell.edu/

番茄功能基因组数据库

https://www.inetbio.org/tomatonet/

番茄的复杂性状挖掘的全基因组协同网络平台

https://solgenomics.net/

茄科物种基因组测序数据库

http://tropgenedb.cirad.fr/

管理热带作物的遗传和基因组信息的数据库

http://medicinalplantgenomics.msu.edu/participants.shtml

药用植物基因组和代谢组资源库

http://gabipd.org/projects/Pomamo/

马铃薯生物信息数据库

http://vitisgdb.ynau.edu.cn/

葡萄育种和遗传信息综合数据库

http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/

谷子功能基因组学数据库

http://pepperhub.hzau.edu.cn/pegnm/

辣椒基因组信息数据库

https://www.inetbio.org/wheatnet/

面包小麦的全基因组规模功能基因网络数据库

http://brassicadb.org/brad/

重要芸苔属作物全基因组规模的遗传数据库

05

生物信息学工具

http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/

TargetP：亚细胞定位/N端功能肽预测

http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/

EasyGo：提供一系列待查基因的功能注释以及微阵列探针信息

http://smart.embl-heidelberg.de/

SMART：蛋白保守结构域预测工具

http://biology-assets.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html

GenAlEx：群体遗传分析软件

https://mapman.gabipd.org/mapman-download/

MapMan：适用于多组学数据分析的蛋白质分类和注释框架

https://genevestigator.com/

GENEVESTIGATOR: 转录组数据挖掘比对云平台

http://www.bar.utoronto.ca/welcome.htm

BAR：植物生物学分析工具平台

http://skl.scau.edu.cn/

CRISPR-GE: 用于CRISPR基因组编辑的便捷软件工具包

http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/

CRISPR-P: 用于植物基因组编辑的改进的CRISPR / Cas9工具包

https://www.michalopoulos.net/act/

ACT：拟南芥共表达分析工具

http://orygenesdb.cirad.fr/

OryGenesDB：用于水稻反向遗传学研究的交互式工具

http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpress

T-DNA Express：拟南芥基因定位工具

http://plantgrn.noble.org/pssRNAit/

pssRNAit: 通过全基因组脱靶基因评估设计有效和特异性的植物RNAi siRNA

http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/

DSDecode：基于Web的用于对目标突变基因型的序列色谱图进行解码的工具

https://github.com/srbehera11/stag-cns

STAG-CNS：一种可用于任意数量物种的顺序保守非编码序列发现工具

http://www.hi-tom.net/FED

FED：基因组编辑外源成分检测平台

https://m2sb.org/

GeneCloud：使用语义技术来扫描特定基因列表的基因描述

参考来源：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/79626339

https://www.jianshu.com/p/e09dd3db76c3?utm_campaign=haruki&utm_content=note&utm_medium=reader_share&utm_source=weixin_timeline&from=timeline

http://wangyufeng222.blog.163.com/blog/static/128222070201510433511330/

整理：Mol Plant植物科学公众号