药师兜，木叶孤儿院出生。原本是一个弃儿，被木叶孤儿院收养后受到孤儿院院长的关爱。因此当院长被送往敌国当间谍时，药师兜为了保护院长也跟着去了。但因为团藏的阴谋，药师兜失手将院长杀死，此后在大蛇丸的一番蛊惑之下便彻底变了性格，成为大蛇丸身边最忠心的助手。
因为杀死孤儿院院长，药师兜一生都处在自责个孤独之中，内心空虚无比。为了填满空虚的内心，药师兜一次次寻找填充之物，最开始的时候大蛇丸教药师兜各种医疗忍术，药师兜感觉自己的价值得到了实现。但大蛇丸被封印后，药师兜内心再次重回到空虚状态。为此药师兜认为自由将自己塑造成像大蛇丸那样强大的高手，才能从空虚状态中走出来。
因为药师兜获得力量之后，没有正确的指导，所以便走向了邪恶。与宇智波带土合作，一同发动了第四次忍界大战。后来宇智波鼬利用伊邪那美将药师兜的性格彻底改变，药师兜才真正认识到自己的错误，并决心悔悟，帮助忍者联军打赢战争。
而在此前，药师兜身上的大蛇丸查克拉已经被大蛇丸收了回去，但药师兜依然能够变身仙人模式，其实是一件很令人不解的事情。关于药师兜能够再次变幻出仙人模式，其实有几种解答。首先药师兜所获得的仙人模式并非像鸣人那样通过修炼获得，而是通过基因重组，所以药师兜仙人模式能够长期存在，并以肉体凡胎的形式表现。
再者，药师兜在修行仙人模式和转生忍术的时候，参照的是大蛇丸的做法。也就是说，除了大蛇丸身上的基因外，药师兜还搜集了大蛇丸所用过的众多忍者基因。在这种基因重组之下，药师兜顺利获得仙人模式。本来获得仙人模式之后，药师兜便可以舍弃大蛇丸基因不用，但由于药师兜实在太崇拜大蛇丸，所以在试验仙人模式的最后阶段，他才将大蛇丸基因也补充在自己体内。
因为药师兜改变的是自己的基因，而他的基因结合了旋涡一族、鬼灯一族以及重吾的咒印能力等基因。所以即便被抽走查克拉，只要组成药师兜的基因还存在，过一段时间，药师兜又能合成查克拉，再次变身仙人模式。因此，即便被大蛇丸取走查克拉，药师兜也还是能够变幻回仙人模式时候的样子。
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